關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理

Huang’slabZEN圖象處理教程——————選取與微調整2016.5.1唐浚博關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理前言本教程以一張共聚焦顯微鏡照片（20160120_crb-HA_HA-aPKC_st11-1Az_40X）為例，講解如何選取感興趣區(qū)域并加以處理。本教程僅對最基礎最簡單的功能進行說明。歡迎大家批評指正和完善。關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理一、版本ZENlite軟件分為blueedition和blackedition版本更迭：Zen2009Zen2010Zen2011Zen2012zen2zen2.1

此后仍有更新，但版本號無變化。2012與2此兩個版本適用的顯微鏡不同，所以市面上均有存在，但圖片處理相互兼容。Zenlite為免費軟件，與zessi激光共聚焦掃描顯微鏡一同食用效果更佳。關于blueedition和blackedition的區(qū)別blueedition處理功能更豐富；blackedition的導出選項更豐富。二者互補。理論上兩個版本都應安裝，安裝時請注意系統(tǒng)位數(shù)關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理二、1.文件格式ZenLiteBlueEdition默認打開“.czi”格式文件。

在拍攝好圖像后，保存的圖象格式可選很多種，其中本實驗室大部分為“.lsm”格式。注：建議在拍攝時就直接保存為“.czi”格式以簡化后續(xù)操作。關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理2.格式轉換(1)默認使用blackedition打開.lsm格式文件需要說明的是，格式轉換不是必須的，但轉換后可方便之后隨時對文件修改。關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理點擊左上角as圖片格式選擇第一個czi保存保存后的圖片即可用blueedition打開關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理2.格式轉換(2)此方法無需轉換格式。同時打開blueedition和blackeditionFlie—sendtoZEN2-blueedition注意：必須同時打開兩個版本此選項才能被選中關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理3.用ZENblueedition打開圖片打開后可以看到處理功能更加豐富（若安裝的是實驗通用的版本則為中文版）關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理三、圖象旋轉點擊左側任務欄中的：處理-幾何可通過兩種方式旋轉圖象點擊Rotate2D，在參數(shù)中調整夾角度數(shù)（正值為順時針旋轉角度），點擊應用點擊旋轉，在參數(shù)中調整夾角Z度數(shù)（正值為順時針旋轉角度），點擊應用OR關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理用兩種方式旋轉45°后的效果相同應用后可以發(fā)現(xiàn)并非在原圖基礎上修改而是新建了一張?zhí)幚磉^的圖象每一次應用一種新的效果都會在當前圖象上進行處理，并新建一張新的圖象關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理四、選取感興趣區(qū)域（ROI）當旋轉到合適的角度后，即可圈選出所需區(qū)域在下方工具欄中點擊標注-選擇感興趣區(qū)域ROI關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理通過調整下方工具欄中的尺寸，可精確調整所選區(qū)域大小及位移，保證多張圖片所選區(qū)域一致。本操作在2D模式下進行即是對所有通道同時進行操作，若需要單獨對某一通道進行操作，請在拆分模式下進行。關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理右鍵單擊框選的區(qū)域-設置一個感興趣的圖集設置后選中區(qū)域在3個通道中都被裁切。關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理五、圖象色彩調整單擊自動或最佳可有效改善圖象色調，單擊重設可還原。其他調整效果請自行嘗試。注：若gamma值不為1可能導致不同顯示器顯示效果差異關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理六、導出若要導出為多通道拼合的圖片，則需要使用blackedition同時打開blueedition和blackedition在blueedition中：文件--圖象轉移至ZEN-black版本在blackedition中：輸出選項中選擇fullresolution自動輸出為tif格式若要直接從blueedition版本導出，則文件—導出/導入—導出值得一提的是若圖象具有時間條則可以導出為videoZ-位置可以提取某個時間點的圖象關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理導出后的文件此時的圖象依然不是最終圖象，還要通過ps調整分辨率等關于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處