如何查找基因序列——在Genbank中尋找目的基因的實(shí)例

1、1. 根據(jù)文獻(xiàn)搞reasearch肯定要讀文獻(xiàn)的，如果你曾經(jīng)在文獻(xiàn)中看到過你感興趣的基因，而且文中還提到了該基因在Genbank中的ID號，那就好辦了，直接打開 ，在Search后的下拉框中選擇Nucleotide，把Genbank ID號輸入GO前面的文本框中，點(diǎn)“GO”，就可以找到他了。舉例說明，例如：在2003年JBC的文章（Conditional Knock-out of Integrin-linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Acti

2、vation）中出現(xiàn)了“calreticulin (GenBank accession number gi 16151096)”，那么把“16151096”輸入GO前面的文本框中，點(diǎn)“GO”，就可以找到該基因了（當(dāng)然包括基因序列等相關(guān)信息）。見附圖在出現(xiàn)了檢索結(jié)果界面（下圖）后，直接點(diǎn)擊紅箭頭所指的 AY047586就可以看到基因的相關(guān)信息了.（呵呵，是不是有點(diǎn)太.easy了）這里需要指出一下，在顯示基因的頁面右側(cè)有一個(gè)Link，點(diǎn)擊后出現(xiàn)一個(gè)小菜單，里面是與該基因相關(guān)的鏈接，很有用的，值得一個(gè)一個(gè)地去看看，這里我就不多說了。點(diǎn)擊 AY047586后出現(xiàn)的界面如下： 下面還有.最下面

3、就是核酸序列（ORIGIN后面） 附件genbk005-2.JPG(143.55 KB)06-11-20 13:18 如果你只想獲得序列（例如去設(shè)計(jì)PCR引物的時(shí)候），那就可以選擇FASTA，這樣就得到了FASTA格式的序列文件，沒有其他數(shù)字和格式的干擾。 這就是FASTA格式的序列：附件genbk007.JPG(107.38 KB)06-11-20 13:27 2. 根據(jù)已經(jīng)獲得的基因的相關(guān)信息進(jìn)行查找（待續(xù).） 正如路漫漫所說，如果只是知道基因的名字，怎么查序列呢？還是舉例說明，比如我想做的基因名稱是人的VEGF基因，那么怎么在Genbank中找到它呢？還是一步一步來.打開在search后

4、面的下拉框中選擇Gene，然后在中間的文本框中輸入基因名稱“VEGF”，點(diǎn)擊GO. 搜索結(jié)果出來了，let me see.  啊，怎么這么多？689條，哪一條是我想要的基因呢？（作者注：這也許是大多數(shù)人對Genbank的第一印象，即東西太多了，不知道是哪個(gè)。）別急，咱們慢慢來，我就要亮出去偽存真的秘密武器了，呵呵點(diǎn)擊箭頭所指的Limits, 就出現(xiàn)了如下界面：Limits的意思其實(shí)就是高級檢索，你可以在這里對檢索詞進(jìn)行很多限制，這樣能大大精簡查詢結(jié)果。我們接著來，在Limits這個(gè)界面，先選擇查詢的限定范圍。我們要找什么基因來著？想起來了，是人的VEGF基因，那就開始選擇：先選Gen

5、e name(基因名稱)；然后再選擇Limit by Taxonomy（生物分類限定）中的Homo sapiens（人類），然后再點(diǎn)擊“GO” 哇，只有一個(gè)結(jié)果，是不是搞定了？（呵呵，好有面子哦:$）直接點(diǎn)擊基因名稱“VEGFA”就可以看到有關(guān)基因的信息了。需要指出的是，在Genbank中，基因有很多別名（Aliases），和Genbank中記錄的名稱有可能不一致，大家要睜大眼睛哦。比如在這里，VEGFA是Genbank中記錄的基因名稱，而它還有很多別名，比如MGC70609, VEGF（這就是我們要找的基因名稱 ）, VEGF-A, VPF；還有，在這里可以看到該基因在染色體上的位置.下面就

6、是點(diǎn)擊VEGFA后出現(xiàn)的界面：再往下看，可以看到Genomic regions, transcripts, and products，這里顯示了該基因在基因組中的位置，以及轉(zhuǎn)錄本的生成情況：就看見了目的基因的mRNA的鏈接（如NM_001025366.1）和蛋白質(zhì)的鏈接（如NP_001020537.2）這里得說兩句，有的基因也許只有一個(gè)編碼序列，但有的基因有很多的mRNA剪接體，但都是歸在一個(gè)基因名稱下面。比如，在VEGF基因下面有7個(gè)序列，分別是vascular endothelial growth factor A isoform a, isoform c, isoform d, isoform e, isoform f , isoform g, isoform b precursor ，但是哪個(gè)是自己想找的基因呢？這就需要根據(jù)你自己查閱的文獻(xiàn)以及在這些基因序列后面的解釋來確定了。如果我想找的基因是第一個(gè)序列即isoform a, 就可以點(diǎn)擊NM_001025366.1，得到如下界面：怎么，是不是很熟悉，下面的東西就不用我羅嗦了吧（磚頭來了，我閃）說來其實(shí)很簡單，就是利用Genbank的檢索功能。也許大家的檢索文獻(xiàn)能力很強(qiáng)，但是面對Genbank這個(gè)龐然大物有卻些打怵，加之初涉基因，相關(guān)知識不足，所以很多時(shí)候都是費(fèi)力無窮卻無功而返。還是那句話，戰(zhàn)略上藐視，實(shí)