第10章微生物的分類(lèi)

1、第十章第十章微生物的分類(lèi)和鑒定微生物的分類(lèi)和鑒定微生物分類(lèi)學(xué)（微生物分類(lèi)學(xué)（microbial taxonomy）是一門(mén)按微生物的親緣關(guān)系把它們安排成條理清楚的各種分類(lèi)單元或分類(lèi)群（taxon）的科學(xué)它的具體任務(wù)有三即分類(lèi)（分類(lèi)（classification）鑒定（鑒定（identification）命名（命名（nomenclature）生物分類(lèi)的二種基本原則：生物分類(lèi)的二種基本原則：a）根據(jù)表型表型(phenetic)特征的相似程度分群歸類(lèi)，這種 表型分類(lèi)重在應(yīng)用，不涉及生物進(jìn)化或不以反映生 物親緣關(guān)系為目標(biāo)。b）按照生物系統(tǒng)發(fā)育相關(guān)性水平來(lái)分群歸類(lèi)，其目標(biāo) 是探尋各種生物之間的進(jìn)化關(guān)系，建

2、立反映生物系 統(tǒng)發(fā)育的分類(lèi)系統(tǒng)。從進(jìn)化論誕生以來(lái)，已經(jīng)成生物學(xué)家普遍接受的分類(lèi)原則生物系統(tǒng)學(xué)生物系統(tǒng)學(xué)(systematics)(systematics)章節(jié)內(nèi)容章節(jié)內(nèi)容第一節(jié)第一節(jié) 通用分類(lèi)單元通用分類(lèi)單元系統(tǒng)分類(lèi)單元、種的概念、學(xué)名、亞種第二節(jié)第二節(jié) 微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位生物界級(jí)分類(lèi)學(xué)說(shuō)、五界系統(tǒng)、三域?qū)W說(shuō)及其發(fā)展、微生物的進(jìn)化第三節(jié)第三節(jié) 各大類(lèi)微生物的分類(lèi)系統(tǒng)綱要各大類(lèi)微生物的分類(lèi)系統(tǒng)綱要原核微生物分類(lèi)系統(tǒng)綱要、真菌的分類(lèi)系統(tǒng)綱要第四節(jié)第四節(jié) 微生物的鑒定微生物的鑒定經(jīng)典分類(lèi)鑒定方法、現(xiàn)代分類(lèi)鑒定方法。 命名命名(nomenclature)：是根據(jù)命名法規(guī)，給每一個(gè)

3、分類(lèi)群一個(gè)：是根據(jù)命名法規(guī)，給每一個(gè)分類(lèi)群一個(gè)專(zhuān)有的名稱；專(zhuān)有的名稱；鑒定鑒定(identification或或determination)：借助于現(xiàn)有的微生物：借助于現(xiàn)有的微生物分類(lèi)系統(tǒng)，通過(guò)特征測(cè)定，確定未知的、或新發(fā)現(xiàn)的、或未分類(lèi)系統(tǒng)，通過(guò)特征測(cè)定，確定未知的、或新發(fā)現(xiàn)的、或未明確分類(lèi)地位的微生物所應(yīng)歸屬分類(lèi)群的過(guò)程。明確分類(lèi)地位的微生物所應(yīng)歸屬分類(lèi)群的過(guò)程。分類(lèi)分類(lèi)(classification)：根據(jù)一定的原則對(duì)微生物進(jìn)行分群歸類(lèi)，：根據(jù)一定的原則對(duì)微生物進(jìn)行分群歸類(lèi)，根據(jù)相似性或相關(guān)性水平排列成系統(tǒng)，并對(duì)各個(gè)分類(lèi)群的特征根據(jù)相似性或相關(guān)性水平排列成系統(tǒng)，并對(duì)各個(gè)分類(lèi)群的特征進(jìn)行描述

4、，以便查考和對(duì)未被分類(lèi)的微生物進(jìn)行鑒定進(jìn)行描述，以便查考和對(duì)未被分類(lèi)的微生物進(jìn)行鑒定；第一節(jié)第一節(jié) 通用分類(lèi)單元通用分類(lèi)單元一、分類(lèi)單元及其等級(jí)一、分類(lèi)單元及其等級(jí)界界 （kingdom） 門(mén)門(mén) （phylum）綱（綱（class） 目（目（order） 科（科（family） 屬（屬（genus） 種（種（species） 根據(jù)carl woese的理論，現(xiàn)在還在界界之上之上使用域域(domain)（把全部生物先分為古生菌域、細(xì)菌域和真核生物域，域下面再分界。） 常用的細(xì)菌分類(lèi)學(xué)術(shù)語(yǔ)：1）培養(yǎng)物）培養(yǎng)物(culture)：一定時(shí)間一定空間內(nèi)微生物的細(xì)胞群或生長(zhǎng)一定時(shí)間一定空間內(nèi)微生物的細(xì)胞群

5、或生長(zhǎng) 物。如微生物的斜面培養(yǎng)物、搖瓶培養(yǎng)物等。物。如微生物的斜面培養(yǎng)物、搖瓶培養(yǎng)物等。2）菌株）菌株(strain)：從自然界中分離得到的任何一種微生物的純從自然界中分離得到的任何一種微生物的純培養(yǎng)物都可以稱為微生物的一個(gè)菌株；用實(shí)驗(yàn)方法培養(yǎng)物都可以稱為微生物的一個(gè)菌株；用實(shí)驗(yàn)方法( (如通過(guò)誘變?nèi)缤ㄟ^(guò)誘變) ) 所獲得的某一菌株的變異型，也可以稱為一個(gè)新的菌株，以便所獲得的某一菌株的變異型，也可以稱為一個(gè)新的菌株，以便與原來(lái)的菌株相區(qū)別。與原來(lái)的菌株相區(qū)別。3）型）型(form或或type)：常指亞種以下的細(xì)分。當(dāng)同種或同亞種不同菌株之間的性狀差異，不足以分為新的亞種時(shí)，可以細(xì)分為不同的型

6、。例如抗原特征的差異分為不同的血清型；對(duì)噬菌體裂解反應(yīng)的不同分為不同的噬菌型等菌株與型的區(qū)別：菌株與型的區(qū)別：菌株之間不存在鑒別性特征的差異，命名不同的菌株無(wú)需分類(lèi)學(xué)菌株之間不存在鑒別性特征的差異，命名不同的菌株無(wú)需分類(lèi)學(xué)依據(jù)，依據(jù)，不同型的細(xì)菌之間存在鑒別性特征的差異，命名或鑒定不同的型不同型的細(xì)菌之間存在鑒別性特征的差異，命名或鑒定不同的型必需有分類(lèi)學(xué)依據(jù)。必需有分類(lèi)學(xué)依據(jù)。4）種（）種（species）： 物種，生物分類(lèi)中基本的分類(lèi)單元物種，生物分類(lèi)中基本的分類(lèi)單元高等生物中，高等生物中，“生殖隔離生殖隔離”被看作是區(qū)分物種的標(biāo)準(zhǔn)被看作是區(qū)分物種的標(biāo)準(zhǔn)微生物的種：具有高度特征相似性的菌株

7、群，這個(gè)菌株群與其微生物的種：具有高度特征相似性的菌株群，這個(gè)菌株群與其 他類(lèi)群的菌株有很明顯的區(qū)別。他類(lèi)群的菌株有很明顯的區(qū)別。二、微生物的命名雙名法，由二個(gè)拉丁字或希臘字或拉丁化了的其它文字組成，一般用斜體表示一般用斜體表示屬名在前，一般用拉丁字名詞表示，字首字母大寫(xiě)種名在后，常用拉丁文形容詞表示，全部小寫(xiě)若所分離的菌株只鑒定到屬，而未鑒定到種，可用若所分離的菌株只鑒定到屬，而未鑒定到種，可用sp.來(lái)表示，來(lái)表示，例如例如 bacillus sp.spp. 復(fù)數(shù)復(fù)數(shù)例1：大腸埃希氏菌（簡(jiǎn)稱大腸桿菌）escherichia coli（migula）castellani et chalmers

8、 1919例2：枯草芽孢桿菌（簡(jiǎn)稱枯草桿菌）bacillus subtilis（ehrenberg）cohn 1872 由于細(xì)菌分類(lèi)單元的劃分缺乏一個(gè)易于操作的統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)，為了減少因采用不同標(biāo)準(zhǔn)界定分類(lèi)單元所造成的混亂，細(xì)菌系統(tǒng)分類(lèi)也像其他生物分類(lèi)一樣采用“模式概念”種和亞種指定模式菌株（type strain）；亞屬和屬指定模式種（type species）；屬以上至目級(jí)分類(lèi)單元指定模式屬（type genus）；模式菌株應(yīng)送交菌種保藏機(jī)構(gòu)保藏，以便備查考和索取。第二節(jié)第二節(jié) 微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位一、生物的界級(jí)分類(lèi)學(xué)說(shuō)一、生物的界級(jí)分類(lèi)學(xué)說(shuō)兩界系統(tǒng)三界系統(tǒng)四界系統(tǒng)五界系統(tǒng)六

9、界系統(tǒng)二、三域?qū)W說(shuō)及其發(fā)展二、三域?qū)W說(shuō)及其發(fā)展選用16srrna進(jìn)行研究的主要原因是：1.16srrna普遍存在于原核生物和真核生物細(xì)胞中，故可用以比較它們?cè)谶M(jìn)化上的相互聯(lián)系；2.16srrna有重要且恒定的生理功能；3.在細(xì)胞中含有較大量的易于提取的rrna；4.rrna的基因在細(xì)胞中不像質(zhì)粒dna那樣會(huì)轉(zhuǎn)移，而是穩(wěn)定的；5. 16srrna分子中的某些堿基順序非常保守，以致在30多億年的進(jìn)化中仍保持著原初的狀態(tài)，而不像另一些順序那樣變化很大，因此可用作探索自古至今生物的主要進(jìn)化歷程；6. 16srrna的分子量適中，在核糖體所含的三種rrna中，其核苷酸數(shù)分別約為2900、1540和120

10、個(gè)，其中的16srrna不但核苷酸數(shù)適中，而且信息量較大且易于分析，故是理想的研究材料。三、rrna和系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)1. rrna的序列和進(jìn)化培養(yǎng)微生物培養(yǎng)微生物提取并純化提取并純化rrnarrna序列測(cè)定序列測(cè)定分析比較分析比較微生物之間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系微生物之間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系2. 特征序列或序列印記（signature sequence）通過(guò)對(duì)通過(guò)對(duì)r rna全序列資料的分析比較（特別是全序列資料的分析比較（特別是采用計(jì)算機(jī)）發(fā)現(xiàn)的在不同采用計(jì)算機(jī)）發(fā)現(xiàn)的在不同種群水平上的特種群水平上的特異特征性寡核苷酸序列，或異特征性寡核苷酸序列，或在某些特定的序在某些特定的序列位點(diǎn)上出現(xiàn)的單堿基印記列位點(diǎn)上

11、出現(xiàn)的單堿基印記。特征序列特征序列有助于有助于迅速確定某種微生物的迅速確定某種微生物的分類(lèi)歸屬，或建立新的分類(lèi)單位。分類(lèi)歸屬，或建立新的分類(lèi)單位。3. 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)(phylogenetic tree) 通過(guò)比較通過(guò)比較生物大分子序列差異的數(shù)值構(gòu)生物大分子序列差異的數(shù)值構(gòu)建的系統(tǒng)樹(shù)稱為分子系統(tǒng)樹(shù)，其特點(diǎn)是建的系統(tǒng)樹(shù)稱為分子系統(tǒng)樹(shù)，其特點(diǎn)是用一用一種樹(shù)狀分枝的圖型來(lái)概括各種種樹(shù)狀分枝的圖型來(lái)概括各種( (類(lèi)類(lèi)) )生物之間生物之間的親緣關(guān)的親緣關(guān)系。系。1）生命的第三種形式古生菌動(dòng)物界和植物界動(dòng)物界和植物界原核生物和真核生物（原核生物和真核生物（20世紀(jì)世紀(jì)60年代）年代）古細(xì)菌古細(xì)菌(archa

12、ebacteria)真細(xì)菌真細(xì)菌( (eubacteria)真核生物真核生物(eukaryotes)（1977，carl woese）bacteria(細(xì)菌細(xì)菌)archaea(古生菌古生菌)eukarya(真核生物真核生物)（1990，carl woese）原核生物原核生物界（界（kingdom）域（域（domain）2）建立16 s r rna系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的意義a）使生物進(jìn)化的研究范圍真正覆蓋所有生物類(lèi)群；）使生物進(jìn)化的研究范圍真正覆蓋所有生物類(lèi)群；傳統(tǒng)生物進(jìn)化研究主要基于復(fù)雜的形態(tài)學(xué)和化石記載，因此多限傳統(tǒng)生物進(jìn)化研究主要基于復(fù)雜的形態(tài)學(xué)和化石記載，因此多限于研究后生生物，而后者僅占整個(gè)生

13、物進(jìn)化歷程的于研究后生生物，而后者僅占整個(gè)生物進(jìn)化歷程的1/5b）提出了一種全新的正確衡量生物間系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的方法；c）對(duì)探索生命起源及原始生命的發(fā)育進(jìn)程提供了線索和理論依據(jù)；d）突破了細(xì)菌分類(lèi)僅靠形態(tài)學(xué)和生理生化特性的限制，建立了全 新的分類(lèi)理論；e）為微生物生物多樣性和微生物生態(tài)學(xué)研究建立了全新的研究理 論和研究方法，特別是不經(jīng)培養(yǎng)直接對(duì)生態(tài)環(huán)境中的微生物進(jìn) 行研究。不可培養(yǎng)微生物（uncultured microorganisms） 從環(huán)境中直接分離并克隆從環(huán)境中直接分離并克隆rrna基因基因并分析其并分析其序列和在分子進(jìn)化樹(shù)上的位置等方法而發(fā)現(xiàn)的的目序列和在分子進(jìn)化樹(shù)上的位置等方法而發(fā)

14、現(xiàn)的的目前尚不能在人工條件下獲得培養(yǎng)的微生物。前尚不能在人工條件下獲得培養(yǎng)的微生物。不可培養(yǎng)的微生物與生物多樣性3）三（界）三（界)域生物的主要特征域生物的主要特征三界理論雖然是根據(jù)三界理論雖然是根據(jù)16srrna16srrna序列的比序列的比較提出的，但其他特征的比較研究結(jié)果較提出的，但其他特征的比較研究結(jié)果也在一定程度上支持了三也在一定程度上支持了三界生物的劃分。界生物的劃分。第三節(jié)第三節(jié) 各大類(lèi)微生物的分類(lèi)系統(tǒng)綱要各大類(lèi)微生物的分類(lèi)系統(tǒng)綱要二 、真菌（菌物）分類(lèi)系統(tǒng)簡(jiǎn)介真菌（菌物）分類(lèi)系統(tǒng)簡(jiǎn)介一、 原核微生物分類(lèi)系統(tǒng)原核微生物分類(lèi)系統(tǒng)一、 原核微生物分類(lèi)系統(tǒng)原核微生物分類(lèi)系統(tǒng)（一）伯杰氏

15、鑒定細(xì)菌學(xué)手冊(cè)(bergeys manual of determinative bacteriology)美國(guó)賓夕法尼亞大學(xué)的細(xì)菌學(xué)教授伯杰美國(guó)賓夕法尼亞大學(xué)的細(xì)菌學(xué)教授伯杰(d.bergey)(1860-1937)伯杰氏手冊(cè)伯杰氏手冊(cè): 是目前進(jìn)行細(xì)菌分類(lèi)、鑒定的最重要參考書(shū)，是目前進(jìn)行細(xì)菌分類(lèi)、鑒定的最重要參考書(shū)，其特點(diǎn)是描述非常詳細(xì)，包括對(duì)細(xì)菌各個(gè)屬種的特征及進(jìn)行其特點(diǎn)是描述非常詳細(xì)，包括對(duì)細(xì)菌各個(gè)屬種的特征及進(jìn)行鑒定所需做的實(shí)驗(yàn)的具體方法。鑒定所需做的實(shí)驗(yàn)的具體方法。1923年以來(lái)已出至第九版年以來(lái)已出至第九版(1994)；第九版伯杰氏細(xì)菌鑒定手冊(cè)設(shè)立第九版伯杰氏細(xì)菌鑒定手冊(cè)設(shè)立35個(gè)

16、群，將古細(xì)菌部個(gè)群，將古細(xì)菌部改編為改編為5個(gè)群，全書(shū)描寫(xiě)了約個(gè)群，全書(shū)描寫(xiě)了約500個(gè)屬。個(gè)屬。劃分為四大類(lèi)：劃分為四大類(lèi)： 第一類(lèi)第一類(lèi) 具細(xì)胞壁的革蘭氏陰性真細(xì)菌具細(xì)胞壁的革蘭氏陰性真細(xì)菌 第二類(lèi)第二類(lèi) 具細(xì)胞壁的革蘭氏陽(yáng)性真細(xì)菌具細(xì)胞壁的革蘭氏陽(yáng)性真細(xì)菌 第三類(lèi)第三類(lèi) 無(wú)細(xì)胞壁的真細(xì)菌無(wú)細(xì)胞壁的真細(xì)菌 第四類(lèi)第四類(lèi) 古菌古菌 伯杰氏細(xì)菌鑒定手冊(cè)伯杰氏細(xì)菌鑒定手冊(cè)（二）伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)（二）伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)(bergeys manual of systematic bacteriology)第第8版版 1984年問(wèn)世，至年問(wèn)世，至1989年出齊，共年出齊，共4卷。卷。第二版第二版

17、 由由george garrity主編分為主編分為5卷，從卷，從2000年起陸年起陸續(xù)出版。這一版納入了研究核糖體續(xù)出版。這一版納入了研究核糖體rna測(cè)序所產(chǎn)生的測(cè)序所產(chǎn)生的發(fā)育發(fā)育)分類(lèi)系統(tǒng)。分類(lèi)系統(tǒng)。the bible of microbiologists-bergeys manual of systematic bacteriology bergeys manual of determinative bacteriology-1st e 1923 bergeys manual of systematic bacteriology-2nd e 2001groupbnumber ofdesc

18、ribed speciesestimated numberof speciesnumber of knownspecies as % of theestimated numberplantalgaedicotyledonsfernsmonocotyledonsmosses and liverwortsanimalbirdsfishesinsectsmammalsnematodesretiles and amphibiansmicroorganismsfungiprokayotesdprotozoaviruses 40,000170,000 10,000 50,000 17,00060,0002

19、5,0006768 9,000 19,000800,000 9,10021,0002,000,000 to 80.000.000 or5,000,000 to 10,000,000cca. 100 901 to 40 or8 to 16 4,000 15,000 9,00069,000 4,76030,800 5,0001,500,00040,000 to 3,500,0001,000,000130,000 4,000 500,000 9,500ca. 100 3 95 50.1 to 12 31 4world species totals based on data from multipl

20、e sources.aa compiled from stork(1988), wilson(1988), hawksworth(1991a), bull et al.(1992) and world conservation monitoring center(1992)bgroup names are used in colloquial and not in the formal taxonomic sense.cupper limit for predictions estimated on the basis of biological associations with plant

21、s.dincluding archaea and bacteria. upper for predictions include uncultivated bacteria.( modified from manfio, 1995)分類(lèi)等級(jí)已知的原核生物種類(lèi)數(shù)目 2007, ncbi 1 產(chǎn)液菌門(mén)(aquificae)2 棲熱袍菌門(mén)(thermotogae)3 熱脫硫桿菌門(mén)(thermodesulfobacteria)4 異常球菌-棲熱菌門(mén)(deinococcus-thermus) 5 金礦菌門(mén)(chrysiogenetes) 6 綠曲撓菌門(mén)(chloroflexi) 7熱微菌門(mén)(thermo

22、microbia)8 硝化螺旋菌門(mén)(nitrospira)9 鐵還原桿菌門(mén)(deferribacteres) 10 藍(lán)細(xì)菌門(mén)(cyanobacteria) 11 綠細(xì)菌門(mén)(chlorobi) 12 變形菌門(mén)(proteobacteria) 13 厚壁菌門(mén)(firmicutes)（低g+c革蘭氏陽(yáng)性菌） 14 放線菌門(mén)(actinobacteria)（高g+c革蘭氏陽(yáng)性菌） 15 浮霉?fàn)罹T(mén)(planctomycetes)16 衣原體門(mén)(chlamydiae)17 螺旋體門(mén)(spirochaetes)18 絲狀桿菌門(mén)(fibrobacteres) 19 酸桿菌門(mén)(acidobacteria)20

23、 擬桿菌門(mén)(bacteroidetes)21 梭桿菌門(mén)(fusobacteria)22 微疣菌門(mén)(verrucomicrobia) 23 網(wǎng)球菌門(mén)(dictyoglomi) 24 芽單胞菌門(mén)(gemmatimonadetes)-變形菌綱(alphaproteobacteria) -變形菌綱(betaproteobacteria) -變形菌綱(gammaproteobacteria) -變形菌綱(deltaproteobacteria) -變形菌綱(epsilonproteobacteria) 變形菌門(mén)(proteobacteria)1. 著色菌目(chromatiales) 2. 酸硫桿狀菌目

24、(acidithiobacillales) 3. 黃色單胞菌目(xanthomonadales) 4. 心桿菌目(cardiobacteriales) 5. 硫發(fā)菌目(thiotrichales) 6. 軍團(tuán)菌目(legionellales) 7. 甲基球菌目(methylococcales) 8. 海洋螺菌目(oceanospirillales) 9. 假單胞菌目(pseudomonadales) 10. 交替單胞菌目(alteromonadales) 11. 弧菌目(vibrionales) 12. 氣單胞菌目(aeromonadales) 13. 腸桿菌目(enterobacterial

25、es) 14. 巴斯德氏菌目(pasteurellales) -變形菌綱(gammaproteobacteria)弧菌目(vibrionales) 弧菌科(vibrionaceae) (vibrio)弧菌屬 (allomonas) (enhydrobacter) (listonella) (photobacterium) (salinivibrio) vibrios highly abundant in marine environment gram negative, straight or curved rods motile by one or more polar flagella g

26、ive a positive oxidase test most species can grow on tcbs most species are sensitive to the vibriostatic agent o/129 have both a respiratory and a fermentative type of metabolism sodium ions stimulate the growth of all species and are an absolute requirement for most speciesbiodiversity of vibrio 19

27、74 bergeys manual of determinative bacteriology 8th edition: 5 species 1984 bergeys manual of systematic bacteriology 1th edition: 20 species 1994 bergeys manual of determinative bacteriology 9th edition: 34 species 2005 bergeys manual of systematic bacteriology (volume 2) 2th edition: around 63 spe

28、ciesvibrio species reported to have caused human disease vibrio alginolyticus vibrio furnissii vibrio carchariae vibrio hollisae vibrio cholerae vibrio metschnikovii vibrio cincinnatiensis vibrio mimicus vibrio damsela vibrio parahaemolyticus vibrio fluvialis vibrio vulnificus any species of vibrio

29、may be found in faeces after the ingestion of seafood or water that contains them. 二 真菌（菌物）分類(lèi)系統(tǒng)簡(jiǎn)介真菌（菌物）分類(lèi)系統(tǒng)簡(jiǎn)介ainsworth et al(1973) v.arx (1981) 真菌字典（真菌字典（1983）kendrick (1992) 真菌字典（真菌字典（1995）alexopoulos&mins(1996)黏菌門(mén)：黏菌綱黏菌門(mén)：黏菌綱 根腫菌綱根腫菌綱真菌門(mén)：真菌門(mén)：鞭毛菌亞門(mén)：壺菌綱鞭毛菌亞門(mén)：壺菌綱 絲壺菌綱絲壺菌綱 卵菌綱卵菌綱接合菌亞門(mén)：接合菌綱接合菌亞門(mén)：接合菌

30、綱 毛菌綱毛菌綱子囊菌亞門(mén)：半子囊菌綱子囊菌亞門(mén)：半子囊菌綱 不整囊菌綱不整囊菌綱 核菌綱核菌綱 盤(pán)菌綱盤(pán)菌綱 腔菌綱腔菌綱 蟲(chóng)囊菌綱蟲(chóng)囊菌綱擔(dān)子菌亞門(mén)擔(dān)子菌亞門(mén) ：冬孢菌綱：冬孢菌綱 層菌綱層菌綱 腹菌綱腹菌綱半知菌亞門(mén)：半知菌亞門(mén)： 芽孢綱芽孢綱 絲孢綱絲孢綱 腔孢綱腔孢綱 真真 菌菌 界界（1995）第四節(jié)第四節(jié) 微生物分類(lèi)鑒定的方法微生物分類(lèi)鑒定的方法生物分類(lèi)的傳統(tǒng)指標(biāo)生物分類(lèi)的傳統(tǒng)指標(biāo)分子生物學(xué)指標(biāo)分子生物學(xué)指標(biāo) 微型、簡(jiǎn)便、快速或自動(dòng)化鑒定技術(shù)微型、簡(jiǎn)便、快速或自動(dòng)化鑒定技術(shù)細(xì)菌的數(shù)值分類(lèi)細(xì)菌的數(shù)值分類(lèi) 形態(tài)學(xué)特征形態(tài)學(xué)特征生理學(xué)特征生理學(xué)特征生態(tài)學(xué)生態(tài)學(xué)特征 從不同層次，用不同學(xué)

31、科的技術(shù)方法來(lái)研究和比較不同微生物的細(xì)胞、細(xì)胞組分或代謝產(chǎn)物，從中發(fā)現(xiàn)的反映微生物類(lèi)群特征的資料。生物分類(lèi)的傳統(tǒng)指標(biāo)生物分類(lèi)的傳統(tǒng)指標(biāo)一、形態(tài)學(xué)特征培養(yǎng)特征、培養(yǎng)特征、運(yùn)動(dòng)性、運(yùn)動(dòng)性、特殊的細(xì)胞結(jié)構(gòu)、特殊的細(xì)胞結(jié)構(gòu)、細(xì)胞形態(tài)及其染色特性、細(xì)胞形態(tài)及其染色特性、等等等等微生物分類(lèi)和鑒定的重要依據(jù)之一：微生物分類(lèi)和鑒定的重要依據(jù)之一：a）易于觀察和比較，尤其是真核微生物和具有特殊）易于觀察和比較，尤其是真核微生物和具有特殊 形態(tài)結(jié)構(gòu)的細(xì)菌；形態(tài)結(jié)構(gòu)的細(xì)菌；b）許多形態(tài)學(xué)特征依賴于多基因的表達(dá)，具有相對(duì)）許多形態(tài)學(xué)特征依賴于多基因的表達(dá)，具有相對(duì) 的穩(wěn)定性；的穩(wěn)定性；二、生理生化特征二、生理生化特征

32、與微生物的酶和調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)的本質(zhì)和活性直接相關(guān)；代謝產(chǎn)物等代謝產(chǎn)物等營(yíng)養(yǎng)類(lèi)型；營(yíng)養(yǎng)類(lèi)型；與氧的關(guān)系；與氧的關(guān)系；對(duì)溫度的適應(yīng)性；對(duì)溫度的適應(yīng)性；對(duì)對(duì)ph的適應(yīng)性；的適應(yīng)性；對(duì)滲透壓的適應(yīng)性；對(duì)滲透壓的適應(yīng)性；酶及蛋白質(zhì)都是基因產(chǎn)物；對(duì)微生物生理生化特征的比較也是對(duì)微生物基因組的間接比較；測(cè)定生理生化特征比直接分析基因組要容易得多；api20e：發(fā)酵型革蘭氏陰性桿菌，可對(duì)98種革蘭氏陰性腸道桿菌進(jìn)行準(zhǔn) 確鑒定。api 20 ne：非屬腸桿菌科，假單胞菌屬，不動(dòng)桿菌屬，黃桿菌屬、莫拉菌屬、弧菌屬、氣單胞菌屬等，包括8個(gè)標(biāo)準(zhǔn)化常規(guī)測(cè)試驗(yàn)和12個(gè)同化試驗(yàn)。api-20a ：厭氧菌自動(dòng)化鑒定技術(shù)1、 ap

33、i20細(xì)菌數(shù)值鑒定方法目前應(yīng)用最廣泛的細(xì)菌鑒定系統(tǒng)，主要含有20種脫水基的微型管組成的api試驗(yàn)條、試驗(yàn)結(jié)果讀數(shù)表和檢測(cè)試劑等組成。每個(gè)試驗(yàn)條可對(duì)1株細(xì)菌進(jìn)行23個(gè)生化試驗(yàn)。2.2. biologbiolog系統(tǒng)系統(tǒng)依據(jù)每種細(xì)菌形成各自特有的依據(jù)每種細(xì)菌形成各自特有的“代謝指紋代謝指紋”圖譜為鑒定依據(jù)。圖譜為鑒定依據(jù)。其主要由含其主要由含9595種脫水碳源培養(yǎng)基的微孔板以及種脫水碳源培養(yǎng)基的微孔板以及biologbiolog分析儀分析儀組成。它是開(kāi)放性菌庫(kù)，用戶可自建菌庫(kù)。組成。它是開(kāi)放性菌庫(kù)，用戶可自建菌庫(kù)。分為用于革蘭氏陰性（分為用于革蘭氏陰性（g g一一）細(xì)菌的）細(xì)菌的gngn板，革蘭氏

34、陽(yáng)性（板，革蘭氏陽(yáng)性（g g+ + ）細(xì)）細(xì)菌的菌的gpgp板和用于酵母菌的板和用于酵母菌的yeye板。板。目前可鑒定496種革蘭氏陰性菌（gn），312種革蘭氏陽(yáng)性菌（gp），406種厭氧菌（an），267種酵母菌（ye），以及45種放線菌。分子生物學(xué)指標(biāo)分子生物學(xué)指標(biāo) dna堿基因組成是各種生物一個(gè)穩(wěn)定的特征，即使個(gè)別基因突變，堿基組成也不會(huì)發(fā)生明顯變化。1. dna的堿基組成(g+cmol%) 分類(lèi)學(xué)上，用分類(lèi)學(xué)上，用g+c占全部堿基的克分占全部堿基的克分子百分?jǐn)?shù)子百分?jǐn)?shù)(g+cmol%)來(lái)表示各類(lèi)生物的來(lái)表示各類(lèi)生物的dna堿基因組成特征。堿基因組成特征。 每個(gè)生物種都有特定的gc%范圍，因此 可以作為分類(lèi)鑒定的指標(biāo)。細(xì)菌的gc%范圍為25-75%，變化范圍最大，因此更適合于細(xì)菌