酸抑制胰蛋白酶活性研究

[15]）進(jìn)行結(jié)合。初始時(shí)胰蛋白酶結(jié)構(gòu)中存在Gln174，Ser37以及四處可單寧酸可與胰蛋白酶進(jìn)行結(jié)合的部位，Tyr39，His40，Phe41，Tyr151形成疏水作用。本論文采用自動(dòng)分子對(duì)接軟件構(gòu)建了胰蛋白酶與單寧酸結(jié)合模型，分析了胰蛋白酶與單寧酸之間的相互作用以及確定了二者的結(jié)合位點(diǎn)。利用蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析軟件發(fā)現(xiàn)胰蛋白酶的第11位點(diǎn)谷氨酰胺（Gln）、第12位點(diǎn)丙氨酸（Ala）、第71位點(diǎn)谷氨酸（Glu）、第73位點(diǎn)蘇氨酸（Thr）、第98位點(diǎn)天冬氨酸（Asp）、第140位點(diǎn)絲氨酸（Ser）、第143位點(diǎn)甘氨酸（Gly）、第145位點(diǎn)蘇氨酸（Thr）、第178位點(diǎn)絲氨酸（Ser）、第179位點(diǎn)蘇氨酸（Thr）、第183位點(diǎn)谷氨酸（Glu），共計(jì)11個(gè)氨基酸組成活性位點(diǎn)與單寧酸發(fā)生疏水基相互作用,胰蛋白酶與單寧酸相互作用的分析主要是依靠疏水作用力，范德華力以及極性溶劑作用力以及活性位點(diǎn)的確定，為今后有關(guān)多酚-胰蛋白酶抑制劑的療效進(jìn)一步起到積極作用。7.本論文采用自動(dòng)分子對(duì)接軟件構(gòu)建了胰蛋白酶與單寧酸的結(jié)合模型，計(jì)算出單寧酸與胰蛋白酶兩者形成復(fù)合物的分子對(duì)接數(shù)據(jù)，然后運(yùn)用分子對(duì)接軟件中的對(duì)接軟件打分函數(shù)vina，按照默認(rèn)參數(shù)對(duì)分口袋位置結(jié)合的強(qiáng)弱，因此通過(guò)數(shù)據(jù)結(jié)果可以看到單寧酸與胰蛋白酶的活性口袋對(duì)接結(jié)合較強(qiáng)，最佳打分結(jié)果（affinity）為-10.1kcal/mol，其RMSD與距離最佳（bestmode）均為0。代表其幾何構(gòu)象與最佳模型偏差為0，基本吻合為之后的實(shí)踐提供較為客觀的理論基礎(chǔ)。通過(guò)分子模擬軟件分析得到單寧酸與胰蛋白酶的結(jié)合能力：胰蛋白酶與單寧酸的結(jié)合親和力為-27.215kcal/mol，表明胰蛋白酶與單寧酸結(jié)合形成的復(fù)合物對(duì)胰蛋白酶形成一定且較強(qiáng)的抑制效果，并且在其中對(duì)兩者結(jié)合起到的主要作用力為范德華力和極性溶劑作用力，這與單寧酸和胰蛋白酶活性位點(diǎn)對(duì)接時(shí)單寧酸結(jié)構(gòu)發(fā)生變化有關(guān)，即單寧酸晶體結(jié)構(gòu)在分子動(dòng)力學(xué)模擬中需溶劑化方可與胰蛋白酶活性位點(diǎn)進(jìn)行結(jié)合。可通過(guò)研究單寧酸-胰蛋白酶相互作用形成的有關(guān)胰蛋白酶抑制劑，通過(guò)與胰蛋白酶的絲氨酸結(jié)合，令其失活，該類物質(zhì)可通過(guò)抑制激肽釋放酶以及纖溶酶達(dá)到較好的止血效果,減少術(shù)后病人的出血,存在不良作用小，安全性高，可在臨床治療上應(yīng)用于手術(shù)止血，以及治療胰腺炎等重癥病狀，同時(shí)，利用有關(guān)生物信息學(xué)分子計(jì)算軟件來(lái)計(jì)算分子對(duì)接以及模擬分子體系的運(yùn)動(dòng)狀態(tài)的理論研究是屬于新興技術(shù)，為后期可在優(yōu)化實(shí)驗(yàn)方案中扮演重要角色，兩者的結(jié)合是值得生物界繼續(xù)深入研究的新領(lǐng)域。參考文獻(xiàn)王琛.單寧酸對(duì)胰蛋白酶活性的影響[J].食品與藥品,2013,15(02):104-10王音.單寧酸與固定化胰蛋白酶相互作用的研究[J].山西師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版),2014(03):50-53.李海鵬.單寧酸與胰蛋白酶和牛血清白蛋白相互作用的研究[D].山西大學(xué),2006.蘇浩.幾類金屬酶和糖苷酶催化機(jī)理的理論研究[J].中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù),2017(08):162-162.baby～光.[EB/OL]./article/articleInfo?id=394&type=2.2016Aspirin.[EB/OL].淺談同源建模與分子對(duì)接/thread-40078-1-1.html孫德福.艾滋病毒蛋白酶異位抑制劑體系的分子動(dòng)力學(xué)研究[D].山東師范大學(xué),2012.陳聰李維仲.甘油水溶液氫鍵特性的分子動(dòng)力學(xué)模擬[J].物理化學(xué)學(xué)報(bào),2009(03):117-122.李繼存科學(xué)網(wǎng)博客.[EB/OL]./blog-548663-1104199.html.2周放項(xiàng)杰占衛(wèi)紅王培東何俊才余曉麗張可.結(jié)核分枝桿菌Rv3248c生物信息學(xué)分析及同源建模[J].武漢輕工大學(xué)學(xué)報(bào),2019(03):31-35.谷雨.[EB/OL]./p/66055187.2019-05-16-.奚宇蘭,任建東,田伏洲,何菱.計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)的新型胰蛋白酶抑制劑的合成及其抑制活性[J].合成化學(xué),2015,23(09):811-815.董悅麗,郭權(quán),孫斌,康玲.藥物分子對(duì)接動(dòng)態(tài)任務(wù)遷移優(yōu)化[J].吉林大學(xué)學(xué)報(bào)(工學(xué)版),2015,45(04):1253-1259呂欣桐,李春艷.Wnt信號(hào)通路中關(guān)鍵蛋白磷酸化修飾作用與腫瘤的關(guān)系[J].實(shí)用臨床醫(yī)藥雜志,2017,21(05):220-222+226.GaboriaudC,SerreL,Guy-CrotteO,etal.CrystalStructureofHumanTrypsin1:UnexpectedPhosphorylationofTyr151[J].JournalofMolecularBiology,1996,259(5):0-1010.

附錄附錄1#sp|P07477|TRY1_HUMANLength:247#sp|P07477|TRY1_HUMANNumberofpredictedTMHs:0#sp|P07477|TRY1_HUMANExpnumberofAAsinTMHs:0.01405#sp|P07477|TRY1_HUMANExpnumber,first60AAs:0.01364#sp|P07477|TRY1_HUMANTotalprobofN-in:0.00632sp|P07477|TRY1_HUMAN TMHMM2.0 outside 1247附錄2PredictProtein對(duì)人胰蛋白酶跨膜區(qū)位置和拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)果（PHD輸出HTML）附錄3PredictProtein運(yùn)用DISULFIND默認(rèn)算法對(duì)胰蛋白酶二硫鍵預(yù)測(cè)的結(jié)果圖表輸出附錄4胰蛋白酶氨基酸序列如下：>sp|P07477|TRY1_HUMANTrypsin-1OS=HomosapiensOX=9606GN=PRSS1PE=1SV=1MNPLLILTFVAAALAAPFDDDDKIVGGYNCEENSVPYQVSLNSGYHFCGGSLINEQWVVSAGHCYKSRIQVRLGEHNIEVLEGNEQFINAAKIIRHPQYDRKTLNND