山大生物信息學(xué)課件07-5蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測5_第1頁
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1、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測5生物信息學(xué)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) - 四級結(jié)構(gòu)如何獲得蛋白質(zhì)四級結(jié)構(gòu)3. 分子對接（docking）：蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì) 分子對接ZDOCK: /GRAMM-X: /resources/gramm/grammx輸出值可用VMD查看。保存某輸出結(jié)果中的一個狀態(tài)：在VMD main中選中當(dāng)前的文件，右鍵Delete Frames，刪去不要的那些狀態(tài)，再右鍵Save Coordinates，保存剛才沒刪的狀態(tài)。蛋白質(zhì)相互作用常用對接軟件蛋白質(zhì)相互作用分析軟件PDBe PISA: http:/www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html注意，輸入的復(fù)合體應(yīng)

2、為一個PDB文件，其中不同的單體表示為不同的CHAIN。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) - 四級結(jié)構(gòu)如何獲得蛋白質(zhì)四級結(jié)構(gòu)3. 分子對接（docking）：蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì) 分子對接Rigid Docking 剛性對接 小分子理論上可以柔性的地方總是柔性的，蛋白質(zhì)上結(jié)合小分子的部位被認(rèn)為是剛性的。Flexible Docking 柔性對接 小分子理論上可以柔性的地方總是柔性的，蛋白質(zhì)上結(jié)合小分子的部位的氨基酸側(cè)鏈被認(rèn)為是柔性的。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) - 四級結(jié)構(gòu)如何獲得蛋白質(zhì)四級結(jié)構(gòu)4. 分子對接（docking）：小分子化合物-蛋白質(zhì)分子對接AutoDock http:/ 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) - 四級結(jié)構(gòu)如何獲得蛋白質(zhì)四級結(jié)構(gòu)4. 分子對接（docking）：小分子化合物-蛋白質(zhì) 分子對接蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) - 四級結(jié)構(gòu)4. 分子對接（docking）：小分子化合物-蛋白質(zhì) 分子對接AutoDock下載與安裝 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) - 四級結(jié)構(gòu)4. 分子對接（docking）：小分子化合物-蛋白質(zhì) 分子對接1. Autodocksuiteexe(windows版)雙擊安裝無非是解壓縮出來兩個可執(zhí)行文件: autodock4.exe和autogrid4.exe把它們倆個放在哪里都可以，但要記住放在哪里

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