實(shí)習(xí)七生存分析課件

1、生存分析生存分析掌握生存資料的特點(diǎn)掌握生存分析中生存概率、死亡概率、生存率等指標(biāo)的計(jì)算方法及含義熟悉生存曲線的比較方法掌握生存分析SAS結(jié)果的閱讀和解釋目的要求：掌握生存資料的特點(diǎn)目的要求：蘊(yùn)涵有結(jié)局和時(shí)間兩方面信息；結(jié)局為兩分類互斥事件；通過隨訪收集資料；常因失訪等原因造成生存時(shí)間數(shù)據(jù)不完整，分布類型復(fù)雜。 生存（隨訪）資料的特點(diǎn)：蘊(yùn)涵有結(jié)局和時(shí)間兩方面信息；生存（隨訪）資料的特點(diǎn)：將研究對(duì)象的隨訪結(jié)局和隨訪時(shí)間兩個(gè)因素同時(shí)結(jié)合起來考慮的一種統(tǒng)計(jì)分析方法；能充分利用所獲得的信息，達(dá)到較準(zhǔn)確、全面地評(píng)價(jià)和比較隨訪資料的目的。生存分析將研究對(duì)象的隨訪結(jié)局和隨訪時(shí)間兩個(gè)因素同時(shí)結(jié)合起來考慮的一種生

2、存分析中的重要概念“死亡”事件 失敗事件 (failure event)生存時(shí)間 (survival time)完全數(shù)據(jù)截尾數(shù)據(jù)（失訪、退出、終止）死亡概率 (mortality probability)生存概率 (survival probability) 生存率 (survival rate)中位生存時(shí)間 (median survival time) 生存分析中的重要概念“死亡”事件 失敗事件 (failu關(guān)于生存時(shí)間：截尾的模式圖隨訪開始“死亡”事件失訪死于車禍等非“死亡”事件研究截止時(shí)仍存活研究截止時(shí)點(diǎn)患者進(jìn)入期間關(guān)于生存時(shí)間：截尾的模式圖隨訪開始“死亡”事件失訪研究截止時(shí)乘積極限法（

3、 product-limit estimates)未分組資料生存率的估計(jì)主要適用于小樣本壽命表法 (life-table method)實(shí)質(zhì)上是乘積極限法的一種近似樣本含量較大時(shí)使用通常資料按隨訪時(shí)間分組，沒有每個(gè)觀察對(duì)象確切的生存時(shí)間生存過程的描述乘積極限法（ product-limit estimates生存過程的比較 非參數(shù)方法 參數(shù)方法對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)(log-rank test) 分布參數(shù)檢驗(yàn)分層對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn) Gehan檢驗(yàn)廣義Wilcoxon檢驗(yàn)Mantel-Haenszel檢驗(yàn)生存過程的比較 非參數(shù)方法 對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)（log-rank test）一種非參數(shù)檢驗(yàn)方法，不要求生存時(shí)間符合某特定

4、的分布對(duì)分組資料和未分組資料均適用是針對(duì)整個(gè)生存曲線的比較，而非某個(gè)特定時(shí)間點(diǎn)生存率的比較除需滿足生存資料的基本要求外，還要求各樣本生存曲線不能交叉對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)（log-rank test）SAS程序SAS程序非參數(shù)法：乘積極限法、壽命表法等SAS過程：LIFETEST參數(shù)法：指數(shù)分布法、威布爾分布法、對(duì)數(shù)正態(tài)回歸分析法以及對(duì)數(shù)logistic回歸分析法等SAS過程：LIFEREG半?yún)?shù)法：COX模型分析方法SAS過程：PHREG生存分析常用SAS程序非參數(shù)法：乘積極限法、壽命表法等生存分析常用SAS程序生存分析的非參數(shù)方法的SAS過程可用乘積極限法和壽命表法估計(jì)生存率和中位生存時(shí)間等用對(duì)數(shù)秩檢

5、驗(yàn)、Wilcoxon檢驗(yàn)、似然比檢驗(yàn)方法做生存曲線的分組比較LIFETEST過程生存分析的非參數(shù)方法的SAS過程LIFETEST過程PROC LIFETEST 選項(xiàng)； TIME 生存時(shí)間變量*截尾指示變量(值)； STRATA 分組變量名列； TEST 分組變量名列； FREQ 頻數(shù)變量名列；RUN;LIFETEST過程的語法格式PROC LIFETEST 選項(xiàng)；LIFETEST過METHOD = 分析方法 PL 乘積極限法（該選項(xiàng)為缺省值） LT 壽命表法PLOTS = (繪制圖形)，若有多個(gè)選項(xiàng)用逗號(hào)隔開 (S) 以生存率*生存時(shí)間繪圖； (LS) 以-logS(t)*生存時(shí)間繪圖； (L

6、LS) 以log(-logS(t)*生存時(shí)間對(duì)數(shù)值繪圖； (C) 繪制有關(guān)截尾值情況的圖形； (H) 對(duì)風(fēng)險(xiǎn)函數(shù)做圖，橫縱坐標(biāo)分別為t、H(t) 選 項(xiàng)METHOD = 分析方法選 項(xiàng)Intervals = 指定壽命表的區(qū)間端點(diǎn)端點(diǎn)值以空格分隔，如“intervals=10 30 50 70”端點(diǎn)值以逗號(hào)分隔，如“intervals=10,30,50,70”“a to b by c”的形式，如“intervals=1 to 8”或“intervals=1 to 8 by 2”選 項(xiàng)（續(xù)）Intervals = 指定壽命表的區(qū)間端點(diǎn)選 項(xiàng)（續(xù)）為調(diào)用LIFETEST過程所必需用以指定代表生存時(shí)間

7、的變量語句形式如下： TIME t 尖括號(hào)中的內(nèi)容可省略TIME 語句為調(diào)用LIFETEST過程所必需TIME 語句主要用于指定分組變量SAS結(jié)果會(huì)按指定的分組變量的不同水平分別給出生存率等相關(guān)指標(biāo)的估計(jì)和描述SAS結(jié)果會(huì)按指定的分組變量進(jìn)行生存曲線的比較STRATA 語句主要用于指定分組變量STRATA 語句TEST 語句指定需檢驗(yàn)的變量語句中的變量為數(shù)值型,則為需要與生存變量進(jìn)行關(guān)聯(lián)性分析的協(xié)變量語句中的變量為分組變量，則分組比較生存時(shí)間有無差別Lifetest過程將通過兩類秩檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量來檢驗(yàn)test變量與生存變量的關(guān)聯(lián)性TEST 語句指定需檢驗(yàn)的變量某醫(yī)師對(duì)26例肝癌患者首次肝移植失敗后

8、實(shí)施再次肝移植手術(shù)，并于再次移植術(shù)后開始隨訪，隨訪時(shí)間(月)和隨訪結(jié)果如表15.2第(2)、第(3)欄所示。試估計(jì)再次肝移植患者各時(shí)點(diǎn)生存率及其標(biāo)準(zhǔn)誤、各時(shí)點(diǎn)總體生存率的95置信區(qū)間、中位生存時(shí)間，并繪制生存曲線。教材P203例15.1某醫(yī)師對(duì)26例肝癌患者首次肝移植失敗后實(shí)施再次肝移植手術(shù)序號(hào)生存時(shí)間(月)死亡數(shù)期初病例數(shù)死亡概率生存概率生存率生存率的標(biāo)準(zhǔn)誤ktkdknk(1)(2)(3)(4)(5)(6)(7)(8)111261/261-1/260.961 50.037 7222252/251-2/250.884 60.062 732+0230/231-0/230.884 60.062 7

9、431221/221-1/220.844 40.071 654+0210/211-0/210.844 40.071 6661201/201-1/200.802 20.079 5711+0190/191-0/190.802 20.079 58121181/181-1/180.757 60.086 7 表15.226例肝癌患者再次移植術(shù)后估計(jì)生存率及其標(biāo)準(zhǔn)誤估計(jì)(乘積極限法) 序號(hào)生存時(shí)間(月)死亡數(shù)期初死亡概率生存概率生存率生存率的標(biāo)data lt15_1;input t c f; /*t為生存時(shí)間變量;c為截尾指示變量，1為完整數(shù)據(jù)，0為截尾數(shù)據(jù)*/cards;1 1 1 2 1 2 2 0

10、1 3 1 1 4 0 1 6 1 1 11 0 1 12 1 1 14 1 2 16 0 1 18 0 1 20 1 1 22 0 1 23 0 1 26 1 1 35 0 1 36 0 1 39 0 1 42 0 1 45 0 1 50 1 1 51 0 1 55 1 1 60 0 1;proc lifetest plots=(s); /*調(diào)用lifetest過程，并繪制生存曲線，缺省情況下使用乘積極限法（pl）*/time t*c(0); /*C=0為截尾數(shù)據(jù)*/Freq f;run;教材P203例15.1data lt15_1;教材P203例15.1生存率死亡率生存率死亡率注意：這里5

11、0%的點(diǎn)估計(jì)不是中位生存時(shí)間。注意：這里50%的點(diǎn)估計(jì)不是中位生存時(shí)間。實(shí)習(xí)七生存分析課件 某醫(yī)師對(duì)324例肝癌患者肝移植后每半年隨訪1次，隨訪結(jié)果如表15.3第(2)欄第(4)欄所示，試估計(jì)各時(shí)點(diǎn)生存率及其標(biāo)準(zhǔn)誤、各時(shí)點(diǎn)總體生存率的95置信區(qū)間、中位生存時(shí)間，并繪制生存曲線。教材P206例15.2序號(hào)i確診后月數(shù)ti期內(nèi)截尾人數(shù)Ci期內(nèi)死亡人數(shù)Di103137262923121333418433524433630038736331842111 某醫(yī)師對(duì)324例肝癌患者肝移植后每半年隨訪1教材P206例15.2data lt15_2;do t=0 to 66 by 6; /*t為生存時(shí)間變量*

12、/do c=0 to 1; /*指定截尾變量*/input f; /*f為頻數(shù)變量，表示某個(gè)生存時(shí)間區(qū)間內(nèi)死亡例數(shù)或截尾例數(shù)*/output;end; end;cards;31 37 29 2 13 33 4 33 4 33 0 38 3 31 1 11 0 8 0 6 0 5 0 2;proc lifetest method=lt intervals=0 to 72 by 6 plots=(s); /*用壽命表法估計(jì)(lt)，規(guī)定分組區(qū)間為6，繪制生存曲線*/time t*c(0); /*C=0為截尾數(shù)據(jù)*/ freq f; /*指明f為分析變量的頻數(shù)，起到加權(quán)的作用*/run; 教材P20

13、6例15.2data lt15_2;這個(gè)表的結(jié)果和書上有一些出入，注意一下這個(gè)表的結(jié)果和書上有一些出入，注意一下實(shí)習(xí)七生存分析課件 某臨床醫(yī)生對(duì)26例肝炎后肝硬化、29例肝炎后肝硬化合并肝癌患者實(shí)施了肝移植手術(shù)，并從肝移植術(shù)后開始隨訪，兩組患者肝移植術(shù)后隨訪時(shí)間(月)和隨訪結(jié)果分別如表15.4第(2)和第(4)、第(5)、第(8)、第(9)欄所示，試比較肝炎后肝硬化和肝炎后肝硬化合并肝癌的預(yù)后是否有差別。 教材P209例15.3 某臨床醫(yī)生對(duì)26例肝炎后肝硬化、29例肝炎后教材P209例15.3序號(hào)時(shí)間(月) 肝炎后肝硬化肝炎后肝硬化合并肝癌期初人數(shù)死亡數(shù)截尾數(shù)期初人數(shù)死亡數(shù)截尾數(shù)itin1i

14、d1ic1in2id2ic2i(1)(2)(3)(4)(5)(7)(8)(9)1126102911222501271033241026114423012410552201231066211022007720012201教材P209例15.3序號(hào)時(shí)間(月) 肝炎后肝硬化肝data lt15_3;input g t c; cards;1 1 1 1 2 0 1 3 1 1 4 0 1 5 0 1 6 1 1 7 0 1 8 1 1 9 0 1 10 0 1 16 1 1 22 0 1 23 1 1 27 1 1 30 1 1 31 1 1 35 0 1 39 1 1 40 0 1 43 0 1 45 1 1 55 0 1 61 0 1 62 0 1 65 0 1 66 0 2 1 1 2 1 0 2 2 1 2 3 1 2 3 0 2 4 1 2 5 1 2 7 0 2 8 0 2 9 0 2 10 1 2 11 1 2 12 0 2 14 0 2 15 1 2 18 1 2 21 1 2 24 1 2 26 0 2 30 1 2 33 0 2