便攜式納米孔測(cè)序數(shù)據(jù)的獲取、處理、傳輸、儲(chǔ)存與分析的技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)

單次測(cè)序可獲得序列信息的基因?段數(shù)或可測(cè)定的脫氧核糖核酸和核糖2345.1.1人工合成的多聚合物膜上布滿了經(jīng)改造的穿膜孔的跨膜通道蛋白（納米孔在膜兩側(cè)施加不同的電壓產(chǎn)生電壓差，DN6兔紅細(xì)胞膜上?組裝為納?孔徑的七聚體，其β桶區(qū)可插787.4.1附錄A給出了便攜式基因測(cè)序設(shè)備的使?條件。7.5.1附錄B給出了便攜式基因測(cè)序設(shè)備的實(shí)驗(yàn)室?作條件。9c)測(cè)序信號(hào)的分析：對(duì)得到的測(cè)序信號(hào)進(jìn)?處理分析，通過堿基識(shí)別將8.1.3在使?基因組快速PCR法進(jìn)?蛋?納?孔測(cè)序時(shí)，?先將打斷后的待測(cè)8.2便攜式固態(tài)納米孔雜交測(cè)序通則雜交實(shí)驗(yàn)后的雙鏈樣本以及原始單鏈通過固態(tài)孔；同時(shí)收集過孔時(shí)的電信號(hào)變10.1.1固態(tài)納?孔數(shù)據(jù)壓縮針對(duì)檢測(cè)裝置輸出的原始電信號(hào)?件（通常以abf序數(shù)據(jù)進(jìn)?壓縮與解壓縮處理后對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)?完整性?對(duì)，確保壓縮算法的保真然關(guān)聯(lián)性壓縮數(shù)據(jù)，如QUIP使?四階?爾可夫模型。有損壓縮是將延時(shí)傳輸能?以及商?的5GCPE終端,5G切?和動(dòng)態(tài)專?技術(shù)能夠保證這些11.1.3云端計(jì)算平臺(tái)在數(shù)據(jù)傳輸過程中， 11.2.3云端計(jì)算平臺(tái)在數(shù)據(jù)傳輸過程中，11.3.3云端計(jì)算平臺(tái)在數(shù)據(jù)傳輸過程中，11.4.1設(shè)備通過以太?與云端計(jì)算平臺(tái)建11.4.3云端計(jì)算平臺(tái)在數(shù)據(jù)傳輸過程中，11.5.1在數(shù)據(jù)傳輸過程中采?國(guó)家密碼?政主管部?認(rèn)可的加密算法對(duì)數(shù)據(jù)的11.6.1在數(shù)據(jù)傳輸過程中采?國(guó)家密碼?政主管部?認(rèn)可的加密算法保護(hù)數(shù)12.1.1便攜式蛋?納?孔測(cè)序?信分析的常規(guī)流程及?具如圖4所示。針對(duì)經(jīng).GUPPY或者M(jìn)etrichor軟件（英國(guó)OxfordNanoporeTechnologies商業(yè).Bonito(/nanoporetech/bonito).BasecRAWller(/).Chiron(/haotianteng/Chiron).DeepNano(/vboza/deepnano/src/master/).Flappie(/nanoporetech/flflappie).Nanocall(/mateidavid/nanocall).MinKNOW.nanoQC(/wdecoster/nanoQC).Filtlong（/rrwick/Filtlong）對(duì)于質(zhì)不合格的序列進(jìn)?.samtools(/samtools).seqkit(/shenwei356/seqkit/releases).seqtk(/lh3/seqtk).Minimap2(/lh3/minimap2).BWA(/lh3/bwa.git).GraphMap(/isovic/graphmap).Kart(/hsinnan75/Kart).LAMSA(/hitbc/LAMSA).LAST(http://last.cbrc.jp/).NanoPipe(http://bioinformatics.uni-muenster.de/).NGMLR(/philres/ngmlr).Miniasm(/lh3/miniasm).Wtdbg2(/ruanjue/wtdbg2).Flye(/fenderglass/Flye).Canu(/marbl/canu/releases).Cobbler(/bcgsc/RAILS).HINGE(/HingeAssembler/HINGE).LINKS(/bcgsc/LINKS).MECAT(/xiaochuanle/MECAT).Medaka(https://nanoporetech.github.io/medaka/index.html).NanoPipe(http://bioinformatics.uni-muenster.de/tools/nanopipe2/index.hbi).Nanopolish(/jts/nanopolish).npScarf(/mdcao/npScarf).PBJelly(/projects/pb-jelly/).Racon(/isovic/racon).RAILS(/bcgsc/RAILS).SMART(/ruanjue/smartdenovo)12.1.6便攜式蛋白納米孔測(cè)序?qū)M裝好的序列進(jìn)行優(yōu)化時(shí)經(jīng)常使用medaka(https://nanoporetech.github.io/medaka/index.html)，在進(jìn)行評(píng)估時(shí)使用Mummer主要采用以下工具：.nanopolish(/jts/nanopolish.git).nanosv(/mroosmalen/nanosv).ngmlr(/philres/ngmlr).Sniffles(/fritzsedlazeck/Sniffles/releases).Clair(/HKU-BAL/Clair).HapCUT2(/vibansal/HapCUT2).Medaka(https://nanoporetech.github.io/medaka/index.html).NanoPipe(http://bioinformatics.uni-muenster.de/tools/nanopipe2/index.hbi).Nanopolish(/jts/nanopolish).PBHoney(/projects/pb-jelly/).Snifflfles(/fritzsedlazeck/Snifflfles).WhatsHap(https://whatshap.readthedocs.io/en/latest/).ont-tombo(/nanoporetech/tombo)進(jìn)?甲基化分析.kraken2(/DerrickWood/kraken2)進(jìn)?微?物的物種豐度.Metaphlan3.0(/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-3.0)12.1.8對(duì)于常規(guī)測(cè)序的序列?對(duì)分析，可.Galaxy(/galaxyproject/galaxy).KNIME(/).Snakemake(/snakemake/snakemake).Nextflow(/nextflow-io/nextflow).GenPipes(/c3g/GenPipes).bPipe(/ssadedin/bpipe).Pachyderm(/pachyderm/pachyderm).SciPipe(/scipipe/scipipe).Luigi(/spotify/luigi).nf-core(https://nf-co.re/).snakePipes(/maxplanck-ie/snakepipes).Snakemake-Workflow(/snakemake-workflows/).GenPipes(/mugqic/genpipes/src).GalaxyCommunity(/community/).BioWDL(https://biowdl.github.io/).KNIMEHub(/)定是否有多級(jí)事件(Multi-levelevents，主要當(dāng)DNA不是以線性構(gòu)象通過納?孔.pCLAMP(/products/axon-patch-clamp-system/acquisition-and-analysis-software/pclamp-software-suite).EasyElectrophysiology().OpenNanopore(https://www.epfl.ch/labs/lben/79460-en-html/).Transalyzer(https://ceesdekkerlab.nl/research/downloads/).MOSAIC(/usnistgov/mosaic).EventPro(/eventpro.html).AutoNanopore(/bellstwohearted/AutoNanopore)13.1.5建議禁?存儲(chǔ)??件或者?照?。??件和照?存名稱后加-s標(biāo)識(shí)，備庫(kù)在名稱后加-ss標(biāo)識(shí)；線上從庫(kù)：dj.xxx-s.db的列使索引/索引統(tǒng)計(jì)/值?較都更加復(fù)雜，對(duì)MySQL來說更難優(yōu)化。null這種13.1.18建議禁止使用屬性隱式轉(zhuǎn)換。SELECTuidFROMt_userWHERE4)圖6所示為一個(gè)肺部微生物數(shù)據(jù)庫(kù)的架構(gòu)圖示例。13.2.1運(yùn)行基于互聯(lián)網(wǎng)或者小型增值應(yīng)用時(shí)，通常采用開放的x86服務(wù)器架構(gòu)13.2.4要保證硬件系統(tǒng)和業(yè)務(wù)系統(tǒng)都具13.2.7便攜式納?孔測(cè)序云計(jì)算平臺(tái)應(yīng)兼具數(shù)據(jù)計(jì)算分析