原子分子物理中用高斯畫態(tài)密度圖的方法

13/13用GauｓsＳum用高斯畫態(tài)密度圖的方法1、用實驗室現(xiàn)成的ＧauｓｓSum做DOS圖時，發(fā)現(xiàn)ｌｏｇ文件過大分析不了，下載到最新版本的問題就解決了。

2、經(jīng)常出現(xiàn)ccliｂhaｓｐｒｏｂｌｅmsparsing＊＊＊．loｇ問題，檢查自己的log文件是否完整.

3、關(guān)于做PDＯＳ（重點哈），做單點能計算時必須要有poｐ=fulliop(3/3３=1，３/36=－1），關(guān)鍵字,這在GaｕssSum幫助文件和例子里面寫得很詳細(xì).至于做PDＯS的時候，需要有g(shù)rｏｕp．txt文件，選擇做ａｔoms時，具體的兩個要求是每個原子要列出以及所列原子不能重復(fù)，這里我還得補充一點group.tｘt格式，

ａt(yī)ｏms?ｐarｔ1（你所想要分析的某個分子部分）

1—5，8-２０,30(該部分原子序號)?part２?6—7，21-２９,31—3３（注意了,直接保存就可以,下面不能有空行,我被這個給整慘了)

在選擇用orｂｉｔals時，大致一樣，唯一不同就是不必列出所有的軌道。

4、就以上例子分析，我要的結(jié)果是pａｒt1和ｐarｔ２的PDOＳ,但ＧａuｓｓSum做出來的pａrｔ1和parｔ2的圖的結(jié)果是part１和totａl（圖上顯示的是part2，經(jīng)過數(shù)據(jù)對比很明顯就是totａl）或者paｒｔ2和tｏtal(同理）,估計是我下載的軟件ｂug,但可以從它產(chǎn)生的DOＳＳpectrｕm．txt文件（里面有你想要的paｒt1,pａrｔ２,toｔal)提取數(shù)據(jù)在origin里面作圖，結(jié)果就很好了。

5、在做CＯOP時，和做PDOS一個樣.關(guān)于做其他圖，遇到的問題就沒什么了，只要你的ｌoｇ文件沒錯,基本就ｏkａy!Ｗo(hù)rkedExaｍｐleＤescｒｉptioｎＡsｔｕdｙｏfthｅelｅcｔronｉcstｒucｔuｒeａｎｄviｂratioｎaｌspectrumof1，4—ｄｉvinyｌ－ｂｅnzｅne（attheB3LYP/STO－3Gleveloftｈｅoｒy)usingGａusｓian03Ｗ.CｏnｆigｕriｎｇGaｕssＳumIoｐenedtheSｅttｉｎgsdｉaloｇboｘ，bｙclicｋｉngon，ａndverifieｄｔhａｔthelｏcationoftｈeＧnupｌotexecutaｂlｅwaｓｃorreｃtｂycｌickinｇontｈeＴeｓtbutton.GeoｍetrｙｏptimiｓａｔiｏｎI(lǐng)ｎｐuｔfｉle:

［PhＣCCＣ＿gopt．gjｆ]Pａrtiａlｏutputfile:

[ＰｈＣCCC_gopt_partｉal。ｏut]Ｃoｍｐlｅｔｅoｕtpｕｔfile：

［ＰhCCCC_gｏｐt.out]DuringtheｉｎｉtialＳCＦｃａｌcuｌａt(yī)ioｎ，IranGauｓsＳｕm（＂MonitoｒＳCF";defａｕlts；PhＣCCＣ_goｐt＿partial．ｏut)toｓｅewhethertｈｅcａｌｃｕlaｔｉoｎwaｓcｏｎvｅｒgｉｎg.Theresultisｓhｏwnｂeｌow.Thｅlinｅｉsheaｄiｎgtｏｗarｄszeｒo,whichindｉcateｓｔhａt(yī)thｅSＣＦisconvｅｒging.Thepｒogｒessｏftheｇeometryoptｉmisａt(yī)ｉoｎwａｓａｌｓomｏniｔorｅdduｒiｎgtｈｅcalcuｌatioｎ.Thｅgｅoｍetryｏptｉmｉsａt(yī)ionｐroceeｄedｓmooｔhlｙtoanｅｎergyminimuｍａsshownｂｙthegrapｈｂeloｗ（"MonｉtoｒGeｏOpｔ";dｅｆaultｓ；PhCＣCＣ_gopt。ｏｕｔ）.Ｍｏｌecularｏrbitalinｆｏrｍａt(yī)ｉｏｎI(lǐng)ｎｐutfile：

[PｈCCCC_gopt.gjf]Oｕtputfiｌe:

［PhＣCCC＿gopt。out］ＧauｓsＳumoutｐuts：

［ｇausssｕm２．1／ｏｒbitａl＿data。txt］

[gaｕsｓsum2．1/DOＳ＿spectrum.txt]Iextrａctedthemolｅcularorbｉtaliｎforｍaｔionfｒomtｈeoｕtｐutthegeometryoptimｉsａt(yī)ion（"Oｒｂitals”；dｅfaultｓ;ＰｈＣCCC_gopt．ｏut)．Mｏleｃｕlarorbｉtalｉnformatiｏnwaswrittentｏtheｏrｂiｔａｌ＿data.txtasubdireｃtorycalｌｅｄgausｓｓｕm2。1。Ｉnfoｒmatioｎonｔhefrontｉerorbitalｓisshownbelow.MO ｅＶ?Symmeｔry4０ L+4?7．42 ＢG39?L+３ ４。９6?ＡＵ38 Ｌ+２ ３.01?BＧ３7?L+１?2．46?AU３6 LUMO 1．02 ＡＵ35?HOMO?－4.１7?BG３４ Ｈ-1 －5.31 ＢG33 H－2 -5。７８?ＡU32 H-3?—7.1７ BＧ３1?H—4?—7。8２?AＧAdenｓｉtyｏfstatｅｓdiaｇramwaｓcｏｎvolutedfrｏmtｈemｏｌｅｃulaｒorbitａｌｄata(＂Orbitals＂;DＯＳ,stａrt=-1５,ｅｎｄ=8,ＦWHM=0.3;PｈCＣCＣ_gｏpt。ouｔ）．Itisshｏwnbｅlow．Thｅdatausedｔoｄrawthiｓgraｐhiscｏnｔａiｎedingａｕｓssｕm2。1／DOＳ_sｐｅctｒｕｍ。txt．Input:

[PhCCCC_pｏｐ。gｊf]Outpｕｔ：

［PhＣCCC_pop．out］GaussSuminｐut：

[gausｓsuｍ2．１/groups。txt］GａuｓsSumouｔpuｔｓ:

［gａusssum２．1/ｏrbital＿ｄata。tｘt］

［gausssum2.1/DOS＿spｅctrum.ｔxt］

［gauｓssｕｍ2.１／origin_oｒbs.ｔxt]Iwａｎtｅｄtodeｓcribｅｅａcｈmolecularorbｉtａｌinｔｅrmsoｆapercentcoｎtｒibutｉonfromthebenｚenｅpｏｒtiｏn，ａndａpeｒcｅｎtcontribｕｔioｎfｒｏmtｈediviｎylpoｒtｉoｎ.ＧaｕｓsSumｃanuseMulｌikenpｏpulａｔiｏnanalyｓｉｓtｏｄothｉs(pleaseｂeaｗarｅthatＭｕlｌｉkｅnpopｕlaｔiｏnanaｌysisｈassomesevereshｏrtcomｉｎｇs）.Fｉｒstofall，IneedeｄtoｍakeGaussiａnoｕtputorbitalovｅrlａpｉｎｆｏrｍatiｏｎandinformａt(yī)iｏｎonｔｈemoｌｅcuｌａroｒｂitalcoeffｉcｉents。ＴhiｓrｅｑｕiｒｅdasiｎgｌeｐointｅｎeｒgyｃalcｕlａｔionwiththeｋeywordｓＰOP=FUＬLIOＰ（9/33=1,9／36=-1）.Nｅxt,Icreatedagｒoups．ｔxtinthegauｓssum２．１subdireｃtory,ｗhichｃoｎｔａinedtheｆoｌlowinglines:atomsC6H41-8，1９—20C=Ｃ9—1８Finaｌｌｙ,IｕsedGａussSumtｏｃalcuｌatethｅmolｅｃｕlarorbitalcontｒibutｉｏnsagａin（”Ｏrｂitａls";dｅｆａults；ＰhCCCC_pop．oｕt,gaussｓum２.1／ｇroｕｐs．txt）.Ｔhｉstiｍｅ,orｂital_dａｔa。txｔｃontａinedmorｅｉnformaｔion(seebｅloｗfｏrinforｍaｔionｏnthｅfｒoｎtieｒorｂitals)。ＴｈｅＨOMOiｓaｂｏuｔ50/５0C6Ｈ4

anddiｖinyｌ。Tｈeｓｏ-cａlled'accｕratｅvalｕes'shｏulｄbeｉgnｏreｄ，althoughtheyarerequiredfoｒｔｈｅ"Electronicｔrａnsitions"optioｎtocａlculateｃｈａngｅｓineleｃｔｒonｄeｎsitｙ.（Nｏtethatthesecolumnsaretaｂ—sepａrateｄａndsｏcanｂeimｐortedeaｓilｙinｔoｓｐreadsheetsoftwarｅ．）ＭO? ｅV?Symmetry?Ｃ6H4?C=C?Aｃｃurａt(yī)eｖalues（forthｅElｅctronｉctｒansitioｎｓmoduｌe)38?L+2?３．01 ＢG 1７?８3 ０．16８43０20932４?0。８315７0０2４5２3７ L+１?2.4６ ＡＵ １00 ０?0.９99８1８653０4９?0。０61336?ＬＵMＯ 1。０2 AＵ 54 46 0.543282１27318?0．456７2５399１５3３5 ＨOMO —4．１７?BG?54?46?0。541７７8５03９97 0．458２２85９4３5434?Ｈ—1 －5．３1?BG?100 0 0.９998７7441１7２?0.3３5933 H—２ -５.78?AU?15?85 0.15４８99３04133 0.8451０３０２７１１8TheinitialＤOSｓｐｅcｔｒumcｒeatｅdbyGaussSumdidnoｔｉncludeaｎyofthｅviｒtuaｌｏrbｉtａls.Ａsａrｅｓuｌt，Iｗａntedtochａngetｈesｔarｔandｅnｄｐointofthespectrum，bｕｔIdidnotwａｎｔtorｅcalculａt(yī)ｅallofthecｏntrｉbutｉonsofthｅｇroups。Iset"Usｅexistｉｎgｏｒbiｔaｌ_ｄata。tｘｔ?"ｔｏＴRUE，andａlteｒｅdｔｈevaluesofstartandenduntｉlIｗashappy(”Ｏrｂiｔaｌs”;sｔａrt=—1５,ｅnｄ=8，F(xiàn)WHM=0.3，"Ｕseeｘistiｎgorbiｔaｌ_dａt(yī)a．txt?＂=TRUＥ；PhＣCCC＿ｐｏp.ouｔ)：Aniceriｍaｇeｃaｎbecrｅateｄuｓiｎｇspreａdshｅetsoftwaｒｅ，ｏraｐrｏgｒaｍsuchaｓMicrｏcalOrｉgｉn，ａndthｅ.Tｈeimａgeｂｅｌowwascreａt(yī)edusingＭiｃroｃａlOｒigｉn（ｆorLｉnｕx,tryScigraｐｈｉcaoｒGｒace）.InｓteadofdrawinｇaDＯScｕrve，yｏumayprefｅrtouｓeａｍoreｓｔｒaighｔforwarｄdｅpicｔionｏfｔheｂreakdownofmｏｌecｕlarorｂitalsｂetwｅeｎｖａriｏusgroupｓinａmoleculｅ．Todoso,ｓet"Createoriginｏｒbs。ｔxt”tｏＴRUE，andrｅrｕnGａussSum(＂Orｂitaｌs”;sｔart=—15，eｎd=8,ＦＷHM＝０.3,”Ｕseexisｔiｎgoｒbiｔａｌ_daｔa.ｔxｔ?＂=ＴRUE，"Creaｔeoｒiginｏrｂs。txｔ?”=ＴRＵＥ；PｈＣCCＣ_pｏp.oｕｔ).ＯriginoｒGracemayｔheｎbeusedtocrｅatetheiｍａgeshoｗｎbeｌowｕsinｇtheｄataingａｕssｓum２。1/oriｇｉn_oｒbｓ。txt(iｔmａytakeｓｏmepraｃｔice-ｉnOrｉginyoｕｎｅｅdtosettｈecolｕmnｓXYXY,andpｌotｔheｆourcｏlｕｍnsusinｇ2—poｉnｔsegmeｎts).Inpｕｔ：

［PhＣCCC＿ｐop．gjf]Output：

［PｈCCCＣ＿ｐoｐ．out］ＧaussＳuｍｉnput:

[gaｕsssum2．1／grouｐs．txt]GａuｓsSumoｕtputｓ：

［ｇaｕsｓsum2．1/ＣOＯP＿data.txｔ］

［gaussｓum２．1/CＯOＰ_sｐecｔrｕm。tｘt］ThｅinｔeractionbetｗeeｎｔｈetwｏｇroupｓcａnbevisualiｓeduｓｉｎｇaＣOOP（CryｓｔalOrbｉtａlＯverlapPｏpｕlation）ｄiagram．Ｔhisinterａｃtionismeasuredbｙthｅdegreeｏfｐｏｓitｉｖe/ｎegatiｖeoｖerlapfｏraparticuｌarmoleculａｒorbｉtａl。Fｏrmoreinｆormationoｎiｔsusｅ，seeｔheｐaperｏfHerleｍandLakａrdlistｅｄinｔhebｉbｌiograpｈｙ。TｈeｄiａgrａmbelowwascreaｔedfromPhCCCC_ｐop．ouｔｕsｉｎgＧauｓsSum（"Orbｉtａlｓ"；COOP,stａrt=-15,eｎd=8,FＷHM＝０．3;PhCCＣC_poｐ。oｕt，gausｓｓum2。1/grouｐs.txt）。ＶiｂratiｏnalspectrumIｎpuｔ：

[PhＣCCC_IR.gjf]Output：

[PhＣＣＣC_IR。out]GaｕssSumouｔputs:

[gaｕsssum2.1/IＲSｐectｒum.txt］

［gaussｓum2.1/IRＳpｅctrum。tｘt（afｔeｒsｃaliｎｇ)］Ｉｃalｃuｌａｔeｄthevibｒａt(yī)iｏnalfrequｅnciesｏfdivinylbｅnzeｎeanｄtｈeiｒassociaｔｅdIＲｉｎｔenｓities.GaussSｕmextｒacｔsthｉsiｎformａt(yī)ionfroｍｔｈeloggausssum/IRSpectrｕｍ。ｔxt（＂Ｆreｑuencies"；ｓtart=0,ｅnd=100０，numpts="500＂，F(xiàn)ＷHM=3,Scaliｎgfactoｒs=（Generaｌ，1。00）；PhCCCＣ_IR.oｕｔ）:ＮormalMoｄｅsMoｄｅ Lａbel Freq（cm—1） IＲact1?AU ５2。788１ 0。0３232?ＢG ８3．9368? 0。03 AU?148。１５7１?0.382６4?BU?17８。6727 0.２６8６Iwanｔedtosｃaleallnormａｌmodｅsgｒeａｔerthan1000cｍ—1

by0.5（tｈisisｎotａreaｌexample！:—）。IopenedIRSpectruｍ．tｘtｉｎExcｅｌ，andchangedtｈeｖaｌuｅｓforｔｈescalｉngfａcｔorsfｒom1.00to0。5foｒthoｓｅｎorｍalｍodesｇreateｒtｈan100０cｍ-1．IrｅsavedIRSpecｔrｕｍ．ｔxtinthｅsameformａt(yī)（Tab-ｓeparated)ａndｌoｃation．Aｆterchｏｏｓｉngtｈe"Freｑｕencｉes"optiｏnIcｈose＂Indiviｄualscalingfaｃtoｒs”anｄrａnＧａussSuｍaｇaｉｎ("Ｆrequenciｅs＂；stａrｔ=0，end＝１0００,ｎｕmｐｔs＝500，F(xiàn)WHM=3,scalingfacｔors=Inｄiｖidｕaｌ;PhＣCCC_ＩR。ｏut,ｇausssuｍ2。1/IＲＳpecｔrum。txt）．Theｒesｕlｔｉｓsｈownbｅｌow。UV-VｉsibleSpectrumＩnput:

[PhCＣCC_TD。gjf]Outpuｔ:

［PhＣCＣC_TD。ｏut］GaｕssＳuｍouｔｐuts:

［gausｓsum2.１/ＵVＳpectｒｕm．txｔ］

[gａｕｓssｕm2.1／UVData。tｘt]Iwanｔeｄｔocａlcｕlａt(yī)ｅtheUＶ-Visabｓｏrｐtionspectruｍｏfdivinylｂenｚｅne。ＩaddedthｅｋeywordＩOＰ(9／40=2)ｔoｔｈeTD—DFTcomｍａnｄ,tｏoｕtｐutｉnformatiｏnonｓmallｅrｃontrｉbｕtiｏnstoｅaｃhelectronictｒaｎsitｉon.Ｉranthe”Ｅｌectronicｔｒaｎsｉtions"opｔionwiththedefaultsettings（”Elｅctrｏnictraｎsｉtｉonｓ”;ｓtａrt=３0０，ｅｎd=800,numpts=50０，fwhｍ=30０0；PｈCCCC_ＴD.out)ｂutｎograｐhwasdrawn，ａｎｄtherｅwaｓａｍｅsｓage"Thｅrｅarenopeaｋsinthiswaｖelenｇtｈrange!＂.Ilooｋedatgaussｓum２.1/UVData.txtａｎdsａｗthａt(yī)theｌoweｓteｎerｇypeaｋｗaｓatabout230nm．Irａnthe"Eｌｅｃｔrｏｎiｃｔｒanｓitｉons＂oｐtionagain,thiｓtiｍeusｉｎgmｏrｅapｐroprｉaｔｅｖaluesｆｏrtｈｅsｔarｔaｎdenｄoｆthediagraｍ（"Ｅlectroｎｉctｒanｓｉｔioｎｓ”;start=1７0,end＝27０，numpts=500,fwhｍ=3000；ＰhCCＣC_TD。ｏｕt）anｄtherｅｓultiｓshownｂｅlow(thiｓiｎforｍatｉoniswritｔｅntoｇａussｓum２。1/UVＳｐecｔrｕm.tｘt).Ｔｈeiscreａｔedcｏntａｉｎｉnｇｔhefo