第6章分子生物學(xué)研究法(下)

1、教學(xué)目的：教學(xué)目的： 1. 熟悉基因表達研究技術(shù)的原理和流程。熟悉基因表達研究技術(shù)的原理和流程。 2. 熟悉基因敲除的原理和類型。熟悉基因敲除的原理和類型。 3. 熟悉基因芯片技術(shù)的原理和工作流程。熟悉基因芯片技術(shù)的原理和工作流程。 4. 了解利用酵母來鑒定靶基因的功能。了解利用酵母來鑒定靶基因的功能。教學(xué)重點：教學(xué)重點： 各種技術(shù)的基本原理和流程。各種技術(shù)的基本原理和流程。第第6章章 分子生物學(xué)研究法分子生物學(xué)研究法(下下)基因功能研究技術(shù)基因功能研究技術(shù) 6.1 基因表達研究技術(shù)基因表達研究技術(shù) 6.2 基因敲除技術(shù)基因敲除技術(shù) 6.3 蛋白質(zhì)及蛋白質(zhì)及RNA相互作用技術(shù)相互作用技術(shù) 6.

2、4 基因芯片及數(shù)據(jù)分析基因芯片及數(shù)據(jù)分析 6.5 利用酵母鑒定靶基因功能利用酵母鑒定靶基因功能 6.6 其他分子生物學(xué)技術(shù)其他分子生物學(xué)技術(shù)轉(zhuǎn)錄組轉(zhuǎn)錄組 廣義上指在特定生理條件或環(huán)境下，一個廣義上指在特定生理條件或環(huán)境下，一個細胞、組織或生物體中轉(zhuǎn)錄出來的所有細胞、組織或生物體中轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的集的集合，包括合，包括mRNA、rRNA、tRNA、sRNA。狹義上特指細胞中轉(zhuǎn)錄出來的所有狹義上特指細胞中轉(zhuǎn)錄出來的所有mRNA。通過特定生理條件下細胞內(nèi)通過特定生理條件下細胞內(nèi)mRNA的豐度來描述的豐度來描述基因表達水平并外推到最終蛋白質(zhì)產(chǎn)物的豐度，基因表達水平并外推到最終蛋白質(zhì)產(chǎn)物的豐度，是

3、目前基因表達研究的基本思路。是目前基因表達研究的基本思路。轉(zhuǎn)錄組研究的基本方法包括基因芯片技術(shù)和轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)錄組研究的基本方法包括基因芯片技術(shù)和轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)。組測序技術(shù)。6.1.1 轉(zhuǎn)錄組測序轉(zhuǎn)錄組測序原理：原理：EST是從一個隨機選擇的是從一個隨機選擇的cDNA克隆進行克隆進行5 端和端和3 端單端單向一次測序獲得的短的向一次測序獲得的短的cDNA部分序列，代表一個完整部分序列，代表一個完整基因的一小部分，在數(shù)據(jù)庫中其長度一般從基因的一小部分，在數(shù)據(jù)庫中其長度一般從20到到7000bp不等，平均長度為不等，平均長度為360120bp。EST來源于一定環(huán)境下一個組織總來源于一定環(huán)境下一個組織總mR

4、NA所構(gòu)建的所構(gòu)建的cDNA文庫，因此文庫，因此EST也能說明該組織中各基因的表達也能說明該組織中各基因的表達水平。水平。操作流程：操作流程：組織樣品組織樣品mRNA的提取的提取逆轉(zhuǎn)錄合成逆轉(zhuǎn)錄合成cDNA構(gòu)建構(gòu)建cDNA文庫文庫測序。測序。原理原理:SAGE是通過快速和詳細分析成千上萬個是通過快速和詳細分析成千上萬個EST來尋找出表來尋找出表達豐富度不同的達豐富度不同的SAGE標簽序列。標簽序列。通過限制性酶切可以產(chǎn)生非常短的通過限制性酶切可以產(chǎn)生非常短的cDNA標簽，并通過標簽，并通過PCR擴增和連接，隨后對連接體進行測序。擴增和連接，隨后對連接體進行測序。操作流程：操作流程：以寡聚以寡聚

5、dT為引物反轉(zhuǎn)錄合成為引物反轉(zhuǎn)錄合成cDNA，用錨定酶酶切。，用錨定酶酶切。將將cDNA等分為等分為A和和B兩部分，分別連接接頭兩部分，分別連接接頭A或接頭或接頭B。每一種接頭都含有標簽酶酶切位點序列每一種接頭都含有標簽酶酶切位點序列.用標簽酶酶切產(chǎn)生連有接頭的短用標簽酶酶切產(chǎn)生連有接頭的短cDNA片段，混合并連接片段，混合并連接兩個兩個cDNA池的短池的短cDNA片段，構(gòu)成雙標簽后，以引物片段，構(gòu)成雙標簽后，以引物A和和B擴增。擴增。用錨定酶切割擴增產(chǎn)物，抽提雙標簽片段并克隆、測序。用錨定酶切割擴增產(chǎn)物，抽提雙標簽片段并克隆、測序。對標簽數(shù)據(jù)進行處理。對標簽數(shù)據(jù)進行處理。原理：原理：所有的高

6、通量測序技術(shù)都所有的高通量測序技術(shù)都能進行能進行RNA測序。測序。對對cDNA進行高通量測序，進行高通量測序，以獲得來不同以獲得來不同mRNA片段片段在特定樣本中的含量。在特定樣本中的含量。各種類型的轉(zhuǎn)錄本都可以各種類型的轉(zhuǎn)錄本都可以進行高通量檢測。進行高通量檢測。操作流程：操作流程：樣品樣品RNA準備準備cDNA文庫構(gòu)建文庫構(gòu)建DNA成簇擴增成簇擴增高通量測序高通量測序數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)分析RNA的選擇性剪接是指用不同的剪接方式從一個的選擇性剪接是指用不同的剪接方式從一個mRNA前體產(chǎn)生不同的前體產(chǎn)生不同的mRNA剪接異構(gòu)體的過程。剪接異構(gòu)體的過程。選擇性剪接可分為：平選擇性剪接可分為：平衡剪切、

7、衡剪切、5 選擇性剪切、選擇性剪切、3 選擇性剪切、外顯子選擇性剪切、外顯子遺漏型剪切及相互排斥遺漏型剪切及相互排斥型剪切。型剪切。常用常用RT-PCR法研究某法研究某個基因是否存在選擇性個基因是否存在選擇性剪切。剪切。原位雜交技術(shù)原位雜交技術(shù)(ISH)是用標記的核酸探針，經(jīng)放射是用標記的核酸探針，經(jīng)放射自顯影或非放射檢測體系，在組織，細胞、間期自顯影或非放射檢測體系，在組織，細胞、間期核及染色體上對核酸進行定位和相對定量研究的核及染色體上對核酸進行定位和相對定量研究的一種手段。一種手段。原位雜交分為原位雜交分為RNA原位雜交和染色體原位雜交。原位雜交和染色體原位雜交。RNA原位雜交原位雜交

8、組織切片中，對特定基因的表達產(chǎn)組織切片中，對特定基因的表達產(chǎn)物物(mRNA)在細胞水平上作出定性定量分析。在細胞水平上作出定性定量分析。染色體原位雜交也稱為染色體原位雜交也稱為熒光原位雜交熒光原位雜交(FISH) 可確可確定特定的定特定的DNA序列在染色體上的位置。序列在染色體上的位置。原理：原理：利用核酸分子單鏈之間有互補的堿基序列，將有放射性利用核酸分子單鏈之間有互補的堿基序列，將有放射性或非放射性的外源核酸或非放射性的外源核酸(即探針即探針)與組織、細胞或染色體與組織、細胞或染色體上待測上待測DNA或或RNA互補配對，結(jié)合成專一的核酸雜交分互補配對，結(jié)合成專一的核酸雜交分子，經(jīng)一定的檢測

9、手段將待測核酸在組織、細胞或染色子，經(jīng)一定的檢測手段將待測核酸在組織、細胞或染色體上的位置顯示出來。體上的位置顯示出來。操作流程：操作流程：以經(jīng)過標記的已知核酸分子為探針。以經(jīng)過標記的已知核酸分子為探針。以細胞內(nèi)與探針序列互補的特異核酸分子為靶分子。以細胞內(nèi)與探針序列互補的特異核酸分子為靶分子。在一定條件下使探針與靶核酸分子在原位發(fā)生雜交。在一定條件下使探針與靶核酸分子在原位發(fā)生雜交。再對其探測。再對其探測。通過改變基因特定位點核苷酸序列來改變所編碼的通過改變基因特定位點核苷酸序列來改變所編碼的氨基酸序列，用于研究某個氨基酸序列，用于研究某個(些些)氨基酸殘基對蛋白氨基酸殘基對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、催化

10、活性以及結(jié)合配體能力的影響。質(zhì)結(jié)構(gòu)、催化活性以及結(jié)合配體能力的影響?；蚨c突變也可用于改造基因定點突變也可用于改造DNA調(diào)控元件特征序調(diào)控元件特征序列、修飾表達載體、引入新的酶切位點等。列、修飾表達載體、引入新的酶切位點等。寡核苷酸介導(dǎo)的基因突變指用含有突變堿基的寡聚寡核苷酸介導(dǎo)的基因突變指用含有突變堿基的寡聚核苷酸片斷作為引物，在聚合酶的作用下啟動核苷酸片斷作為引物，在聚合酶的作用下啟動DNA分子進行復(fù)制。分子進行復(fù)制。目前，在基因序列中進行定點突變，主要采用兩種目前，在基因序列中進行定點突變，主要采用兩種PCR方法，重疊延伸技術(shù)和大引物誘變法。方法，重疊延伸技術(shù)和大引物誘變法。原理：原理

11、：合成一段寡聚脫氧核糖核苷酸作為引物，其中含有需要合成一段寡聚脫氧核糖核苷酸作為引物，其中含有需要改變的堿基，使其與帶有目的基因的單鏈改變的堿基，使其與帶有目的基因的單鏈DNA配對。配對。合成的寡聚核苷酸引物除短的錯配區(qū)外，與目的基因完合成的寡聚核苷酸引物除短的錯配區(qū)外，與目的基因完全互補。全互補。用用DNA聚合酶使寡聚核苷酸引物延伸，完成單鏈聚合酶使寡聚核苷酸引物延伸，完成單鏈DNA的復(fù)制。的復(fù)制。由此產(chǎn)生的雙鏈由此產(chǎn)生的雙鏈DNA，一條鏈為野生型親代鏈，另一條，一條鏈為野生型親代鏈，另一條為突變型子鏈。為突變型子鏈。將獲得的雙鏈分子通過轉(zhuǎn)導(dǎo)導(dǎo)入宿主細胞，并篩選出突將獲得的雙鏈分子通過轉(zhuǎn)導(dǎo)導(dǎo)

12、入宿主細胞，并篩選出突變體，其中基因已被定向修改。變體，其中基因已被定向修改。操作流程：操作流程：合成一段含有需要改變堿基的寡聚核苷酸引物。合成一段含有需要改變堿基的寡聚核苷酸引物。 構(gòu)建含靶序列的單鏈重組構(gòu)建含靶序列的單鏈重組M13DNA。 用用DNA聚合酶延伸誘變寡聚合酶延伸誘變寡核苷酸引物，形成雜合雙核苷酸引物，形成雜合雙鏈鏈M13DNA。 轉(zhuǎn)染大腸桿菌，篩選攜帶轉(zhuǎn)染大腸桿菌，篩選攜帶突變體克隆的突變體克隆的M13噬菌斑。噬菌斑。 純化突變體，序列序列分純化突變體，序列序列分析驗證。析驗證。原理：原理：對于兩個具有部分重疊序列的對于兩個具有部分重疊序列的DNA片段，在經(jīng)過變性和片段，在經(jīng)

13、過變性和復(fù)性后，兩個復(fù)性后，兩個DNA片段之間通過同源序列形成部分雜合片段之間通過同源序列形成部分雜合的雙鏈，在的雙鏈，在DNA聚合酶作用下，雜合雙鏈可互為引物和聚合酶作用下，雜合雙鏈可互為引物和模板，引導(dǎo)模板，引導(dǎo)DNA的合成，從而形成雜合的合成，從而形成雜合DNA雙鏈。雙鏈。操作流程：操作流程：將將DNA模板分別與引物對模板分別與引物對1和引物對和引物對2退火。退火。通過通過PCR1和和PCR2擴增出兩種靶基因片段。擴增出兩種靶基因片段。FMR2和和RMF2片段在重疊區(qū)發(fā)生退火。片段在重疊區(qū)發(fā)生退火。用用DNA聚合酶補平缺口，形成長鏈聚合酶補平缺口，形成長鏈DNA，PCR3擴增。擴增。用引

14、物用引物F2和和R2擴增出帶有突變位點的全長擴增出帶有突變位點的全長DNA片段。片段。首先用正向突變引物首先用正向突變引物(M)和反向引物和反向引物(R1)擴增模板擴增模板DNA產(chǎn)生雙鏈大引物產(chǎn)生雙鏈大引物(PCR1)。將雙鏈大引物將雙鏈大引物(PCR1)與野生型與野生型DNA分子混合后退分子混合后退火并使之復(fù)性。火并使之復(fù)性。第二輪第二輪PCR中加入正向引物中加入正向引物(F2)，與，與PCR1中的互中的互補鏈配對，擴增產(chǎn)生帶有突變的雙鏈補鏈配對，擴增產(chǎn)生帶有突變的雙鏈DNA。由于由于F2的退火溫度顯著高于的退火溫度顯著高于M和和R1，可忽略引物，可忽略引物M和和R1在本輪反應(yīng)中所造成的干擾

15、。在本輪反應(yīng)中所造成的干擾。獲得定點突變獲得定點突變PCR產(chǎn)物后，進行產(chǎn)物后，進行DNA序列分析以序列分析以驗證突變位點。驗證突變位點。PCR介導(dǎo)的定點突變方法的優(yōu)勢：介導(dǎo)的定點突變方法的優(yōu)勢：突變體回收率高；突變體回收率高；能用雙鏈能用雙鏈DNA作為模板，可在任何位點引入突變；作為模板，可在任何位點引入突變；可在同一試管中完成所有反應(yīng)；可在同一試管中完成所有反應(yīng)；快速簡便；快速簡便；PCR介導(dǎo)的定點突變方法已成為定點突變的主介導(dǎo)的定點突變方法已成為定點突變的主要技術(shù)。要技術(shù)。經(jīng)典遺傳學(xué)是從一個突變體的表型出發(fā)，研究其基經(jīng)典遺傳學(xué)是從一個突變體的表型出發(fā)，研究其基因型，進而找出該基因的編碼序列

16、。因型，進而找出該基因的編碼序列。現(xiàn)代遺傳學(xué)現(xiàn)代遺傳學(xué)(反向遺傳學(xué)反向遺傳學(xué))首先從基因序列出發(fā)，推首先從基因序列出發(fā)，推測其表現(xiàn)型，進而推導(dǎo)出該基因的功能。測其表現(xiàn)型，進而推導(dǎo)出該基因的功能?；蚯贸址Q基因打靶，通過外源基因敲除又稱基因打靶，通過外源DNA與染色體與染色體DNA之間的同源重組，進行精確的定點修飾和基因之間的同源重組，進行精確的定點修飾和基因改造，具有專一性強、染色體改造，具有專一性強、染色體DNA可與目的片段共可與目的片段共同穩(wěn)定遺傳等特點。同穩(wěn)定遺傳等特點。6.2.1 基本原理基本原理基因敲除為完全基因敲除和條件型基因敲除?；蚯贸秊橥耆蚯贸蜅l件型基因敲除。完全基因

17、敲除完全基因敲除 指通過同源重組法完全消除細胞指通過同源重組法完全消除細胞或者動物個體中的靶基因活性?；蛘邉游飩€體中的靶基因活性。條件型基因敲除條件型基因敲除 指通過定位重組系統(tǒng)實現(xiàn)特指通過定位重組系統(tǒng)實現(xiàn)特 定時間和空間的基因敲除。定時間和空間的基因敲除。噬菌體的噬菌體的Cre/Loxp系統(tǒng)、系統(tǒng)、Gin/Gix系統(tǒng)，酵母細系統(tǒng)，酵母細胞的胞的FLP/FRT系統(tǒng)和系統(tǒng)和R/RS系統(tǒng)是現(xiàn)階段常用的系統(tǒng)是現(xiàn)階段常用的四種定位重組系統(tǒng)。四種定位重組系統(tǒng)。Cre/Loxp系統(tǒng)應(yīng)用最為廣泛。系統(tǒng)應(yīng)用最為廣泛。采用取代型或插入型載體在胚胎干細胞中根據(jù)正采用取代型或插入型載體在胚胎干細胞中根據(jù)正-負篩選原

18、理進行完全基因敲除。負篩選原理進行完全基因敲除。正向選擇基因正向選擇基因neo(新霉素抗性基因新霉素抗性基因)通常被插入載通常被插入載體靶體靶DNA功能最關(guān)鍵的外顯子中，或通過同源重功能最關(guān)鍵的外顯子中，或通過同源重組法置換靶基因的功能區(qū)。組法置換靶基因的功能區(qū)。負向選擇基因負向選擇基因HSV-tk(單純皰疹病毒胸苷激酶基因單純皰疹病毒胸苷激酶基因)則被置于目的片段外側(cè)，含有該基因的重組細胞則被置于目的片段外側(cè)，含有該基因的重組細胞不能在選擇培養(yǎng)基上生長。不能在選擇培養(yǎng)基上生長。如果細胞中發(fā)生了隨機重組，負向選擇基因就可如果細胞中發(fā)生了隨機重組，負向選擇基因就可能被整合到基因組中，導(dǎo)致細胞死亡

19、。能被整合到基因組中，導(dǎo)致細胞死亡。用分子篩選技術(shù)對細胞系進行驗證，確定是否敲用分子篩選技術(shù)對細胞系進行驗證，確定是否敲除了目的基因。除了目的基因。構(gòu)建條件型基因敲除打靶載體，將正向選擇標記構(gòu)建條件型基因敲除打靶載體，將正向選擇標記neo置于靶基因的內(nèi)含子中，并在靶基因重要功能置于靶基因的內(nèi)含子中，并在靶基因重要功能域兩側(cè)內(nèi)含子中插入同向域兩側(cè)內(nèi)含子中插入同向LoxP位點。位點。需要消除靶基因活性時，與帶有需要消除靶基因活性時，與帶有Cre重組酶基因重組酶基因的的ES細胞雜交，細胞雜交，Cre可把兩個可把兩個LoxP位點間的位點間的DNA片段切除，導(dǎo)致靶基因失活。片段切除，導(dǎo)致靶基因失活。Cr

20、e重組酶是細菌噬菌體重組酶是細菌噬菌體P1的的I型拓撲異構(gòu)酶，催型拓撲異構(gòu)酶，催化化LoxP位點間的位點間的DNA進行位點特異性重組。進行位點特異性重組。 也可用也可用Cre表達質(zhì)粒轉(zhuǎn)染中靶表達質(zhì)粒轉(zhuǎn)染中靶ES細胞，通過重組細胞，通過重組將兩個將兩個LoxP位點間的位點間的neo抗性基因刪除?？剐曰騽h除。胚胎干細胞胚胎干細胞(ES細胞細胞)分離和體外培養(yǎng)的成功奠定了分離和體外培養(yǎng)的成功奠定了哺乳動物基因敲除的技術(shù)基礎(chǔ)。哺乳動物基因敲除的技術(shù)基礎(chǔ)。真核生物基因敲除的技術(shù)路線主要包括構(gòu)建重組基真核生物基因敲除的技術(shù)路線主要包括構(gòu)建重組基因載體，用電穿孔、顯微注射等方法把重組因載體，用電穿孔、顯微

21、注射等方法把重組DNA導(dǎo)導(dǎo)入胚胎干細胞純系中，使外源入胚胎干細胞純系中，使外源DNA與胚胎干細胞基與胚胎干細胞基因組中相應(yīng)部分發(fā)生同源重組，將重組載體中的因組中相應(yīng)部分發(fā)生同源重組，將重組載體中的DNA序列整合到內(nèi)源基因組中并得以表達。序列整合到內(nèi)源基因組中并得以表達。顯微注射命中率較高，技術(shù)難度相對大些。顯微注射命中率較高，技術(shù)難度相對大些。電穿孔法命中率比顯微注射低，操作使用方便。電穿孔法命中率比顯微注射低，操作使用方便。T-DNA插入失活技術(shù)是目前在植物中使用最為廣泛插入失活技術(shù)是目前在植物中使用最為廣泛的基因敲除手段。的基因敲除手段。利用根癌農(nóng)桿菌利用根癌農(nóng)桿菌T-DNA介導(dǎo)轉(zhuǎn)化，將帶

22、有報告基因介導(dǎo)轉(zhuǎn)化，將帶有報告基因的的DNA序列整合到基因組序列整合到基因組DNA上，如果這段上，如果這段DNA插入到目的基因內(nèi)部或附近，就會影響該基因的表插入到目的基因內(nèi)部或附近，就會影響該基因的表達，從而使該基因達，從而使該基因“失活失活”。在該基因內(nèi)部或附近插入了一段已知序列的在該基因內(nèi)部或附近插入了一段已知序列的DNA，可設(shè)計引物將被破壞了的靶序列可設(shè)計引物將被破壞了的靶序列PCR擴增出來。擴增出來。將靶基因兩端的引物將靶基因兩端的引物L(fēng)P、RP及插入載體上的引物及插入載體上的引物L(fēng)B在同一體系在同一體系PCR擴增，可得擴增，可得3種類型的條帶。種類型的條帶。酵母單雜交系統(tǒng)是上世紀酵母

23、單雜交系統(tǒng)是上世紀90年代中發(fā)展起來的研年代中發(fā)展起來的研究究DNA-蛋白質(zhì)之間相互作用的新技術(shù)。蛋白質(zhì)之間相互作用的新技術(shù)。該技術(shù)可識別穩(wěn)定結(jié)合于該技術(shù)可識別穩(wěn)定結(jié)合于DNA上的蛋白質(zhì)，在酵上的蛋白質(zhì)，在酵母細胞內(nèi)研究真核生物中母細胞內(nèi)研究真核生物中DNA-蛋白質(zhì)之間的相互蛋白質(zhì)之間的相互作用，并通過篩選作用，并通過篩選DNA文庫直接獲得靶序列相互文庫直接獲得靶序列相互作用蛋白的編碼基因。作用蛋白的編碼基因。將已知順式作用元件構(gòu)建到最基本啟動子將已知順式作用元件構(gòu)建到最基本啟動子(Pmin)的上游，把報告基因連接到的上游，把報告基因連接到Pmin下游。下游。6.3.1 酵母單雜交系統(tǒng)酵母單雜

24、交系統(tǒng)將編碼待測轉(zhuǎn)錄因子將編碼待測轉(zhuǎn)錄因子cDNA與已知酵母轉(zhuǎn)錄激活與已知酵母轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域結(jié)構(gòu)域(AD)融合表達載體導(dǎo)入酵母細胞，該基因融合表達載體導(dǎo)入酵母細胞，該基因產(chǎn)物如果能夠與順式作用元件相結(jié)合，就能激活產(chǎn)物如果能夠與順式作用元件相結(jié)合，就能激活Pmin啟動子，使報告基因得到表達。啟動子，使報告基因得到表達。核生物轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子具有組件式結(jié)構(gòu)特征，這些核生物轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子具有組件式結(jié)構(gòu)特征，這些蛋白往往由兩個或兩個以上相互獨立的結(jié)構(gòu)域構(gòu)蛋白往往由兩個或兩個以上相互獨立的結(jié)構(gòu)域構(gòu)成，其中成，其中DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域結(jié)合結(jié)構(gòu)域(BD)和轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域和轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域(AD)是轉(zhuǎn)錄激活因子發(fā)揮功能所

25、必須的。是轉(zhuǎn)錄激活因子發(fā)揮功能所必須的。BD能與特定基因啟動區(qū)結(jié)合，但不能激活基因轉(zhuǎn)能與特定基因啟動區(qū)結(jié)合，但不能激活基因轉(zhuǎn)錄，由不同轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子的錄，由不同轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子的BD和和AD所形成的雜所形成的雜合蛋白卻能行使激活轉(zhuǎn)錄的功能。合蛋白卻能行使激活轉(zhuǎn)錄的功能。先用基因重組技術(shù)將編碼已知蛋白的先用基因重組技術(shù)將編碼已知蛋白的DNA序列連序列連接到帶有酵母轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子接到帶有酵母轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子(GAL1、GAL4)DNA BD編碼區(qū)的表達載體上。編碼區(qū)的表達載體上。導(dǎo)入酵母細胞中使之表達帶有導(dǎo)入酵母細胞中使之表達帶有DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域的雜結(jié)合結(jié)構(gòu)域的雜合蛋白，與報告基因上游的啟動調(diào)控區(qū)相結(jié)合，將合

26、蛋白，與報告基因上游的啟動調(diào)控區(qū)相結(jié)合，將作為作為“誘餌誘餌”捕獲與已知蛋白相互作用的基因產(chǎn)物。捕獲與已知蛋白相互作用的基因產(chǎn)物。再將已知編碼再將已知編碼AD的的DNA分別與待篩選的分別與待篩選的cDNA文庫文庫中不同插入片段相連，獲得中不同插入片段相連，獲得“獵物獵物”載體，轉(zhuǎn)化含載體，轉(zhuǎn)化含有有“誘餌誘餌”的酵母菌。的酵母菌。如果酵母細胞表達的如果酵母細胞表達的“誘餌誘餌”蛋白與蛋白與“獵物獵物”載體載體表達的某個蛋白質(zhì)發(fā)生作用，不同轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子的表達的某個蛋白質(zhì)發(fā)生作用，不同轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子的AD和和BD就會靠攏，激活報告基因表達。就會靠攏，激活報告基因表達。分離有報告基因活性的酵母菌，得到

27、所需的分離有報告基因活性的酵母菌，得到所需的“獵物獵物”載體，就能得到與已知蛋白質(zhì)作用的新基因。載體，就能得到與已知蛋白質(zhì)作用的新基因。將誘餌蛋白結(jié)合于葡聚糖表面并固定于納米級厚將誘餌蛋白結(jié)合于葡聚糖表面并固定于納米級厚度的金屬膜上。當?shù)鞍踪|(zhì)混合物經(jīng)過時，如果有度的金屬膜上。當?shù)鞍踪|(zhì)混合物經(jīng)過時，如果有蛋白質(zhì)同蛋白質(zhì)同“誘餌誘餌”蛋白發(fā)生相互作用，那么兩者蛋白發(fā)生相互作用，那么兩者的結(jié)合將使金屬膜表面的折射率上升，導(dǎo)致共振的結(jié)合將使金屬膜表面的折射率上升，導(dǎo)致共振角度的改變。角度的改變。1)等離子表面共振技術(shù)等離子表面共振技術(shù)(SPR)共振角度的改變與共振角度的改變與該處蛋白質(zhì)濃度成該處蛋白質(zhì)

28、濃度成線性關(guān)系。由此可線性關(guān)系。由此可檢測蛋白質(zhì)之間的檢測蛋白質(zhì)之間的相互作用。相互作用。將靶蛋白的抗體連接到將靶蛋白的抗體連接到固體基質(zhì)上。固體基質(zhì)上。再將可能與靶蛋白發(fā)生再將可能與靶蛋白發(fā)生相互作用的待篩選蛋白相互作用的待篩選蛋白加入反應(yīng)體系中。加入反應(yīng)體系中。用低離心力沉淀或微膜用低離心力沉淀或微膜過濾法在固體基質(zhì)和抗過濾法在固體基質(zhì)和抗體的共同作用下將蛋白體的共同作用下將蛋白復(fù)合物沉淀到試管的底復(fù)合物沉淀到試管的底部或微膜上。部或微膜上。GST融合蛋白融合蛋白是將谷胱甘肽是將谷胱甘肽S轉(zhuǎn)移酶轉(zhuǎn)移酶(GST)與目標與目標蛋白做成融合蛋白的方式在外源表達。蛋白做成融合蛋白的方式在外源表達。

29、利用利用GST對谷胱甘肽對谷胱甘肽偶聯(lián)的瓊脂糖球珠的偶聯(lián)的瓊脂糖球珠的親和性，從混合蛋白親和性，從混合蛋白質(zhì)樣品中純化得到相質(zhì)樣品中純化得到相互作用蛋白?；プ饔玫鞍?。GST沉降應(yīng)用于確定沉降應(yīng)用于確定探針蛋白與未知蛋白探針蛋白與未知蛋白以及探針蛋白與已知以及探針蛋白與已知蛋白間的相互作用。蛋白間的相互作用。GAD融合蛋白是由酵母轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子融合蛋白是由酵母轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子(Gal4)的轉(zhuǎn)的轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域錄激活結(jié)構(gòu)域(GAD)與植物色素相互作用因子與植物色素相互作用因子(PIF3)構(gòu)成。構(gòu)成。將將GAD與與PIF3的不同區(qū)段相接成為誘餌，研究的不同區(qū)段相接成為誘餌，研究該重組蛋白在體外與光敏素該重組

30、蛋白在體外與光敏素B(phy B)與缺失與缺失N-37位氨基酸的突變體或光敏素位氨基酸的突變體或光敏素(phy A)的相互作用。的相互作用。光敏素光敏素B能與能與PIF3發(fā)生強烈的相互作用，超過發(fā)生強烈的相互作用，超過30%的的phy B被被PIF3沉淀下來。沉淀下來。缺失缺失N-37位氨基酸的位氨基酸的phy B突變體及突變體及phy A只能與只能與PIF3發(fā)生較弱的作用，約發(fā)生較弱的作用，約5%的的phy A或約或約10%的的N-37位氨基酸缺失突變的位氨基酸缺失突變的phy B被沉淀下來。被沉淀下來。FRET用于細胞內(nèi)蛋白質(zhì)的相互作用研究。用于細胞內(nèi)蛋白質(zhì)的相互作用研究。FRET熒光能量

31、轉(zhuǎn)移有三個基本條件：熒光能量轉(zhuǎn)移有三個基本條件：給體與受體在合適的距離給體與受體在合適的距離(110nm)；給體的發(fā)射光譜與受體的吸收光譜有一定的重疊給體的發(fā)射光譜與受體的吸收光譜有一定的重疊(這是這是能量匹配的條件能量匹配的條件)；給體與受體的偶極具有一定的空間取向給體與受體的偶極具有一定的空間取向(這是偶極這是偶極-偶極偶極耦合作用的條件耦合作用的條件)。FRET需要有兩個探針，即熒光給體和熒光受體，需要有兩個探針，即熒光給體和熒光受體，要求給體的發(fā)射光譜與受體的吸收光譜有一定的要求給體的發(fā)射光譜與受體的吸收光譜有一定的重疊，而與受體的發(fā)射光譜盡量沒有重疊。重疊，而與受體的發(fā)射光譜盡量沒有

32、重疊。不同蛋白的吸收和發(fā)射波長不同，可根據(jù)需要組不同蛋白的吸收和發(fā)射波長不同，可根據(jù)需要組成不同的探針對。成不同的探針對。常用的探針有常用的探針有3類：類：熒光蛋白熒光蛋白 一類能發(fā)射熒光的天然蛋白及其突變體。常一類能發(fā)射熒光的天然蛋白及其突變體。常見的有綠色見的有綠色(GFP)、藍色、藍色(BFP)、青色、青色(CFP)和黃色和黃色(YFP)熒光蛋白等。熒光蛋白等。有機染料有機染料 具有特征吸收和發(fā)射光譜的有機化合物組成具有特征吸收和發(fā)射光譜的有機化合物組成的染料對。包括熒光素、羅丹明類化合物和青色染料的染料對。包括熒光素、羅丹明類化合物和青色染料Cy3、Cy5等。等。 鑭系染料鑭系染料(金

33、屬染料金屬染料) 一般與有機染料聯(lián)用，分別作為一般與有機染料聯(lián)用，分別作為FRET的給體或受體，以提高檢測的準確性和信噪比。的給體或受體，以提高檢測的準確性和信噪比。ChIP是一種在體內(nèi)研究是一種在體內(nèi)研究DNA與蛋白質(zhì)相互作用的與蛋白質(zhì)相互作用的方法。方法。ChIP不僅可以檢測體內(nèi)反式因子與不僅可以檢測體內(nèi)反式因子與DNA的的動態(tài)作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修動態(tài)作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關(guān)系。飾與基因表達的關(guān)系。ChIP流程流程(見見P226圖圖6-30)： 在活細胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)在活細胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合物。復(fù)合物。超聲或酶切處理將其隨機切成

34、染色質(zhì)小片段。超聲或酶切處理將其隨機切成染色質(zhì)小片段。通過抗原抗體的特異識別反應(yīng)，沉淀該復(fù)合物。通過抗原抗體的特異識別反應(yīng)，沉淀該復(fù)合物。富集與目的蛋白質(zhì)結(jié)合的富集與目的蛋白質(zhì)結(jié)合的DNA片段。片段。對目的對目的DNA片段進行純化和片段進行純化和PCR檢測。檢測。RNA干涉干涉(RNAi)技術(shù)是利用雙鏈小技術(shù)是利用雙鏈小RNA高效、特高效、特異性降解細胞內(nèi)同源異性降解細胞內(nèi)同源mRNA從而阻斷靶基因表達，從而阻斷靶基因表達，使細胞出現(xiàn)靶基因缺失的表型。使細胞出現(xiàn)靶基因缺失的表型。雙鏈雙鏈RNA是是RNAi的觸發(fā)物，引發(fā)與之互補的單的觸發(fā)物，引發(fā)與之互補的單鏈鏈RNA(ssRNA)的降解。的降解

35、。經(jīng)過經(jīng)過Dicer(一種具有一種具有RNAase III活性的核酸酶活性的核酸酶)的的加工，細胞中較長的雙鏈加工，細胞中較長的雙鏈RNA(30個核苷酸以上個核苷酸以上)首先被降解形成首先被降解形成2125個核苷酸的小分子干擾核糖個核苷酸的小分子干擾核糖核酸核酸(siRNA)，并有效地定位目標，并有效地定位目標mRNA。siRNA是引發(fā)轉(zhuǎn)錄后基因沉默中序列特異性是引發(fā)轉(zhuǎn)錄后基因沉默中序列特異性RNA降解的重要中間媒介，它具有特殊的結(jié)構(gòu)特征，降解的重要中間媒介，它具有特殊的結(jié)構(gòu)特征，即即5 端磷酸基團和端磷酸基團和3 端的羥基，其兩條鏈的端的羥基，其兩條鏈的3 端各端各有兩個堿基突出于末端。有兩

36、個堿基突出于末端。由由siRNA中的反義鏈參與指導(dǎo)合成被稱為中的反義鏈參與指導(dǎo)合成被稱為RNA誘誘導(dǎo)的沉默復(fù)合體導(dǎo)的沉默復(fù)合體(RISC)的核蛋白體，再由的核蛋白體，再由RISC介導(dǎo)切割目的介導(dǎo)切割目的mRNA分子中與分子中與siRNA反義鏈互補反義鏈互補的區(qū)域，從而實現(xiàn)干擾靶基因表達的功能。的區(qū)域，從而實現(xiàn)干擾靶基因表達的功能。哺乳動物細胞內(nèi)，較長的雙鏈哺乳動物細胞內(nèi)，較長的雙鏈RNA(dsRNA)會導(dǎo)會導(dǎo)致非特異性基因沉默，只有致非特異性基因沉默，只有2125個核苷酸的個核苷酸的siRNA才能有效引發(fā)特異性基因沉默。才能有效引發(fā)特異性基因沉默。非哺乳動物可用較長非哺乳動物可用較長dsRNA

37、直接誘導(dǎo)產(chǎn)生直接誘導(dǎo)產(chǎn)生RNAi。核酸雜交技術(shù)是基因芯片應(yīng)用的基礎(chǔ)。核酸雜交技術(shù)是基因芯片應(yīng)用的基礎(chǔ)。基因芯片基因芯片(DNA chip)，又稱，又稱DNA芯片，是指將許芯片，是指將許多特定的寡核苷酸片段或基因片段作為探針，有多特定的寡核苷酸片段或基因片段作為探針，有規(guī)律地排列固定于支持物上。規(guī)律地排列固定于支持物上。然后與待測的標記樣品的基因按堿基配對原理進然后與待測的標記樣品的基因按堿基配對原理進行雜交，再通過激光共聚焦熒光檢測系統(tǒng)等對芯行雜交，再通過激光共聚焦熒光檢測系統(tǒng)等對芯片進行掃描。片進行掃描。6.4.1 基因芯片技術(shù)原理基因芯片技術(shù)原理并配以計算機系統(tǒng)對每一探針并配以計算機系統(tǒng)對

38、每一探針上的熒光信號進行比較和檢測，上的熒光信號進行比較和檢測，而迅速得出所要的信息。而迅速得出所要的信息?；蛐酒膶嵸|(zhì)是高度集成的寡核苷酸陣列?；蛐酒膶嵸|(zhì)是高度集成的寡核苷酸陣列。制作簡易基因芯片時，用機械臂把制作簡易基因芯片時，用機械臂把DNA片段點在片段點在玻璃片或尼龍膜上，經(jīng)過物理吸附作用達到固化。玻璃片或尼龍膜上，經(jīng)過物理吸附作用達到固化。也可以直接在玻璃板表面進行化學(xué)合成，從而得到也可以直接在玻璃板表面進行化學(xué)合成，從而得到寡聚核苷酸芯片。寡聚核苷酸芯片。將芯片與待研究的將芯片與待研究的cDNA或其它樣品雜交，經(jīng)過計或其它樣品雜交，經(jīng)過計算機掃描和數(shù)據(jù)處理，便可以觀察到大規(guī)模

39、的基因算機掃描和數(shù)據(jù)處理，便可以觀察到大規(guī)模的基因群在不同組織或同一組織不同發(fā)育時期或不同生理群在不同組織或同一組織不同發(fā)育時期或不同生理條件下的表達調(diào)控情況。條件下的表達調(diào)控情況。1)簡易基因芯片簡易基因芯片簡易芯片一般基因數(shù)量少簡易芯片一般基因數(shù)量少(一般不超過一般不超過2000)，主，主要用于研究小部分特定基因的表達狀態(tài)?？捎檬忠糜谘芯啃〔糠痔囟ɑ虻谋磉_狀態(tài)?？捎檬止ぶ谱骰蛘邫C械手點樣。工制作或者機械手點樣。大規(guī)?；蛐酒ǔＩ婕盎蚪M規(guī)模與數(shù)量大大規(guī)模基因芯片通常涉及基因組規(guī)模與數(shù)量大(一一般大于般大于10000個基因個基因)，分別采用接觸式點樣，非，分別采用接觸式點樣，非接觸式點

40、樣或者半導(dǎo)體技術(shù)制備樣品。接觸式點樣或者半導(dǎo)體技術(shù)制備樣品。基因芯片技術(shù)包括四個主要步驟：芯片制備、樣基因芯片技術(shù)包括四個主要步驟：芯片制備、樣品制備、雜交反應(yīng)、信號檢測和結(jié)果分析。品制備、雜交反應(yīng)、信號檢測和結(jié)果分析?；蛐酒墓ぷ髁鞒蹋夯蛐酒墓ぷ髁鞒蹋航?jīng)大規(guī)模經(jīng)大規(guī)模PCR擴增獲得獨立擴增獲得獨立cDNA片段。片段。用機械手將用機械手將PCR產(chǎn)物點在合適的介質(zhì)上，變性、固定。產(chǎn)物點在合適的介質(zhì)上，變性、固定。從不同器官或組織中分離從不同器官或組織中分離mRNA，反轉(zhuǎn)錄生成，反轉(zhuǎn)錄生成cDNA。用不同的熒光染料標記不同的用不同的熒光染料標記不同的cDNA樣本。樣本。將標記后的將標記后的c

41、DNA與點好的芯片進行雜交。與點好的芯片進行雜交。激光掃描芯片雜交結(jié)果，計算機處理。激光掃描芯片雜交結(jié)果，計算機處理。分析芯片雜交數(shù)據(jù)。分析芯片雜交數(shù)據(jù)。PCR擴增擴增靶基因標記靶基因標記原位合成原位合成合成點樣合成點樣芯片雜交芯片雜交雜交檢測雜交檢測數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)分析實際應(yīng)用實際應(yīng)用提出問題提出問題芯片設(shè)計芯片設(shè)計芯片制作芯片制作試樣處理試樣處理表達差異分析表達差異分析多態(tài)性分析多態(tài)性分析再測序再測序生物信息學(xué)生物信息學(xué)數(shù)學(xué)優(yōu)化數(shù)學(xué)優(yōu)化數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫標準化標準化數(shù)據(jù)可靠性分析：數(shù)據(jù)可靠性分析：通過兩次平行雜交反應(yīng)，將每個基因在兩個反應(yīng)中的表通過兩次平行雜交反應(yīng)，將每個基因在兩個反應(yīng)中的表達水平做

42、成對應(yīng)散點圖，只要絕大多數(shù)基因的雜交結(jié)果達水平做成對應(yīng)散點圖，只要絕大多數(shù)基因的雜交結(jié)果都在都在45斜線附近，就說明實驗結(jié)果是可靠的。斜線附近，就說明實驗結(jié)果是可靠的。用多個管家基因作為內(nèi)對照，管家基因的反應(yīng)信號在兩用多個管家基因作為內(nèi)對照，管家基因的反應(yīng)信號在兩種組織中不變，可確定其他基因表達信號的相對值。種組織中不變，可確定其他基因表達信號的相對值。生物學(xué)意義分析生物學(xué)意義分析分析芯片雜交數(shù)據(jù)，研究差異表達基因的生物學(xué)意義。分析芯片雜交數(shù)據(jù)，研究差異表達基因的生物學(xué)意義。將差異表達定位于不同的生物化學(xué)代謝途徑，研究基因?qū)⒉町惐磉_定位于不同的生物化學(xué)代謝途徑，研究基因芯片數(shù)據(jù)中可能具有生物學(xué)

43、意義的代謝途徑。芯片數(shù)據(jù)中可能具有生物學(xué)意義的代謝途徑。酵母菌是單細胞真核生物，具有與動植物細胞相酵母菌是單細胞真核生物，具有與動植物細胞相似的結(jié)構(gòu)特征。似的結(jié)構(gòu)特征。釀酒酵母有穩(wěn)定的單倍體和二倍體細胞，是最早釀酒酵母有穩(wěn)定的單倍體和二倍體細胞，是最早完成基因組完成基因組DNA全序列測定的真核生物。全序列測定的真核生物。導(dǎo)入酵母細胞中的導(dǎo)入酵母細胞中的DNA即能以自主復(fù)制的分子形即能以自主復(fù)制的分子形式存在，也可被整合到基因組的方式存在。式存在，也可被整合到基因組的方式存在。酵母中轉(zhuǎn)化酵母中轉(zhuǎn)化DNA的整合重組主要通過同源重組方的整合重組主要通過同源重組方式進行，整合效率較高。式進行，整合效率

44、較高。6.5.1 酵母的遺傳學(xué)和分子生物學(xué)簡介酵母的遺傳學(xué)和分子生物學(xué)簡介酵母單倍體和二倍體的重大差異：酵母單倍體和二倍體的重大差異：二倍體細胞直徑大約是單倍體的二倍體細胞直徑大約是單倍體的1.3倍。倍。二倍體細胞呈長形或卵圓形，單倍體通常接近圓形。二倍體細胞呈長形或卵圓形，單倍體通常接近圓形。二倍體細胞按極性方向出芽，單倍體按軸線方向出芽。二倍體細胞按極性方向出芽，單倍體按軸線方向出芽。酵母細胞有三種交配型：酵母細胞有三種交配型：單倍體單倍體 MATa；MAT二倍體二倍體 MATa/MATa與與MAT交配形成交配形成MATa/。MATa/不能與不能與MATa或或MAT交配。交配。二倍體酵母細

45、胞在營養(yǎng)缺乏的條件下能通過減數(shù)分二倍體酵母細胞在營養(yǎng)缺乏的條件下能通過減數(shù)分裂形成單倍體的孢子。從單個孢子來源的所有細胞裂形成單倍體的孢子。從單個孢子來源的所有細胞都帶有一套相同的染色體都帶有一套相同的染色體DNA。利用整合型質(zhì)粒利用整合型質(zhì)粒(Yip)可以對酵母基因組中可以對酵母基因組中的任意基因進行精確的敲除的任意基因進行精確的敲除(置換置換) 。帶有致死位點和可能的外源功能互補基因的帶有致死位點和可能的外源功能互補基因的酵母二倍體細胞在饑餓條件下形成四分體孢酵母二倍體細胞在饑餓條件下形成四分體孢子，通過四分體分析技術(shù)進行觀測和研究。子，通過四分體分析技術(shù)進行觀測和研究。如果引入的外源基因

46、具有互補突變點的功能，如果引入的外源基因具有互補突變點的功能，含有突變基因的單倍體可以存活，否則就不含有突變基因的單倍體可以存活，否則就不能存活。能存活。將外源基因克隆于酵母表達載體上，轉(zhuǎn)化野生將外源基因克隆于酵母表達載體上，轉(zhuǎn)化野生型或突變酵母菌株，通過觀察酵母的表型變化型或突變酵母菌株，通過觀察酵母的表型變化或分析細胞中化學(xué)成分的變化即可推測該基因或分析細胞中化學(xué)成分的變化即可推測該基因的生物學(xué)功能。的生物學(xué)功能。酵母細胞中有與動植物細胞接近的蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)錄酵母細胞中有與動植物細胞接近的蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)錄后修飾系統(tǒng)，許多在大腸桿菌中不能產(chǎn)生功能后修飾系統(tǒng)，許多在大腸桿菌中不能產(chǎn)生功能蛋白質(zhì)的動植物基因

47、在酵母中表達后往往具有蛋白質(zhì)的動植物基因在酵母中表達后往往具有生物學(xué)功能。生物學(xué)功能。凝膠滯緩凝膠滯緩(EMSA)技術(shù)是用于體外研究技術(shù)是用于體外研究DNA與蛋與蛋白質(zhì)相互作用的一種特殊的凝膠電泳技術(shù)。白質(zhì)相互作用的一種特殊的凝膠電泳技術(shù)?；驹恚夯驹恚涸谀z電泳中，由于電場的作用，裸露的在凝膠電泳中，由于電場的作用，裸露的DNA朝正電朝正電極移動的距離與其分子量的對數(shù)成反比。極移動的距離與其分子量的對數(shù)成反比。如果如果DNA分子與某種蛋白質(zhì)相結(jié)合，導(dǎo)致分子量增大，分子與某種蛋白質(zhì)相結(jié)合，導(dǎo)致分子量增大，在凝膠中的遷移作用受到阻滯，在特定電壓和時間內(nèi)在凝膠中的遷移作用受到阻滯，在特定電壓

48、和時間內(nèi)朝正電極移動的距離也就相應(yīng)縮短了。朝正電極移動的距離也就相應(yīng)縮短了。6.6.1 凝膠滯緩實驗?zāi)z滯緩實驗方法：方法：同位素標記待測的同位素標記待測的DNA片段片段細胞提取物細胞提取物DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物蛋白質(zhì)復(fù)合物探針探針DNA溫育溫育PAGE電泳電泳放射自顯影放射自顯影進行進行DNA凝膠分析凝膠分析 噬菌體是細菌病毒的總稱。噬菌體可被分為溶菌噬菌體是細菌病毒的總稱。噬菌體可被分為溶菌周期和溶源周期兩種不同的類型。周期和溶源周期兩種不同的類型。只具有溶菌生長周期的噬菌體稱為烈性噬菌體。只具有溶菌生長周期的噬菌體稱為烈性噬菌體。具有溶源周期的噬菌體稱為溫和噬菌體。具有溶源周期的噬菌體稱為

49、溫和噬菌體?；驹恚夯驹恚簩⒕幋a將編碼“誘餌誘餌”蛋白的蛋白的DNA片段插入噬菌體基因組，片段插入噬菌體基因組，與編碼噬菌體外殼蛋白的基因相融合。與編碼噬菌體外殼蛋白的基因相融合。重組噬菌體侵染宿主細菌后，復(fù)制形成大量帶有雜合重組噬菌體侵染宿主細菌后，復(fù)制形成大量帶有雜合外殼蛋白的噬菌體顆粒，直接用于捕獲靶蛋白庫中與外殼蛋白的噬菌體顆粒，直接用于捕獲靶蛋白庫中與“誘餌誘餌”相互作用的蛋白質(zhì)。相互作用的蛋白質(zhì)。噬菌體展示技術(shù)的基本流程：噬菌體展示技術(shù)的基本流程：細胞的生長發(fā)育、周期調(diào)控、基因表達、蛋白質(zhì)細胞的生長發(fā)育、周期調(diào)控、基因表達、蛋白質(zhì)合成、神經(jīng)活動、肌肉收縮等都離不開蛋白質(zhì)特合成

50、、神經(jīng)活動、肌肉收縮等都離不開蛋白質(zhì)特異性磷酸化或去磷酸化。異性磷酸化或去磷酸化。由蛋白激酶和蛋白磷酸酯酶所催化的蛋白質(zhì)可逆由蛋白激酶和蛋白磷酸酯酶所催化的蛋白質(zhì)可逆磷酸化過程，是生物體內(nèi)普遍而重要的調(diào)控方式，磷酸化過程，是生物體內(nèi)普遍而重要的調(diào)控方式，控制著眾多的生理生化反應(yīng)和生物學(xué)過程?？刂浦姸嗟纳砩磻?yīng)和生物學(xué)過程。蛋白激酶催化蛋白激酶催化ATP或或GTP的的-磷酸基團轉(zhuǎn)移到底磷酸基團轉(zhuǎn)移到底物蛋白的絲氨酸、酪氨酸、蘇氨酰殘基上，使底物蛋白的絲氨酸、酪氨酸、蘇氨酰殘基上，使底物蛋白磷酸化。物蛋白磷酸化。蛋白磷酸酯酶催化磷酸化的底物蛋白去磷酸化。蛋白磷酸酯酶催化磷酸化的底物蛋白去磷酸

51、化。蛋白質(zhì)磷酸化分析技術(shù)主要是對底物磷酸化和蛋蛋白質(zhì)磷酸化分析技術(shù)主要是對底物磷酸化和蛋白激酶活性進行檢測。白激酶活性進行檢測。用雙向電泳及質(zhì)譜分析檢測底物蛋白磷酸化。用雙向電泳及質(zhì)譜分析檢測底物蛋白磷酸化。細胞內(nèi)的蛋白激酶多達上千個，體內(nèi)檢測某個蛋細胞內(nèi)的蛋白激酶多達上千個，體內(nèi)檢測某個蛋白激酶活性非常困難。白激酶活性非常困難。用體外激酶活性分析法檢測蛋白激酶的活性。用體外激酶活性分析法檢測蛋白激酶的活性。體外激酶活性分析技術(shù)主要包括獲得底物蛋白和體外激酶活性分析技術(shù)主要包括獲得底物蛋白和待測蛋白激酶，進行蛋白質(zhì)體外磷酸化反應(yīng)。待測蛋白激酶，進行蛋白質(zhì)體外磷酸化反應(yīng)。體外激酶活性分析法能可靠

52、地鑒定某個蛋白激酶體外激酶活性分析法能可靠地鑒定某個蛋白激酶對底物的磷酸化作用，篩查激酶的特異性底物。對底物的磷酸化作用，篩查激酶的特異性底物。印跡法印跡法(blotting)是指將樣品轉(zhuǎn)移到固相載體上，而是指將樣品轉(zhuǎn)移到固相載體上，而后利用相應(yīng)的探測反應(yīng)來檢測樣品的一種方法。后利用相應(yīng)的探測反應(yīng)來檢測樣品的一種方法。1975年，年，Southern建立了將建立了將DNA轉(zhuǎn)移到硝酸纖維素轉(zhuǎn)移到硝酸纖維素膜膜(NC膜膜)上，并利用上，并利用DNA-RNA雜交檢測特定的雜交檢測特定的DNA片段的方法，稱片段的方法，稱Southern印跡法印跡法。后來對后來對RNA的印跡分析稱的印跡分析稱North

53、ern印跡法印跡法。對單向電泳后蛋白質(zhì)的印跡分析稱對單向電泳后蛋白質(zhì)的印跡分析稱Western印跡法印跡法。對雙向電泳后蛋白質(zhì)的印跡分析稱對雙向電泳后蛋白質(zhì)的印跡分析稱Eastern印跡法印跡法。1)蛋白質(zhì)免疫印跡蛋白質(zhì)免疫印跡(Western blotting)蛋白質(zhì)免疫印跡的基本原理：蛋白質(zhì)免疫印跡的基本原理：將通過將通過PAGE分離的蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)移到分離的蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)移到NC膜或膜或PVDF膜上。膜上。然后與能特異性識別待檢蛋白的抗體進行反應(yīng)。然后與能特異性識別待檢蛋白的抗體進行反應(yīng)。洗滌去除沒有結(jié)合的特異性抗體后。洗滌去除沒有結(jié)合的特異性抗體后。加入標記的、能識別特異性抗體的種屬特異性抗加入標記的、能識別特異性抗體的種屬特異性抗體，反應(yīng)一段時間后再次洗滌去除非特異性結(jié)合體，反應(yīng)一段時間后再次洗滌去除非特異性結(jié)合的標記抗體。的標記抗體。加入適合標記物的檢測試劑進行顯色或發(fā)光等，加入適合標記物的檢測試劑進行顯色或發(fā)光等，觀察有無特異性蛋白條帶的出現(xiàn)。觀察有無特異性蛋白條帶的出現(xiàn)。蛋白質(zhì)免疫印跡的基本步驟：蛋白質(zhì)免疫印跡的基本步驟