PrimerPremier使用技巧PPT課件

1、可通過兩個方法將序列輸入軟件中可通過兩個方法將序列輸入軟件中在表中粘貼序列在表中粘貼序列打開原有的序列文件打開原有的序列文件第1頁/共38頁選擇序列文選擇序列文件所在位置件所在位置第2頁/共38頁 在對話框中輸入待擴(kuò)增序列在對話框中輸入待擴(kuò)增序列 點(diǎn)擊左上角的點(diǎn)擊左上角的“Primer”按鈕按鈕第3頁/共38頁Hairpin: 引物自身是否會形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)引物自身是否會形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)Dimer: 同一種引物是否會形成二聚體同一種引物是否會形成二聚體False primiring: 引物在待擴(kuò)增序列中其他位置是否有配對引物在待擴(kuò)增序列中其他位置是否有配對Cross Dimer: 正向與反向引物間是否

2、會形成二聚體正向與反向引物間是否會形成二聚體引物設(shè)計(jì)界面引物設(shè)計(jì)界面正向和正向和反向引反向引物的互物的互換換正向和反向正向和反向引物的評價引物的評價正向和反向正向和反向引物的信息引物的信息每點(diǎn)擊左每點(diǎn)擊左邊紅色的邊紅色的按鈕，就按鈕，就出現(xiàn)相應(yīng)出現(xiàn)相應(yīng)的內(nèi)容的內(nèi)容對正向和反向引物進(jìn)行編輯對正向和反向引物進(jìn)行編輯第4頁/共38頁參數(shù)選擇參數(shù)選擇突變堿基突變堿基第5頁/共38頁第6頁/共38頁第7頁/共38頁P(yáng)remier的主要功能：Premier 的主要功能分四大塊， 其中有三種功能較常用，即引物設(shè)計(jì)()，限制酶切點(diǎn)分析()，基元查找()。另個功能是同源性分析（） ，并非Premier 的特長，

3、在此略過。該軟件還有別的一些功能，如序列”朗讀”，DNA與蛋白序列的互換（） 第8頁/共38頁第9頁/共38頁第10頁/共38頁引物搜索選項(xiàng)設(shè)定引物類型搜索模式5引物位置范圍3引物位置范圍產(chǎn)物大小范圍引物長度第11頁/共38頁第12頁/共38頁第13頁/共38頁搜索結(jié)果28對引物引物分值100分為滿分每對引物的信息雙擊選中一對引物引物及產(chǎn)物信息第14頁/共38頁是否出現(xiàn)hairpin,dimer,false priming and cross dimer回到主窗口第15頁/共38頁引物編輯第16頁/共38頁可對引物進(jìn)行增加或減少堿基可對引物進(jìn)行增加或減少堿基用鍵盤輸入了用鍵盤輸入了5 5個堿基

4、個堿基第17頁/共38頁引物的信息引物的信息改動后引物的信息改動后引物的信息第18頁/共38頁重新回到雙引物的界面重新回到雙引物的界面第19頁/共38頁“Edit”“Copy”“Sense Primer”5 CGCCTCGAGAAAAGACAGGACTCCACCTCA 3輸出引物序列輸出引物序列第20頁/共38頁引物編輯Edit primer hereAnalysis the edit resultAccept the edit result Return to the main window第21頁/共38頁第22頁/共38頁第23頁/共38頁第24頁/共38頁第25頁/共38頁酶切位點(diǎn)分析

5、第26頁/共38頁Oligo 6.44 Oligo 6.44 使用說明主要功能：專門的引物設(shè)計(jì)軟件Oligo 6.44 啟動界面Open sequence file第27頁/共38頁3個彈出窗口第28頁/共38頁G Internal Stability第29頁/共38頁Frq為鄰近6至7 個堿基組成的亞單位在一個指定數(shù)據(jù)庫文件中的出現(xiàn)頻率。該頻率高則可增加錯誤引發(fā)的可能性。第30頁/共38頁用Oligo 設(shè)計(jì)引物時的3個標(biāo)準(zhǔn) Tm 值曲線以選取5到3的下降形狀有利于引物引發(fā)聚合反應(yīng)。 Frq 曲線宜選用3端Frq 值相對較低的片段。 G 值在5端和中間值比較高，而在3端相對低第31頁/共38頁第32頁/共38頁選中引物上游引物下游引物只是示意圖第33頁/共38頁引物分析 首先檢查引物二聚體尤其是3端二聚體形成的可能性。l二項(xiàng)檢查是發(fā)夾結(jié)構(gòu)（hairpin）；與二聚體相同，發(fā)夾結(jié)構(gòu)的能值越低越好。l第三項(xiàng)檢查為GC 含量，以45-55為宜。l第四False priming 檢查第34頁/共38頁引物分析Key information of primerHairpinDimer and cross DimerGC%Total PCR information第35頁/共38頁Final PCR