生物信息學經(jīng)典教程課件

ZCN實習基因組數(shù)據(jù)注釋和功能分析越努力越幸運ZCN課程內(nèi)容實習基因組數(shù)據(jù)注釋和功能分析基因組學實習核苷酸序列分析實習三芯片的基本數(shù)據(jù)處理和分析轉(zhuǎn)錄物組學蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能分析系統(tǒng)生物學實實習五蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)分析蛋白質(zhì)組學實習六系統(tǒng)生物學軟件實越努力越幸運ZCN1通過序列比對工具BLAST學習,了解蛋白編碼基因的功能注釋原理2介紹多序列聯(lián)配工具C|ustaIX3.分子進化分析軟件MEGA4的基本知識,掌握系統(tǒng)發(fā)生樹繪制的基本方法越努力越幸運ZC序列比對的進化基礎(chǔ)什么是序列比對:將兩個或多個序列按照最佳匹配方式排列在一起對應(yīng)的相同或相似的符號排列在同一列上錯配與突變相應(yīng),空位與插入或缺失對應(yīng)序列比對的目的從核酸以及氨基酸的層次去分析序列的相同點和不同點,以推測他們的結(jié)構(gòu)、功能以及進化上的聯(lián)系通過判斷兩個序列之間的相似性來判定兩者是否具有同源性相似性:可以被數(shù)量化,如:序列之間相似部分的百分比同源性:質(zhì)的判斷,兩個基因在進化上是否曾有共同祖先的推斷越努力越幸運ZCNBLAST基本局部比對搜索工具(BasicLocalAlignmentSearchTool)NcB|上BLAST服務(wù)的網(wǎng)址/blast/NcB|上bast程序的下載:ftpncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/NcB的BLAST數(shù)據(jù)庫下載網(wǎng)址ftp://ftpncbi.nlm.nih.gov/blast/越努力越幸運中,心自日白NM……m國mMa四Ag圖,P?CA制Am飛Hl632.)I+excech,orlistallmenerBLASIdntalaees.OryzasfivMicrons選擇物種AnnioneisraingBasicBLASTreyabbsluh制Ayoursblastp選擇bas程序aumsmerchtand由4deohdedatabseusing,p和milasEachmandatednuclebaaauaineetranslatednudeottooSpecializedBLASTinamsinparcnthoc)Primer-BLASI越努力越幸運ZCNQuerySequenceAminoacidSequenceDNASequenceBLASTItBLaSTnBLASTnBLASTxtBLASTXProteinNucleotideNucleotideProteinNucleotideDatabaseDatabaseDatabaseDatabaseDatabase越努力越幸運程序名搜索序列數(shù)據(jù)庫內(nèi)容lasProteinProtein比較氨基暾序列與蛋白使用取代矩陣尋找較質(zhì)數(shù)據(jù)庫遠的關(guān)系,進行SEG過濾blastnNucleotideNucleotide比較核酸序列與核酸數(shù)尋找較高分值的匹配據(jù)庫對較遠的關(guān)系不大適blastxNucleotideProtein|比較核酸序列貍論上的用于新的DNA序列和六個讀碼框的所有轉(zhuǎn)換EsTs的分析,可轉(zhuǎn)結(jié)果和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫譯搜索序列tblastnProteinNucleotide比較蛋白質(zhì)序列和核酸用于尋找數(shù)據(jù)庫中沒序列數(shù)據(jù)庫,動態(tài)轉(zhuǎn)換有標注的編碼區(qū),可為六個讀碼框的結(jié)果轉(zhuǎn)譯數(shù)據(jù)庫序列tblastxNucleotideNucleotide比較核酸序列和核酸序轉(zhuǎn)譯搜索序列與數(shù)據(jù)列數(shù)據(jù)庫,經(jīng)過兩次動庫序列態(tài)轉(zhuǎn)換為六個讀碼框的結(jié)果越努內(nèi)越幸運以Bast為例:ZCN目標序列為ATGAGTACCGCTAAATTAGTTAAATCAAAAGCGACCAATCTGCTTTATACCCGC6個讀碼框翻譯5端到3’端第一位起始ATGAGTACCGCTAAATTAGTTAAATCAAAAGCGACCAATCTGCTTTATACCCGC第二位TGAGTACCGCTAAATTAGTTAAATCAAAAGCGACCAATCTGCTTTATACCCGC第三位起始GAGTACCGCTAAATTAGTTAAATCAAAAGCGACCAATCTGCTTTATACCCGC3端到5’端第一位起始GCGGGTATAAAGCAGATTGGTCGCTTTTGATTTAACTAATTTAGCGGTACTCAT第二位起始CGGGTATAAAGCAGATTGGTCGCTTTTGATTTAACTAATTTAGCGGTACTCAT第三位起始GGGTATAAAGCAGATTGGTCGCTTTTGATTTAACTAATTTAGCGGTACTCATZCNEg·工工玉Q日A工亡。式R彐工F工日5AAAA空AAATCAAAACCGACCATCIGCITTATACCCETAC點!TTAACA空AGITTTTG工TAAAAA寧工INIDF>ClreflYP688332,11GDNAstarvation/stationaryphaseprotectionproteinDps[shigella5str.8401gbIABED3027.1globalregulator,starvationconditions[shigellaflexneri5Length=208DNAstarvation/stationaryphaseprotectionproteinDpsgellaflexneri5str,8401](10orfewerPubMedlinks)score=37.4bit