3500遺傳測序儀介紹

1、3500/xl遺傳測序儀介紹,肖懷東 field application scientist tel: 400 820 8982 / 800 820 8982 e-mail: cnapm,ab遺傳分析儀發(fā)展歷史,3500 , 3500（xl）,1986年 370型全世界第一臺基因分析儀 1991年 373型基因分析儀 1995年 377 型基因分析儀，光柵+ccd 1996年 310型毛細(xì)管基因分析儀,全世界第一臺毛細(xì)管分析儀 1997年 377-96基因分析儀 1998年 3700型96道毛細(xì)管基因分析儀 2000年 3100 16道毛細(xì)管基因分析儀 2002年 3100 avant 4道毛

2、細(xì)管基因分析儀 2002年 3730 48道毛細(xì)管基因分析儀 3730 xl 96道毛細(xì)管基因分析儀 2004年 3130 4道毛細(xì)管基因分析儀 3130 xl 16道毛細(xì)管基因分析儀 2007年10月 新一代超高通量序列分析儀solid 2009年 3500系列毛細(xì)管基因分析儀 2010年 第三代測序儀ion torrent,主要內(nèi)容,測序儀工作原理 儀器的結(jié)構(gòu)及dc軟件應(yīng)用,測序儀工作原理,電進(jìn)樣 dna在堿性環(huán)境下帶負(fù)電荷 帶負(fù)電荷的dna在強電場作用下進(jìn)入毛細(xì)管,15 kv,儀器工作原理電進(jìn)樣,trivia:電進(jìn)樣意味著什么?,只有帶電分子能夠進(jìn)入毛細(xì)管.,+,儀器工作原理-通過毛細(xì)管

3、電泳分離dna片段,負(fù)極,正極,trivia: 什么樣的片段泳動的更快?,-,儀器能夠區(qū)分帶電的dna和其他帶電分子嗎?,小片段,不,儀器工作原理 -熒光標(biāo)記的dna片段在檢測窗口被檢測,雙向激發(fā),儀器工作原理 -激發(fā)出的熒光由于波長不同而被分離，并被ccd相機(jī)收集,trivia: 什么是ccd?,charged coupled device電荷耦合器件,ccd 相機(jī)收集波長范圍520nm到650nm（發(fā)射波長） 虛擬的光柵設(shè)置 氬離子激光，激發(fā)波長488nm，514nm.,儀器工作原理,熒光標(biāo)記的dna在電場中由負(fù)極向正極移動,依次通過激光檢測區(qū),小片段在前,大片段在后 激光束在檢測窗口同時

4、激發(fā)16/4根毛細(xì)管,熒光分子被激發(fā),產(chǎn)生熒光信號 發(fā)射的熒光信號被ccd相機(jī)收集 軟件將光學(xué)信號轉(zhuǎn)化為電信號,laser,ccd,毛細(xì)管空間定位(spatial calibration),什么是空間定位？ 空間定位將標(biāo)記出每道毛細(xì)管在ccd上的對應(yīng)位置，使信號收集軟件(data collection)能夠找到它們。,什么時候要做空間定位?,毛細(xì)管安裝完成后,包括重新安裝用過的舊毛細(xì)管 移動或調(diào)節(jié)了毛細(xì)管檢測窗口的位置 儀器移動后 作為儀器日常維護(hù)的一部分,怎么做?,當(dāng)儀器正常啟動，毛細(xì)管已經(jīng)安裝在儀器上，儀器上的相應(yīng)位置已經(jīng)放置了膠、緩沖液和水； 進(jìn)入data collection軟件， 點

5、擊窗口左邊的spatial run scheduler進(jìn)入空間定位頁面； 在左下角protocol中選擇一種運行模式，有不灌膠和灌膠兩種模式,毛細(xì)管空間定位(spatial calibration),指標(biāo): 峰高大致相同 峰型尖銳、左右對稱 橙色十字在峰頂端 間距:13 - 16,空間定位結(jié)果評估,click to save the calibration data to the database,空間定位結(jié)果評估,click for any failed calibration,空間定位結(jié)果評估,如果空間定位失敗怎么辦?,重復(fù)做一次空間定位 若無效，觀察系統(tǒng)中有無氣泡，去除氣泡后再定位 若無

6、效，重新安裝毛細(xì)管的檢測窗口，進(jìn)行空間定位 若無效，取下毛細(xì)管，用槍吸取無水甲醇沖洗毛細(xì)管檢測窗口上的凹槽，待甲醇晾干后將毛細(xì)管裝回，進(jìn)行空間定位,空間定位結(jié)果評估,空間定位故障排除,讓機(jī)器認(rèn)識純熒光。 每個染料都有自己的最大發(fā)射波長，但是不同染料之間有相互重疊的部分，重疊的部分通過光譜校正來識別。,光譜校準(zhǔn)目的,光譜重疊,光譜校準(zhǔn)目的,多重顏色檢測,光譜校準(zhǔn)目的,什么時候做? 使用新的染料組合 調(diào)整過儀器的光路系統(tǒng) 不同顏色的熒光間出現(xiàn)干擾(有拔起或下壓峰) 參數(shù)改變(如毛細(xì)管長度改變) 作為每年一次的日常維護(hù) 怎么做? 按照試劑盒說明書配制matrix,對于8道或者24道的儀器,分別加第一

7、個run的孔,每個孔加10l配置好的混合物. 在data collection窗口中操作,光譜校準(zhǔn),概要,儀器結(jié)構(gòu) 儀器耗材 儀器開機(jī) 樣品檢測流程及dc軟件介紹 儀器關(guān)機(jī),電源 開關(guān),自動進(jìn)樣器按紐,內(nèi)部照明燈開關(guān),狀態(tài)燈,儀器結(jié)構(gòu)外觀,網(wǎng)絡(luò)插口,斷路開關(guān),電源插頭,寬度：61cm 深度：61cm 高度：72cm 重量：82kg,3500/3500 xl基因分析儀,3130/3130 xl基因分析儀,寬度：74cm 深度：54.8cm 高度：81cm 重量：130kg,總體積3500是3130系列的82% （減少了18%） 總重量3500是3130系列的63% （減少了37%）,儀器結(jié)構(gòu),通

8、量增加,特征/功能,低通量,高通量,中通量,最大樣品處理數(shù)/天,方便性 應(yīng) 用 可靠性 性 能,3730,3100,310,高,低,3130 xl,3130,48,96,384,1914,2676,3100avant,192,762,1152,膠塊區(qū) (gel block region）,檢測區(qū) (detection region）,自動進(jìn)樣區(qū)(autosampler region）,膠塊區(qū) (gel block region）,膠袋,膠袋,毛細(xì)管陣列,爐子oven,檢測窗口,電極electrodes,自動進(jìn)樣器 autosampler,陽極bufferabc,陰極buffer cbc,樣品托

9、盤 sample tray,風(fēng)扇fan,cbc 陰極緩沖液槽,abc 陽極緩沖液槽,pop膠袋,毛細(xì)管陣列,儀器耗材,內(nèi)壁無涂層 50 m 內(nèi)徑 160 runs,儀器耗材毛細(xì)管,儀器耗材毛細(xì)管,儀器耗材膠,保存在冰箱冷藏室的中央 使用前，放置在室溫下 1 hour 在儀器上可放置1周 不同儀器之間的膠袋不要交換使用， 膠袋中的膠包括安裝和安裝后維護(hù)使用的部分，如排氣泡. 過量的維護(hù)操作會影響到跑樣品使用的數(shù)量,儀器耗材膠的保存,pull lever down,pull lever up,儀器耗材膠的安裝,儀器耗材緩沖液,on instrument:,two unique septas,一體化

10、緩沖杯 迷宮般設(shè)計分離洗滌池和廢液池 確保緩沖液達(dá)到fill line 兩種獨立的膠墊septa (available in cbc septa kit)，注意膠墊安裝 注意緩沖液放置的位置 在儀器上放置有效期7天 存儲在冰箱冷藏，使用前恢復(fù)室溫,儀器耗材陰極緩沖液,預(yù)裝好的1 x running buffer 1個包裝4個 易于安裝 放置在儀器上的有效使用期限為7天 安裝前確保溢杯中的緩沖液都流到主腔中 確保主腔中的緩沖液達(dá)到fill line 存儲在冰箱冷藏，使用前使之恢復(fù)室溫,removable seal,overflow chamber,儀器耗材陽極緩沖液,用途 填充膠泵 換膠時沖洗膠

11、泵使用 儀器長期關(guān)機(jī)時使用 可供一次使用，足量,儀器耗材conditioning reagent,耗材在儀器上的放置有效期,儀器開機(jī),打開電腦，至ctrl+alt+del界面 開啟儀器，等待綠燈長亮 ctrl+alt+del，點擊administrator，輸入密碼administrator 電腦自動開啟daemon（dc2.0隱藏）和server monitor打開電腦 打開收集軟件（ data collection ）,快捷操作鍵,耗材儀表盤耗材量和有效期,耗材詳細(xì)信息,儀器運行狀態(tài)及預(yù)熱鍵,維護(hù)提示,儀器開機(jī),樣品檢測流程,實驗前準(zhǔn)備：檢查耗材和儀器 設(shè)置/導(dǎo)入板子 命名板子 編板，完成

12、信息選填 配制上樣試劑和樣品 鏈接樣品盤 運行過程中的質(zhì)控 preview run monitor run review results,樣品檢測流程實驗前準(zhǔn)備,1. 準(zhǔn)備儀器 耗材有沒有過期 足夠的buffer（在fill line上） 2. 預(yù)熱爐溫 3. 查看儀器狀態(tài) 膠泵及通路中有沒有氣泡 有無膠泄漏和析出的殘膠,樣品檢測流程創(chuàng)建電泳板,plate properties界面中給板命名,plate contents界面中完成板內(nèi)信息,樣品檢測流程鏈接樣品盤,樣品檢測流程核查和編輯進(jìn)樣順序表,injection details,sample details,raw data display

13、,樣品檢測流程實時監(jiān)測,樣品檢測流程實時監(jiān)測,樣品檢測流程查看電泳結(jié)果,view fragement/hid results,儀器校準(zhǔn)在哪里找,空間定位,perform qc checks .,儀器校準(zhǔn)空間定位,儀器校準(zhǔn)空間定位結(jié)果,步驟： 配制光譜校正標(biāo)準(zhǔn)品：置于加樣板第一個run（非常重要?。?上機(jī)檢測標(biāo)準(zhǔn)品：填寫幾個電泳參數(shù) 對結(jié)果接受or拒絕,儀器校準(zhǔn)光譜校準(zhǔn),儀器校準(zhǔn)光譜校準(zhǔn),儀器校準(zhǔn)光譜校準(zhǔn)結(jié)果,儀器校準(zhǔn)光譜校準(zhǔn)結(jié)果,datacollection software參數(shù)設(shè)置,參數(shù)設(shè)置library是什么？,包括以下管理設(shè)置: plates assays file naming con

14、vention results group 不同的標(biāo)志: 出廠設(shè)置不能編輯/不能刪除 模板 鎖定 可以基于出廠設(shè)置、模板和鎖定的文件，點擊 duplicate, 編輯復(fù)制版then edit the copy,參數(shù)設(shè)置library是什么？,預(yù)置了hid相關(guān)文件: instrument protocols dye sets size standards qc protocols hid analysis protocols 用戶可以自己創(chuàng)建對應(yīng)的分析文件,參數(shù)設(shè)置library是什么？,result group library, results group name assay name in

15、jection number ip name (instrument protocol) logged-in user name pa protocol name (primary analysis) plate name prefix start instrument run date/time stamp suffix,如何創(chuàng)建result group,舉例,result group defaults example 2,the factory-provided pn_rg results group creates a folder for all samples in a plate

16、if two plates are included in a run, a separate folder is created for each plate,results group hierarchy,the folders and files generated by the results group, file name convention, run name, and injections shown below are outlined in the hierarchical fashion as it is set up in data collection the numbers in the figure relate the elements in the file name convention with the files created by a run that uses this file name convention,儀器關(guān)機(jī),關(guān)閉收集