Hyperchem學習.ppt

1、Hyperchem學習,小組成員： 胡非非 王珊珊 張鵬程 楊素 鄧超 張春洪 花木興 李慶湖 龍繼亮,概況：,HyperChem用戶界面的介紹 討論如何使用工具、菜單和菜單項建立、編輯、顯示和操縱分子,學習內容：,打開打開、關閉某一文件，使用標簽和分子效果圖 基本繪圖和編輯畫圖、選擇、復制及刪除原子連接 創(chuàng)建小分子的2D和3D模型繪制和編輯2D圖將其轉 為3D模型 交換、旋轉、縮放分子移動和操縱分子 測量結構屬性測量和調整分子幾何結構 創(chuàng)建一個多肽創(chuàng)造生物聚合物，學會使用氨基酸和 酸數(shù)據(jù)庫,*打開文件,FileOpenHyperchemSamplesc60.hin,*使用laber,Disp

2、layLabels,*使用不同Moleculer Renderings,DisplayRendering Balls,一、打開,二、基本繪圖和編輯,Drawing Atoms Drawing Bonds Selecting Atoms Selecting Groups of Atoms Deleting Atoms Copying Atoms to the Clipboard,*畫原子,BuildDefault Element Properties Ok,*畫原子,Ok工作區(qū)左鍵,*連接,將鼠標移動至某一畫好的碳原子上，按住鼠標將其拖至另一相連的碳原子上邊，放開鼠標，則：,*選擇原子,Sele

3、ctAtomsTurn off Multiple Selections 將鼠標移動至想要的原 子或者其他原子上面則 可對相應原子進行選擇,*多原子的選擇,SelectTurn off Select Sphere同時點擊鼠標的左右鍵，圈出想要的多個原子SelectTurn on Multiple Selections同時點擊鼠標的左右鍵放開鼠標,*刪除原子,將鼠標移動至 點擊左鍵 選擇所要刪除的原子或者鍵型右擊鼠標,*復制原子到Clipboard,將鼠標移動至 點擊左鍵 將鼠標移動至某一原子或鍵型，點擊左鍵,三、小分子的2D和3D模型,1，畫2D圖 2，保存文件 3，改變鍵型連接 4，制作苯環(huán)

4、5，標記原子 6，編輯個人原子 7，調用模型生成器,*畫2D圖,BuildTurn on Arbitray ValenceTurn off Explicit HydrogensDefault ElementElement Table選擇原子 畫圖如下,*保存文件,FileSave As 保存,*改變鍵型連接,將鼠標移動至需要修改鍵型的原子上面，左擊鼠標同時移動至另一個原子上面，則,*制作苯環(huán),用鼠標單擊環(huán)形結構中的任一原子，則可畫出苯環(huán),*標記原子,DisplayLabels SymbolOK ,*編輯個人原子,雙擊鼠標左鍵Element Table選擇原子關閉Element Table將鼠標

5、移動至想要編輯的原子上面，單擊左鍵，則該原子變?yōu)樽约汉竺嫠x原子，如,*選用模型生成器,BuildAdd H and Model Build 如果沒有顯示相應原子，則進入 DisplayShow Hydrogens,四、交換、旋轉、縮放分子,XY軸工具的使用 Z軸工具的使用 縮放工具的使用 定心和縮放 XY軸旋轉 Z軸旋轉 Z軸剪輯,*XY軸工具的使用,工作區(qū)移動鼠標，則所畫圖像隨著移動雙擊 輸入XY軸的變化量 如： OK,*Z軸工具的使用,DisplayRendering Vector and Line Options Turn on Perspective 移動鼠標 確定 ,*縮放工具的使

6、用,按著鼠標左鍵移動鼠標,*定心和縮放,Display,Select to Fit,恢復原來大小,*XY軸轉換,移動鼠標,可進行XY軸的旋轉,*Z軸的旋轉,將鼠標移動至工作區(qū)，則可以對分子進行旋轉,*Z軸的剪輯,雙擊,移動兩側紅框部分 注意觀察變化,OK,五、測量結果屬性,創(chuàng)建2D結構 編輯此結構 建立3D框架 查看某個原子 鍵長 鍵角測量,*創(chuàng)建2D結構,*編輯此結構,雙擊環(huán)狀結構,Build,Default Element,N,將一個 碳原子換成氧原子，同時點擊DISPLAY 接著點擊Labers 選擇Symbol,*建立3D框架,BuildTurn off Explicit Hydrog

7、ens雙擊,*查看某個原子,Select關閉Atoms和Multiple Seltctions,點擊氧原子,注意此處,*鍵長,單擊碳氧鍵,鍵長表示在此處,*鍵長測量,SelectTurn on Multiple Selections右擊鼠標（選中所有原子）左擊鼠標兩個原子,原子間距離顯示在狀態(tài)欄,*鍵角測量,按住鼠標左鍵從碳原子拖到氫原子，接著放開鼠標則,鍵角顯示,六、創(chuàng)建多肽,Amino Acids對話框的使用 創(chuàng)建一個多肽 創(chuàng)建一個兩性分子 位點專一誘變,*Amino Acids對話框的使用,DatabasesAmino Acids,構造 折疊 折疊片 折疊,不同氨基酸結構,Ala為丙氨酸 Val為纈氨酸 Gly為甘氨酸,*創(chuàng)建一個多肽,進入Amino Acids選擇Beta Sheet 選擇兩個以上氨基酸建立肽鏈 關閉Amino Acids DisplayLabels確認Atoms和Redidues選擇的是NoneOK,*創(chuàng)建一個兩性分子,EditRotate Databases,調整X Y Z軸的數(shù)據(jù)點擊OK,Make Zwitterion,*位點專一誘變,DisplayLabels在