NCBI分子生物學數(shù)據(jù)庫應用簡介.ppt

NCBI分子生物學數(shù)據(jù)庫 應用簡介,溫州醫(yī)學院附屬第一醫(yī)院檢驗科 陶志華,NCBI分子生物學數(shù)據(jù)庫 /,美國國立醫(yī)學圖書館（NLM）于1988年11月4日建立國家生物技術(shù)信息中心（National Center of Biotechnology Information,簡稱NCBI）。,GenBank數(shù)據(jù)庫(Nucleotide) (1988) 三維蛋白結(jié)構(gòu)的分子模型數(shù)據(jù)庫（MMDB） 在線人類孟德爾遺傳(OMIM）數(shù)據(jù)庫 生物門類（Toxonomy）數(shù)據(jù)庫 等,Entrez 數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)(1991) BLAST相似性檢索系統(tǒng),數(shù)據(jù)庫：,檢索系統(tǒng):,NCBI數(shù)據(jù)庫內(nèi)容簡介,一. Nucleotide(GenBank),該數(shù)據(jù)庫由國際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫成員美國國立衛(wèi)生研究院GenBank、日本DNA數(shù)據(jù)庫(DDBJ)和英國Hinxton Hall的歐洲分子生物學實驗室數(shù)據(jù)庫(EMBL）三部分數(shù)據(jù)組成。,Nucleotide 包含：,所有已知的核苷酸及蛋白質(zhì)序列 與之相關(guān)的生物學信息 參考文獻,二 . Genome,即基因組數(shù)據(jù)庫，提供了多種基因組、完全染色體、臨近序列圖譜以及一體化基因物理圖譜。,三. Structures,即結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫或稱分子模型數(shù)據(jù)庫（MMDB），包含來自X線晶體學和三維結(jié)構(gòu)的實驗數(shù)據(jù)。MMDB的數(shù)據(jù)從PDB（Protein Data Bank）獲得。,四. Taxonomy,即生物學門類數(shù)據(jù)庫，可以按生物學門類進行檢索或瀏覽其核苷酸序列、蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)等。,五. PopSet,包含研究一個人群、一個種系發(fā)生或描述人群變化的一組組聯(lián)合序列。PopSet既包含核酸序列數(shù)據(jù)又包含蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)。,六. OMIM,孟德爾遺傳學(OMIM)數(shù)據(jù)庫是人類基因和基因疾病的目錄數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫包括原文信息、圖片和參考信息，同時還可以鏈接到Entrez系統(tǒng)MEDLINE數(shù)據(jù)庫中相關(guān)文獻和序列信息。,NCBI數(shù)據(jù)庫檢索,1. ENTREZ高級檢索系統(tǒng)：,在檢索框中輸入檢索詞，檢索詞間默認邏輯關(guān)系為AND 還可用來檢索核酸與蛋白質(zhì)序列、MEDLINE相關(guān)文獻或?qū)＠≒ubMed）、 基因組及MMDB分子結(jié)構(gòu)模型庫信息。,顯示格式 ：,Summary Report格式 GenBank Report格式 FASTA Report格式 ,2. BLAST相似性檢索系統(tǒng),BLAST （Basic Local Alignment Search Tool） 是用于序列相似性檢索的一個重要數(shù)據(jù)庫，是區(qū)分基因和基因特征的工具。該軟件能在15秒內(nèi)完成整個DNA數(shù)據(jù)庫的序列檢索。 在NCBI主頁的左工具條中，點擊BLAST圖標，即進入BLAST主頁 可通過WWW途徑或E-mail途徑查詢。,3. 向GenBank遞交數(shù)據(jù),GenBank數(shù)據(jù)的一個主要來源是通過作者直接遞交；目前許多期刊也希望刊登的 文章中的DNA或氨基酸序列能在發(fā)表前輸入數(shù)據(jù)庫。,NCBI為此設計了方便、快捷的數(shù) 據(jù)遞交軟件： BankIt: 直接通過WW