病原的基因組學(xué)

病原的基因組學(xué)第一頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一動(dòng)物分子病原學(xué)的內(nèi)涵應(yīng)用現(xiàn)代分子生物學(xué)的理論和技術(shù)，從分子、基因、基因調(diào)控和表達(dá)水平上探討和研究動(dòng)物病原（細(xì)菌、病毒、寄生蟲）生命活動(dòng)的基本現(xiàn)象和本質(zhì)的一門學(xué)科，進(jìn)而從本質(zhì)上揭示病原體的生長(zhǎng)繁殖、遺傳變異、致病性、抗原性、耐藥性等發(fā)生發(fā)展規(guī)律，為動(dòng)物疫病的診斷與防制提供依據(jù)，為人工設(shè)計(jì)、改造和利用病原造福畜牧業(yè)和人類。第二頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一分子細(xì)菌學(xué)分子病毒學(xué)分子寄生蟲學(xué)第三頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一動(dòng)物分子病原學(xué)研究的領(lǐng)域病原的結(jié)構(gòu)與功能病原的基因組學(xué)病原的蛋白質(zhì)組學(xué)病原生物信息學(xué)第四頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一病原基因表達(dá)與調(diào)控病原致病的分子基礎(chǔ)與機(jī)制病原的分子診斷與檢測(cè)技術(shù)病原的分子流行病學(xué)病原的基因工程疫苗第五頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一第一講病原的基因組學(xué)與生物信息學(xué)第二講病毒研究的分子生物學(xué)技術(shù)第三講病毒研究的分子生物學(xué)技術(shù)第四講動(dòng)物流感病毒分子生物學(xué)課程內(nèi)容安排第六頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一第五講豬瘟病毒分子生物學(xué)第六講動(dòng)物布魯氏菌分子生物學(xué)第七講鴨肝炎病毒分子生物學(xué)第八講分子寄生蟲學(xué)研究進(jìn)展

第七頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一第一講病原的基因組學(xué)與生物信息學(xué)第八頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一內(nèi)容提要細(xì)菌的基因組學(xué)病毒的基因組學(xué)病原生物信息學(xué)豬繁殖與呼吸綜合征病毒基因組與分子流行病學(xué)第九頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一關(guān)于基因組學(xué)（Genomics）在目前的研究水平上，只要涉及生命體重要現(xiàn)象的課題，幾乎離不開對(duì)基因及其作用的分析2000年6月26日，人類基因組的工作草圖已繪制完成?？茖W(xué)家把這作為生命科學(xué)進(jìn)入新時(shí)代的標(biāo)志，即后基因組時(shí)代(post-genomeera)第十頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一基因組(Genome)一詞是1920年Winkles從Genes和chromosomes組成的，用于描述生物的全部基因和染色體組成的概念1953年Watson和Crick發(fā)現(xiàn)DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)，標(biāo)志分子生物學(xué)的誕生，為基因組學(xué)研究提供了分子學(xué)研究手段第十一頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一1986年美國科學(xué)家ThomasRoderick提出了基因組學(xué)(Genomics)這一名詞——指對(duì)所有基因進(jìn)行基因組作圖(包括遺傳圖譜、物理圖譜、轉(zhuǎn)錄圖譜)，核苷酸序列分析，基因定位和基因功能分析的一門科學(xué)

以全基因組測(cè)序?yàn)槟繕?biāo)的結(jié)構(gòu)基因組學(xué)(structuralgenomics)以基因功能鑒定為目標(biāo)的功能基因組學(xué)(functionalgenomics)第十二頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一一、細(xì)菌的基因組學(xué)對(duì)細(xì)菌的全基因組進(jìn)行核苷酸測(cè)定，在了解全基因的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)上，研究各個(gè)基因單獨(dú)或數(shù)個(gè)基因間相互作用功能的一門學(xué)科1994年美國發(fā)起了微生物學(xué)基因組計(jì)劃（Microbialgenomeproject，MGP）1995年完成了第一個(gè)細(xì)菌1.83Mb的流感嗜血桿菌基因組的序列測(cè)定第十三頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一至今已完成近100株病原菌的全基因組測(cè)定（包括大腸桿菌、結(jié)核桿菌、衣原體等）正在進(jìn)行全基因組測(cè)定的有近200株第十四頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一（一）細(xì)菌基因組的序列測(cè)定隨機(jī)測(cè)序鳥槍法人工轉(zhuǎn)座子法定向測(cè)序引物測(cè)序法定向缺失法第十五頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一（二）細(xì)菌基因組的注釋堿基組成分析開放閱讀框的鑒定編碼序列分析tRNA基因檢索rRNA基因的鑒定特殊序列的檢索復(fù)制原點(diǎn)鑒定同源性基因檢索第十六頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一1、堿基組成分析最基本的工作，也是最易于完成的可通過軟件來完成這種統(tǒng)計(jì)工作可以弄清一個(gè)基因組的G+C含量G+C是細(xì)菌分類的參考依據(jù)之一第十七頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一2、開放閱讀框的鑒定ORF的鑒定是基因組注釋中的一項(xiàng)重要且必不可少的工作可采用多種軟件來完成（如NCBI網(wǎng)站中的ORFFinder）ORF的鑒定是根據(jù)起始密碼與終止密碼來進(jìn)行第十八頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一3、編碼序列分析有專門的分析軟件確定一段序列為編碼序列，除考慮起始密碼與終止密碼而外，還應(yīng)考慮：編碼序列上、下游的“語法結(jié)構(gòu)”特征，例如核糖體結(jié)合位點(diǎn)及啟動(dòng)子編碼序列以及非編碼序列中使用的核苷酸語匯編碼序列的分析有助于確定哪些ORFs可能是真正的基因第十九頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一4、tRNA的基因檢索tRNA有特殊的“三葉草”結(jié)構(gòu)特征有專門用于鑒定tRNA基因的軟件（如DNAStar）第二十頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一5、rRNA基因的鑒定利用細(xì)菌rRNA結(jié)構(gòu)特征，可用于細(xì)菌的鑒定與分類可用已知的16srRNA序列鑒定基因組中含有的rRNA基因第二十一頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一6、特殊序列的檢索重復(fù)序列插入序列（IS）轉(zhuǎn)座子（Tn）致病島（毒力島）第二十二頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一7、復(fù)制原點(diǎn)鑒定細(xì)菌的復(fù)制原點(diǎn)有其特殊結(jié)構(gòu)特征如大腸桿菌的復(fù)制原點(diǎn)稱為oriC，為一段245bp的序列，其中包括4個(gè)核苷酸9聚體“TTATCCACA”，4個(gè)9聚體有兩個(gè)按同一方向排列，另外兩個(gè)按相反方向排列。9聚體序列是dnaA蛋白的結(jié)合位點(diǎn)，9聚體結(jié)構(gòu)稱為dnaA框基因組序列中的“1”號(hào)堿基通常從復(fù)制原點(diǎn)開始第二十三頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一8、同源性基因檢索檢索基因組中的每一個(gè)ORF采用NCBI的BLAST軟件第二十四頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一（三）細(xì)菌基因組功能學(xué)研究類比法比較法第二十五頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一1、類比法通過已有的數(shù)據(jù)庫同源性搜索鑒定毒力基因——GenBank、EMBL、DDBJ利用已知的調(diào)節(jié)序列鑒定可能的毒力基因從已知的基因功能去推斷新基因的可能功能第二十六頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一2、比較法通過分析不同條件、不同作用因素的影響，鑒定未知基因的功能比較基因組學(xué)研究利用微生物的基本生命要素研究微生物致病機(jī)制基因組內(nèi)部特殊序列特征鑒定毒力基因、耐藥基因（島）第二十七頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一（四）細(xì)菌的基因組圖譜遺傳圖譜物理圖譜第二十八頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一1、遺傳圖譜通過突變表型鑒定，可利用幾種遺傳學(xué)分析方法而排出各個(gè)基因在基因組中的存在順序，進(jìn)而對(duì)這些基因精確定位中斷雜交試驗(yàn)噬菌體轉(zhuǎn)導(dǎo)試驗(yàn)第二十九頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一2、物理圖譜限制性圖譜，指DNA分子上限制性核酸內(nèi)切酶的限制性位點(diǎn)限制性內(nèi)切酶部分消化法雙酶消化法內(nèi)切外切酶混合消化法分子雜交Southern雜交法有軟件可分析基因組中的限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)第三十頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一（五）細(xì)菌基因組G+Cmol%測(cè)定熱變性溫度（解鏈溫度，Tm）法氯化銫密度梯度離心法細(xì)菌DNAG+Cmol%含量測(cè)定的應(yīng)用第三十一頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一G+C含量不同的細(xì)菌，肯定不是同種細(xì)菌；G+C含量相同的細(xì)菌，可能是相近或相同的種屬，但也可能是不相同的細(xì)菌，需通過核酸雜交和表型確定第三十二頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一兩株細(xì)菌的G+C含量的差別在2%以內(nèi)，為無意義；若差別在4~5%，可認(rèn)為是同種內(nèi)的不同菌株。兩株細(xì)菌的G+C含量的差別在10~15%，可以認(rèn)為是不同屬，甚至不同科的細(xì)菌新發(fā)現(xiàn)的細(xì)菌需進(jìn)行基因組DNAG+Cmol%的測(cè)定，作為鑒定新種的主要依據(jù)之一第三十三頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一（六）病原細(xì)菌基因組學(xué)的意義重要致病與毒力基因的發(fā)現(xiàn)與研究，解析細(xì)菌致病的相關(guān)分子機(jī)制尋找靈敏及特異的病原分子標(biāo)記——發(fā)現(xiàn)細(xì)菌的特異DNA序列，提高臨床診斷的效率和準(zhǔn)確性第三十四頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一促進(jìn)新的抗菌藥物的發(fā)現(xiàn)、設(shè)計(jì)與開發(fā)和更新的預(yù)防性疫苗的發(fā)展識(shí)別和篩選藥物靶位——微生物基因上的藥物靶位（靶基因）一般是一些毒力相關(guān)基因、微生物生存必需基因、種特異性基因、某些酶基因和膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因等提高對(duì)人類相關(guān)基因功能的認(rèn)識(shí)第三十五頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一細(xì)菌基因組的研究為生命科學(xué)開辟了新的研究領(lǐng)域——生物信息學(xué)、比較基因組學(xué)等——細(xì)菌基因組學(xué)作為微生物基因組學(xué)的一個(gè)主要內(nèi)容，也將成為今后相當(dāng)長(zhǎng)時(shí)間內(nèi)研究的熱點(diǎn)。第三十六頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一細(xì)菌基因組的數(shù)據(jù)庫MAGPIEAutomatedGenomeProjectInvestigationEnvironment(/home/gasterl/magpie.html)GenomeSequencingProjects(/home/gaster/genomes.html)TIGRMicrobialDatabase(/tdb/mdb/mdb.html)第三十七頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一二、病毒基因組學(xué)第三十八頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一（一）病毒基因組學(xué)研究的意義測(cè)定與鑒定未知基因序列確定重組DNA的方向與結(jié)構(gòu)對(duì)突變（變異）進(jìn)行定位和鑒定病毒的利用基因的功能分子流行病學(xué)研究第三十九頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一

至今，多種動(dòng)物病毒的全基因組測(cè)序已完成第四十頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一（二）病毒基因組序列測(cè)定第四十一頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一DNA序列分析自動(dòng)系統(tǒng)377型遺傳分析儀第四十二頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一其他DNA全自動(dòng)分析儀310型全自動(dòng)遺傳分析儀ABIPrism?3100遺傳分析儀

3700型全自動(dòng)遺傳分析儀安瑪西亞DNA序列分析系統(tǒng)型號(hào)：MegaBACE500/1000/4000

第四十三頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一1、參考GenBank已知部分序列設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增重疊片段；隨機(jī)引物擴(kuò)增基因組特異片段，進(jìn)行序列分析（BLAST）后，設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增重疊片段2、應(yīng)用RACE技術(shù)擴(kuò)增基因組的5’、3’末端片段PCR、RT-PCR＆RACE第四十四頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一Full-lengthGenome

引物1擴(kuò)增片段5'3'(A)n

引物n擴(kuò)增片段……

分片段擴(kuò)增、克隆。測(cè)序后，進(jìn)行序列的拼接基因組的5’、3’末端序列應(yīng)用RACE試劑盒

2000bp1000bp750bp500bp250bp100bpPRRSV基因組分段RT-PCR擴(kuò)增第四十五頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一商品化試劑盒Takara(3'-FullRACECoreSet&5'-FullRACECoreSet)QiagenAmbion(RLM-RACEKit)Clontech(SMARTRACEKit)Invitrogen第四十六頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一（三）病毒基因組的分析基因組核苷酸一級(jí)結(jié)構(gòu)基因組結(jié)構(gòu)分析分析基因的開放讀框（ORF）以核苷酸順序推測(cè)相應(yīng)蛋白質(zhì)的氨基酸序列及二級(jí)結(jié)構(gòu)、表位預(yù)測(cè)分析結(jié)構(gòu)蛋白基因與非結(jié)構(gòu)蛋白基因第四十七頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一序列相似性比較毒株間的差異與變異情況，病毒基因型的分析遺傳進(jìn)化、演化規(guī)律分子流行病學(xué)研究第四十八頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一分析用軟件DNAMANMegalignRNAStructure3.5GOLDKEYExPASy第四十九頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一三、生物信息學(xué)

Bioinformatics生物信息學(xué)是伴隨著基因組研究而產(chǎn)生的，因此它的研究?jī)?nèi)容就緊隨著基因組研究而發(fā)展，人類基因組研究，取得輝煌成果的時(shí)代，也就是生物信息學(xué)發(fā)展成長(zhǎng)的時(shí)代。生物信息學(xué)已經(jīng)成為基因組研究中有力的研究的內(nèi)容和手段。第五十頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一是生物學(xué)在基因水平與息信科學(xué)交叉融合形成的學(xué)科是把基因組DNA（RNA）序列信息作為信息源，在獲取蛋白質(zhì)編碼區(qū)的信息之后，進(jìn)行蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)模擬和預(yù)測(cè)，然后依據(jù)特定蛋白質(zhì)的功能進(jìn)行分析處理第五十一頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一核心是基因組信息學(xué)——包括基因組信息的獲取、處理、存儲(chǔ)、分配和解釋采用各種分子生物學(xué)軟件，對(duì)病原的各種基因信息進(jìn)行分析第五十二頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一（一）常用的分子生物學(xué)軟件和數(shù)據(jù)庫一些大型的軟件是商業(yè)性的一些軟件是免費(fèi)的一些軟件可以免費(fèi)從互聯(lián)網(wǎng)上在線使用第五十三頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一1、常用的商業(yè)性分子生物學(xué)軟件GCG軟件是功能強(qiáng)大的操作、分析和比較核酸與蛋白質(zhì)序列的整套軟件工具又稱威斯康星軟件包，GCG是遺傳學(xué)計(jì)算機(jī)小組（Geneticscomputergroup）的縮寫包含130多個(gè)程序第五十四頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一每個(gè)程序是完成特定任務(wù)的工具，如翻譯核酸編碼序列、分析基因的限制性酶切位點(diǎn)等第五十五頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一Omiga軟件是DNA和蛋白質(zhì)分析軟件可分析核酸與蛋白質(zhì)序列可用于設(shè)計(jì)PCR或序列測(cè)定引物第五十六頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一PrimerExpress軟件是美國應(yīng)用生物系統(tǒng)公司（ABI）提供的一種引物和探針設(shè)計(jì)軟件可以根據(jù)DNA（RNA）序列設(shè)計(jì)引物和探針可以設(shè)計(jì)實(shí)時(shí)熒光定量PCR引物和Taqman探針可以給出引物的分子量、G+C含量、Tm值、PCR反應(yīng)參數(shù)第五十七頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一DNAsis和Prosis軟件是日立公司開發(fā)的核酸和蛋白質(zhì)分析軟件具有核酸和蛋白質(zhì)序列編輯、格式打印、核酸序列翻譯、限制性酶切位點(diǎn)分析，核酸和蛋白質(zhì)序列二級(jí)結(jié)構(gòu)分析、序列比對(duì)分析等功能第五十八頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一DNAstar軟件核酸和蛋白質(zhì)分析軟件Glodenkey軟件蛋白質(zhì)抗原表位分析軟件第五十九頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一2、免費(fèi)分子生物學(xué)軟件互聯(lián)網(wǎng)上有許多免費(fèi)分子生物學(xué)軟件，有一些可在線使用，一些可以下載在計(jì)算機(jī)上安裝使用第六十頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一質(zhì)粒作圖軟件

PlasmidProcessor是一種免費(fèi)繪制質(zhì)粒圖軟件可以繪制成線性或環(huán)形DNA用戶可以定義限制位點(diǎn)、基因段與多克隆位點(diǎn)可以插入或刪除DNA片段支持剪帖板與打印、存盤功能下載站點(diǎn)：http：//www.uku.fi/kiviraum/plasmid/plasmid.html第六十一頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一蛋白質(zhì)分析軟件AnTheProt包括了蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域的大多數(shù)內(nèi)容，功能非常強(qiáng)大可以對(duì)蛋白質(zhì)序列進(jìn)行分析與特性預(yù)測(cè)進(jìn)行蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在蛋白質(zhì)序列中查找特征序列繪制蛋白質(zhì)序列的所有理化特性曲線在互聯(lián)網(wǎng)或本地蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫中查找類似序列計(jì)算蛋白質(zhì)序列的分子量計(jì)算蛋白質(zhì)序列滴定曲線與等電點(diǎn)計(jì)算信號(hào)肽潛在的斷裂點(diǎn)等網(wǎng)址:http://www.ibcp.fr第六十二頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一DNA分析軟件DNATool序列編輯與類似序列查找建立自已的序列數(shù)據(jù)庫進(jìn)行查找多序列比較序列翻譯蛋白質(zhì)序列分析引物設(shè)計(jì)與分析基因表達(dá)序列分析DNA分析常用的功能(堿基組成、分子量)下載網(wǎng)址：http://www.crc.dk/phys/A01B04_dnatool.htm第六十三頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一序列編輯比較軟件SeqPup多序列比較單序列編輯各種序列格式文件讀取與將序列輸入到不同的序列格式文件序列整理打印DNA翻譯到蛋白質(zhì)序列或蛋白質(zhì)序列翻譯到DNA可外掛其他分析軟件,如多序列比較同源性,生成進(jìn)化樹的ClustalW等站點(diǎn):/IUBio-software+Data/molbio/seqpup/java/seqpup-doc.html第六十四頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一多序列比較軟件ClustalW用于對(duì)核酸和蛋白質(zhì)序列進(jìn)行多序列比對(duì),生成進(jìn)化樹下載站點(diǎn):http://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW第六十五頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一多序列比較軟件MACAW是一種多序列比較同源性軟件下載站點(diǎn)

/pub/macaw第六十六頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一進(jìn)化樹生成與分析軟件PHYLIP用于進(jìn)化樹分析可以分析DNA與蛋白質(zhì)序列等可繪制進(jìn)化樹下載網(wǎng)站:http://evolution.genetics.washington第六十七頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一進(jìn)化樹打印軟件TreeView可以讀出PHYLIP生成的進(jìn)化樹格式文件，生成進(jìn)化樹，并輸出到打印機(jī)下載站點(diǎn)：

http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html第六十八頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一同源序列檢索軟件BLAST是NCBI提供的快速同源序列檢索軟件分成五個(gè)不同的程序:

blastp(提交蛋白質(zhì)序列，在蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫中查序列)blastx(提交核酸序列，在蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫中查找同源序列)blastn(提交蛋白質(zhì)序列，在核酸序列數(shù)據(jù)庫中查找同源序列)tblastx(提交核酸序列，在核酸序列數(shù)據(jù)庫查找同源序列)第六十九頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一通過在線方式進(jìn)行檢索網(wǎng)址:/BLAST/第七十頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一3、免費(fèi)序列數(shù)據(jù)庫核酸序列數(shù)據(jù)庫

GenBank/Genbank/index.html第七十一頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一GenBank創(chuàng)立于1982年，是美國國立衛(wèi)生研究院遺傳學(xué)序列數(shù)據(jù)庫1992年11月起，NCBI開始承擔(dān)GenBank的DNA序列數(shù)據(jù)庫的維護(hù)與服務(wù)從NCBI的網(wǎng)站可以并免費(fèi)檢索GenBank數(shù)據(jù)庫第七十二頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫

SWISS-PROT

http://www.expasy.ch/sprot/是蛋白質(zhì)序列注釋性知識(shí)性數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建于1986年，由瑞士生物信息學(xué)研究所和歐洲生物信息學(xué)研究所共同協(xié)作維護(hù)第七十三頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一四、豬繁殖與呼吸綜合征病毒基因組與分子流行病學(xué)第七十四頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一OIEListedDiseasesAfricanswinefeverClassicalswinefeverNipahvirusencephalitisPorcinecysticercosisPorcinereproductiveandrespiratorysyndromeSwinevesiculardiseaseTransmissiblegastroenteritis第七十五頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一豬繁殖與呼吸綜合征的兩個(gè)病型繁殖障礙型呼吸道型第七十六頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一PRRS引起的嚴(yán)重肺炎第七十七頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一套式病毒目Nidovirales冠狀病毒科Coronaviridae馬動(dòng)脈炎病毒（EAV）小鼠乳酸脫氫酶增高癥病毒（LDV）猴出血熱病毒（SHFV）豬繁殖與呼吸綜合征病毒（PRRSV）動(dòng)脈炎病毒科-動(dòng)脈炎病毒屬Arteriviridae豬繁殖與呼吸綜合征病毒的分類第七十八頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一GP4NGP2MGP3GP2bGP5RNAPRRSV病毒粒子結(jié)構(gòu)示意圖第七十九頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一PRRSV的主要特性PRRSV的ADE現(xiàn)象：早期針對(duì)PRRSV的抗體，特別是亞中和水平的PRRSV特異性抗體對(duì)病毒的復(fù)制具有增強(qiáng)效應(yīng)，這種抗體依賴性增強(qiáng)作用（antibody-dependentenhancement，ADE）是PRRSV的一個(gè)重要生物學(xué)特性。第八十頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一PRRSV具有廣泛的毒株變異現(xiàn)象。在美國已經(jīng)發(fā)現(xiàn)類歐洲型毒株（European-likePRRSV）。PRRSV在豬體內(nèi)持續(xù)感染過程中，會(huì)有準(zhǔn)種或病毒亞群的出現(xiàn)。第八十一頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一PRRSV具有持續(xù)感染特性，一方面PRRSV可在感染豬只體內(nèi)持續(xù)性存在，另一方面可在感染豬群中持續(xù)性存在。病毒血癥可以持續(xù)6-7周以上，從肺臟、血清、淋巴組織中可以分離和檢測(cè)到病毒。第八十二頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一PRRSV的基因型北美洲型毒株（VR-2332）——Genotype2歐洲型毒株（LV）——Genotype1兩型之間全基因組核苷酸序列同源性不到60%第八十三頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一PRRSV基因組結(jié)構(gòu)示意圖3’UTR1a1b234567約15Kb5’UTRGP2bPRRSV的基因組為一條單股、不分節(jié)段的正鏈RNA，約15kb。含有9個(gè)開放閱讀框（Openreadingframes，ORFs），分別為ORF1a、ORF1b、ORF2a、ORF2b、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7。ORF2b是后來證實(shí)的，可編碼相應(yīng)的結(jié)構(gòu)蛋白。Poly（A）第八十四頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一ORF非結(jié)構(gòu)蛋白1aNsp1αNsp1βNsp2Nsp3Nsp4Nsp5Nsp6Nsp7Nsp81bNsp9Nsp10Nsp11Nsp12PRRSV的非結(jié)構(gòu)蛋白第八十五頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一關(guān)于Nsp2PRRSV基因組的一個(gè)變異很大的區(qū)域，在不同毒株之間變異較大。該區(qū)域可表現(xiàn)點(diǎn)突變、氨基酸的缺失和插入。可作為分子流行病學(xué)研究的靶基因第八十六頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一Nsp2具有與病毒復(fù)制密切相關(guān)的生物學(xué)功能，可能與PRRSV的細(xì)胞及組織嗜性有關(guān)，也有可能與致病性或毒力有關(guān)。Nsp2具有免疫原性，在病毒感染過程中可誘導(dǎo)產(chǎn)生相應(yīng)的抗體第八十七頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一

BJ-4感染仔豬的Nsp2抗體動(dòng)態(tài)變化第八十八頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一GP2a——29-30kDaGP2b——10kDa

GP3——45-50kDaGP4——31-35kDaGP5（E蛋白）——25kDaM蛋白——19kDaN蛋白——15kDaPRRSV的結(jié)構(gòu)蛋白第八十九頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一N蛋白PRRSV的主要免疫原性蛋白，PRRSV感染后主要產(chǎn)生針對(duì)N蛋白的抗體。PRRSV感染后針對(duì)N蛋白的抗體最早產(chǎn)生，7天即可檢出N蛋白的特異性抗體。N蛋白的抗體在感染豬體內(nèi)可以持續(xù)很長(zhǎng)時(shí)間，但對(duì)PRRSV沒有中和活性。檢測(cè)N蛋白抗體可以作為PRRSV感染的診斷與監(jiān)測(cè)指征?；诨蚬こ瘫磉_(dá)的重組N蛋白可以作為血清學(xué)試驗(yàn)的診斷抗原。第九十頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一

PRRSV感染豬的N蛋白抗體動(dòng)態(tài)變化第九十一頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一M蛋白M蛋白具有很強(qiáng)的免疫原性，PRRSV感染后10天即可檢測(cè)到M蛋白的抗體。檢測(cè)M蛋白的抗體也可以作為PRRSV感染的診斷與監(jiān)測(cè)指征，表達(dá)的重組M蛋白可以作為血清學(xué)試驗(yàn)的診斷抗原

第九十二頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一E（GP5）蛋白GP5蛋白是誘導(dǎo)產(chǎn)生中和抗體的主要結(jié)構(gòu)蛋白PRRSV的中和性抗體出現(xiàn)較遲，一般于感染后4~5周才能檢測(cè)到，而且產(chǎn)生非常緩慢，水平低。編碼E蛋白的ORF5基因變異較大，可作為分子流行病學(xué)研究的靶基因第九十三頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一

PRRSV感染豬的中和抗體動(dòng)態(tài)變化第九十四頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一我國于1995年底暴發(fā)豬藍(lán)耳病1995年從加拿大引進(jìn)的種豬檢測(cè)到PRRS抗體陽性，并分離到病毒1995年底，華北地區(qū)豬場(chǎng)爆發(fā)1996年~1998年——“流產(chǎn)風(fēng)爆”第九十五頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一1998年-2006年，我國豬群PRRS疫情相對(duì)穩(wěn)定?？傮w比較平穩(wěn)和緩和豬群的持續(xù)性感染、隱性感染、帶毒呈零星暴發(fā)（陰性豬場(chǎng)、新建種豬場(chǎng)或新引進(jìn)“藍(lán)耳病”陽性種豬的豬場(chǎng)）豬群的生產(chǎn)性能下降第九十六頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一細(xì)菌性疾病和呼吸道疾病發(fā)病率上升豬瘟、偽狂犬病發(fā)病率上升其它疾病如附紅細(xì)胞體、鏈球菌病出現(xiàn)PCV2感染引起的斷奶后多系統(tǒng)衰竭綜合征（PWMS）出現(xiàn)母豬散發(fā)性的晚期流產(chǎn)、發(fā)情障礙、滯后產(chǎn)現(xiàn)象增多豬病越來越多，且愈益復(fù)雜第九十七頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一嚴(yán)重型PRRS在我國的暴發(fā)和流行2006年始發(fā)于我國南方數(shù)省，并以無法阻擋之勢(shì)，波及我國主要養(yǎng)豬地區(qū)的所謂“高熱病”疫情，使我國養(yǎng)豬業(yè)經(jīng)受了一次沉重打擊，損失巨大

。第九十八頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一PRRSV的基因組變異與分子流行病學(xué)我國目前分離的毒株都屬美洲型，但存在不同的亞群我國豬群中還未發(fā)現(xiàn)歐洲型毒株我國的PRRSV毒株呈多樣性第九十九頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一HB-1HB-2CH-1aBJ-4VR2332PA816244BNVSLRespPRRS/ReproRespPRRSMLVSPLV全長(zhǎng)1541115373154121540915412154111541115389153871541215520150985‘UTR189190190190190189189167165190190221ORF1a751274767512750975127512751275127512751276207191ORF1b438343834383438343834383438343834383438343834406ORF2-73188318531883188318831883188318831883188318831893‘UTR151151151151151151151151151151151114HB-1(sh)/2002、HB-2(sh)/2002與其他PRRSV分離株基因組長(zhǎng)度比較第一百頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一LVSPVR2332RespPRRSMLVRespPRRS/ReproBJ-416244BPA8NVSLP129HB-2CH-1a全長(zhǎng)54.789.189.889.889.889.889.489.592.192.993.096.05’UTR44.191.584.083.482.884.080.780.289.793.195.296.3ORF1a49.586.487.687.687.687.587.287.395.0ORF1b62.591.591.491.591.591.490.991.393.893.594.096.4ORF2-762.692.093.092.892.992.892.792.894.796.195.598.03’UTR70.890.090.790.790.790.790.789.391.393.394.794.0HB-1(sh)/2002與各美洲型毒株及LV基因組相似性比較（%）第一百零一頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一LVSPVR2332RespPRRSMLVRespPRRS/ReproBJ-416244BPA8NVSLP129HB-1CH-1a全長(zhǎng)54.388.789.589.589.589.489.089.291.692.093.095.15’UTR48.193.293.192.693.393.190.589.492.295.395.297.9ORF1a49.586.487.587.587.587.486.987.189.890.491.094.1ORF1b62.090.990.991.090.990.990.690.793.493.194.095.8ORF2-753.690.992.091.891.991.991.791.793.495.295.596.53’UTR71.790.190.790.790.790.790.790.190.793.494.794.0HB-2(sh)/2002與各美洲型毒株及LV基因組相似性比較（%）第一百零二頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一ORF非結(jié)構(gòu)蛋白HB-2BJ-4CH-1aVR2332LV1aNsp1α96.494.095.294.066.3Nsp1β85.785.789.486.637.1Nsp284.877.389.177.926.4Nsp396.493.797.193.756.9Nsp495.161.1Nsp593.592.496.591.871.8Nsp610093.810093.875.0Nsp795.890.7Nsp895.697.897.897.866.71bNsp998.897.798.898.074.3Nsp1096.895.797.795.763.5Nsp1196.095.197.394.277.6Nsp1297.495.497.495.438.0HB-1(sh)/2002推測(cè)的各個(gè)非結(jié)構(gòu)蛋白與其他國內(nèi)外分離株的相似性比較(%)

第一百零三頁，共一百一十二頁，編輯于2023年，星期一ORF非結(jié)構(gòu)蛋白HB-1BJ-4CH-1aVR2332LV1aNsp1α96.497.098.297.066.9Nsp1β85.784.390.385.336.6Nsp284.878.388.978.728.0Nsp396.495.398.095.357.1Nsp496.162.1Nsp593.593.594.192.970.6Nsp610093.810093.875.0Nsp795.889.296.190.346.1Nsp895.697.897.897.866.71bNsp998.897.498.497.774.6Nsp1096.896.196.695.964.2Nsp1196.095.196.994.275.8Nsp1297.494.896