chemdraw-09-Chem3D實例指導.ppt

1、9.1 利用鍵工具建立模型,9.2 利用Replacement Text建立模型,9.3 檢查結(jié)構(gòu)能量,9.4 ChemDraw和Chem3D信息轉(zhuǎn)換,9.5 分子軌道(HOMO及LUMO),9.1 利用鍵工具建立模型,Chem3D起始界面,9.1 利用鍵工具建立模型,Chem3D起始界面,選擇,軌跡球,單鍵,雙鍵,三鍵,虛鍵,文本,橡皮,顯示設(shè)置,顯示設(shè)置屬性,線狀模型,棒狀模型,球棍模型,圓柱鍵模型,比例模型,帶狀模型,選擇【單鍵】工具，在模型窗口向右按動,圓柱鍵模型,線狀模型,棒狀模型,球棍模型,比例模型,帶狀模型常用于生物分子,選擇【軌跡球】工具，使分子模型 在模型窗口沿X、Y軸旋轉(zhuǎn),

2、X、Y軸旋轉(zhuǎn)指示,選擇【軌跡球】工具并按“Alt”鍵， 使分子模型在模型窗口沿Z軸旋轉(zhuǎn),Z軸旋轉(zhuǎn)指示,模型結(jié)構(gòu)信息,光標位于原子上， 自動顯示原子信息,光標位于鍵上， 自動顯示鍵信息,模型結(jié)構(gòu)信息,模型的進一步信息,模型的鍵長數(shù)據(jù),模型的鍵長和鍵角數(shù)據(jù),乙烯模型中的雙鍵信息,鍵級改動,顯示氫及孤對電子,不顯示氫及孤對電子的環(huán)己烷,原子名稱及序數(shù),選擇工具，雙擊原子，按順序改變原子序號,利用【鍵】工具建立的結(jié)構(gòu)，鍵角及鍵長可能不正常，應(yīng)【整理結(jié)構(gòu)】,環(huán)己烷的椅式構(gòu)象,9.2 利用Replacement Text建立模型,使用【文本】工具輸入結(jié)構(gòu)式,按【Enter】自動轉(zhuǎn)化為模型,括號表示支鏈,整

3、理結(jié)構(gòu),簡單優(yōu)化,4-甲基-2-戊醇模型,建立1，2-雙甲基環(huán)戊烷模型,整理結(jié)構(gòu),建立Ibuprofen(布洛芬)模型,建立十肽菌素模型,建立十二丙氨酸醇分子模型,改變顯示方式,設(shè)為線狀模型,設(shè)為帶狀模型,a-螺旋模型,使用子結(jié)構(gòu)建立模型,子結(jié)構(gòu)模型庫,選擇所需的子結(jié)構(gòu)，然后復制,粘貼復制結(jié)果,在子結(jié)構(gòu)上進行編輯,9.3 檢查結(jié)構(gòu)能量,模型旋轉(zhuǎn),對位交叉,總能量計算,空間位阻能：0.977kcal/mol,計算結(jié)果,模型的二面角數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)與模型對應(yīng),顯示原子符號及序號,按動旋轉(zhuǎn),數(shù)據(jù)相應(yīng)改變,對位重疊,空間位阻能：3.906kcal/mol,計算結(jié)果,9.4 ChemDraw和Chem3D信息轉(zhuǎn)換,ChemDraw中 畫出的分子結(jié)構(gòu),復制粘貼到Chem3D中,Chem3D中 畫出的分子模型,復制粘貼到 ChemDraw中,9.5 分子軌道(HOMO及LUMO),顯示軌道時必須選擇,選擇分子軌道,選擇HOMO軌