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文檔簡介

1、BeforeAfterQuantile normalizationAffymetrix，illumina芯片由于有探針重復(fù)，可以利用統(tǒng)計方法計算出一個統(tǒng)計性的P值或者score值，篩選差異表達基因單通道單通道Oligo芯芯片，尤其是片，尤其是affymetrix芯片芯片數(shù)據(jù)分析用得數(shù)據(jù)分析用得較多較多雙通道雙通道cDNA芯片數(shù)據(jù)分析用得較多芯片數(shù)據(jù)分析用得較多基因表達數(shù)據(jù)矩陣基因表達數(shù)據(jù)矩陣 (Affymetrix GeneChip oligonucleotide arrays)sam/ref基因表達數(shù)據(jù)矩陣基因表達數(shù)據(jù)矩陣 (glass slides)數(shù)據(jù)矩陣數(shù)據(jù)矩陣, ,基因數(shù)遠大于樣品數(shù)

2、基因數(shù)遠大于樣品數(shù) 對任意一個基因來說對任意一個基因來說,樣本值是特征值樣本值是特征值,數(shù)據(jù)的維數(shù)是數(shù)據(jù)的維數(shù)是M對任意一個樣本來說對任意一個樣本來說,基因值是特征值基因值是特征值,數(shù)據(jù)的維數(shù)是數(shù)據(jù)的維數(shù)是N聚類時考慮基因之間的相似性，從數(shù)學(xué)上講聚類時考慮基因之間的相似性，從數(shù)學(xué)上講就是看對應(yīng)的就是看對應(yīng)的M維數(shù)據(jù)之間的相似性維數(shù)據(jù)之間的相似性新算法新算法新角度新角度合并多種方法合并多種方法降維是指將樣降維是指將樣本從輸入空間本從輸入空間通過線性或非通過線性或非線性映射到一線性映射到一個低維空間。個低維空間。 降維可以減少無用信息和冗余信息，將高維數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換降維可以減少無用信息和冗余信息，將高維數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為易于處理的低維數(shù)據(jù)，減少了后續(xù)步驟處理的計算量為易于處理的低維數(shù)據(jù)，減少了后續(xù)步驟處理的計算量，當(dāng)降至三維以下時還可用于可視化技術(shù)，當(dāng)降至三維以下時還可用于可視化技術(shù)，從而發(fā)揮人從而發(fā)揮人在低維空間感知上的優(yōu)點，發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)集的空間分布、聚在低維

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