DNA序列比對同源性分析圖解BLAST

1、1、進入網(wǎng)頁：/BLAST/ 2、點擊 Search for short, nearly exact matchesWV-% VYiw-wl I i 5a1ff1aHwQ QJ- Th wh Ji1 11nvw»d i>b.li J I 4 i5 « W l<Nucleotide v?v?W-bbiooxoir P Quickly search for hhly simidr sequences (meqablast) Quickly search for dvergent sequences (dsconti

2、gu 口 u$ megablast) NudE<it:rie -nucleot ide BLAST fhastn)discontiguous megablastTranslated* Translated query vs. proteh database(Uastx)3、在search 欄中輸入引物系列：注：文獻報道 ABCG2 的引物為 5'-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3'；5'-TGCCCATCACAACATCATCT-3'(1 )輸入方法可先輸入上游引物，進行 blast程序，同樣方法在進行下游引物的 blast程序。 這種方法叫繁

3、瑣，而且在結(jié)果分析特異性時要看能與上游引物的匹配的系列，還要看與下游引物匹配的系 列 之后看兩者的交叉。CTGAGATCC TGAGCCTTTGGNow:53。(2)簡便的做法是同時輸入上下游引物：有以下兩種方法。輸入上下游引物系列都從A、輸入上游引物空格 輸入下游引物與“亨From:To：Now.BLAST!333.bbiQQ.C9 防B、輸入上游引物回車 輸入下游引物4、 在 options for advanced blasting中:select from欄通過菜單選擇 Homo sapiensExpect 后面的數(shù)字改為10W33.bbiQQ.，Q府艱虹t fromHomo sapi

4、ens ORGNOptions for advancedbhstingLinut by entrezq-iy Low complexity EH Human r«電0出§以7 vrlooliip table only CJ Misk 1cQthwi advanced5、在 format 中：select from欄通過菜單選擇 Homo sapiensExpect后面的數(shù)字填上0 1033W.bbiQQ£QmFonnatShow 回0Linfc口ul HS“iueflc電 Ritneval 0NCBLgi Alignment CDSfeMurtMadang Chr

5、acM Lower Cggv M asking Colo vNumber of: 口電裁理tigs 100印 v Gt蛙hicpyem納 1 0口Autofomt©, Semrauto "6、 點擊網(wǎng)頁中最下面的 “BLAST! ”Aut口f- Semiiauto vX ，Get the URL with preset vsdues 77、 出現(xiàn)新的網(wǎng)頁，點擊 Format !Your request has been succes$6Jly submitted and put into the Blast QueueQuety = (40 letters)Your sea

6、rch was limited by an Entrez query Homo sapiens ORGNThe request ED 畛 1166094202-17628-08962526090 BUkSTO2The re fulls are estimated to be ready m 15 seconds but maybe done sooner.8、 等待若干秒之后，出現(xiàn) results of BLAST 的網(wǎng)頁。該網(wǎng)頁用三種形式來顯示blast的結(jié)果(1 )圖形格式：Distiiburion of 95Hi零 on Hi妙 QnryMouse-over to show define

7、 and scores, click to shw alignments圖中代表這些序列與上游引物匹配、并與下游引物互補的得分值都位于4050分圖中代表這些序列與上游引物匹配的得分值位于4050分，而與下游引物不互補圖中代表這些序列與下游引物互補的得分值小于40分，而與上游引物不匹配通過點擊相應(yīng)的bar可以得到匹配情況的詳細(xì)信息。(2 )結(jié)果信息概要:Sequences ptaducia9 siQnilicant aligntuents:_ _(Bits)3Tb32mMH O。4827.，ffog d4plens ATP-binding cassetcB42_U1115$3277Q1 qtol

8、 口出98467. 1, hcm sapiens ATP-bindlng cftjsttte. .42 1 61 口3”27321幽|»0695 507，11 Hone sapiens clone FLH18S081 .OIL; 4. 比 1 白工19之111之口，08弓. i| Homo sapiens clone JAR Ele S ABCG2., 姓.5從左到右分別為:A、數(shù)據(jù)庫系列的身份證：點擊之后可以獲得該序列的信息B、系列的簡單描述C、高比值片段對(high-scoring segment pairs, HSP)的字符得分。按照得分的高低由大到小排列。得分的計算公式=匹配

9、的堿基X2 + 0.1 o舉例：如果有20個堿基匹配，則其得分為40.1 oD、E值：代表被比對的兩個序列不相關(guān)的可能性。E值最低的最有意義，也就是說序列的相似性最大。設(shè)定的E值是我們限定的上限，E值太高的就不顯示了E、最后一欄有的有 UEG的字樣，其中：U代表：Unigene 數(shù)據(jù)庫E代表：GEO profiles 數(shù)據(jù)庫G代表：Gene數(shù)據(jù)庫(3)結(jié)果詳細(xì)信息：0/21 ，0Mntltiej - 21/21 1。*). Gaps - and-Plud/PiuJ213W33 bbiQQ.GQR)CTGAGATCCTGAGCCTTTGCT±143 C TGAGATCC TG AGC

10、C TTTGGT>re 40.1 bits (20), Expect " nellies 20/20 (100*)Gap andwPiu?/Nlnu3Y 20 GTGCCCATCACAACATCATCI Hill II I I I HIIIH I IX 29379 CTQCCCATC kC AAC ATATC圈出來的部分代表序列的信息第一個大括號代表上游引物與該序列的正鏈的匹配情況:共有21個堿基匹配，得分 42.1分，E值為0.020上游引物與序列的21432163 位點匹配第二個大括號代表下游引物與該序列的負(fù)鏈的匹配情況：共有 20 個堿基匹配，得分 40.1 分， E 值

11、為 0.077下游引物與該序列的29360 29379位點互補注意點：上游引物為20 個堿基，為什么會變成21 個堿基呢？這是因為下游引物的第一個堿基為 T ，剛好與系列的 2163 位點的 T 匹配，因此下游引物的開頭的第一個堿基被當(dāng)成了上游引物了。同理，上游引物的最后一個堿基為G,被當(dāng)成了下游引物了。通過尋找有沒有與120位點、2040位點完全匹配的序列，就可以避免這個因素的干擾了。為什么與上下游引物匹配的 ABCG2 序列有多種？A 、 為同一個基因來源的不同的mRNA 片段B 、 為該基因的 DNA 系列C 、為同一個基因來源的不同的cDNA 片段。結(jié)果判斷：驗證文獻報道的引物是否正確：如果你可以在所顯示的結(jié)果中找出你的目的基因，一般說明