pubmed生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索

1、internet 生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主要內(nèi)容主要內(nèi)容1.生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù):pubmed 2.搜索引擎:google1. pubmed主要內(nèi)容q1.1 pubmed1.1 pubmed概況 q1.2 pubmed數(shù)據(jù)來源q1.3 pubmed檢索機(jī)制q1.4 pubmed檢索運(yùn)算符q1.5 pubmed檢索方法q1.6 結(jié)果的顯示、保存q1.7 其他輔助功能1. 1 pubmed概況p創(chuàng)建機(jī)構(gòu)：美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館下設(shè)的美國(guó)生物技術(shù)信息中心(ncbi)n1997年6月開始向全球開放p特色：具有收錄范圍廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備等特點(diǎn)，部分文獻(xiàn)還可在網(wǎng)上直接免費(fèi)獲得全文。p與medli

2、ne光盤數(shù)據(jù)庫(kù)的區(qū)別：檢索機(jī)制、檢索界面、檢索方法以及收錄文獻(xiàn)數(shù)量不同。1.2 pubmed數(shù)據(jù)來源pmedline： pubmed-indexed for medlinepin process citations：每天收錄，尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù)。pubmed-in processppublisher-supplied citations：由出版商提供的電子文獻(xiàn)，每條記錄標(biāo)有pubmed-as supplied by publisher。n自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配功能自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配功能(automatic term mapping)n對(duì)于輸入的檢索詞，pubmed先按一定的詞表順序進(jìn)行對(duì)照匹配和轉(zhuǎn)換，再進(jìn)行

3、檢索。詞表匹配轉(zhuǎn)換順序是：mesh表(mesh translation table)、期刊刊名表(journal translation table)、短語表(phrase list)、作者索引(author index)。如果在以上4個(gè)表中都找不到相匹配的詞，pubmed將把短語分開，以單詞為單位，分別重復(fù)以上的過程，檢索時(shí)各個(gè)詞之間是and邏輯關(guān)系。如果仍找不到相匹配的詞，則用單個(gè)詞在所有字段查找，各個(gè)詞之間也是and邏輯關(guān)系。1.3 pubmed檢索機(jī)制n短語檢索短語檢索(phrase searching)n也可稱為強(qiáng)迫詞組檢索，即，如果要將短語作為一個(gè)詞組進(jìn)行檢索，可用雙引號(hào)“ ”將其

4、引起來。如：“drug therapy”作為詞組進(jìn)行檢索的詞，系統(tǒng)不進(jìn)行自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配，也不進(jìn)行mesh詞的擴(kuò)檢。1.3 pubmed檢索機(jī)制1.4 pubmed檢索運(yùn)算符n邏輯運(yùn)算符：n邏輯與：and，邏輯或：or，邏輯非：not。n當(dāng)一個(gè)檢索表達(dá)式中同時(shí)含有三個(gè)運(yùn)算符時(shí)，運(yùn)算順序從左至右，括號(hào)可以改變運(yùn)算順序。n截詞符：*，一個(gè)詞或字拼寫出部分字母后面加上一個(gè)截詞符，chem*表示用詞根進(jìn)行檢索。n雙引號(hào)：“ ”，表示對(duì)引號(hào)中的短語進(jìn)行檢索。n檢索字段標(biāo)識(shí)符：tag，tag為字段名稱。 ti，au，ta， la，pt。常用字段組成標(biāo)識(shí)符標(biāo)識(shí)符 字段名稱字段名稱 中文釋義中文釋義ti titl

5、e 題目au author 作者ad affiliation 作者單位ab abstract 文摘dp publication date 出版日期ta journal title abbreviation 刊名縮寫mh mesh terms 主題詞pt publication type 出版類型nip地址：pubmed 網(wǎng)址高級(jí)檢索主題檢索期刊檢索文獻(xiàn)匹配臨床咨詢特 定 主題咨詢1.5 pubmed檢索方法n1.5.1 基本檢索n1.5.2 高級(jí)檢索n1.5.3 主題檢索n1.5.4 其他輔助檢索1.5.1 基本檢索默認(rèn)檢索字段為主題、作者、期刊關(guān)鍵詞、詞(詞組

6、)或短語： 輸入任意關(guān)鍵詞：liver cancer、lung cancer； 帶有雙引號(hào)” ”作為短語檢索：”cancer therapy”； 帶有連接號(hào)”-”作為一個(gè)詞組檢索：interleukin-6。限制檢索字段：如liver cancerti作者：smith j 、 smithau2002年以后的文獻(xiàn)如果作者有全稱，可用全稱1.5.1 基本檢索期刊刊名： 可用期刊全稱：gene therapyta； 可用期刊簡(jiǎn)稱：jamata；(the journal of the american medical association) 刊名中含有特殊字符，如、&等，要去掉： 如j ha

7、nd surgam 輸入時(shí)要寫成j hand surg am 截詞：chemo*復(fù)雜表達(dá)式：liver cancer and therapy帶有摘要文獻(xiàn)的檢索 ：liver cancer and hasabstract1.5.1 基本檢索n分析該檢索課題，包含兩個(gè)方面： n肝癌：liver cancer；n治療：therapyn兩個(gè)主題之間的邏輯關(guān)系是and，即nliver cancer and therapy 基本檢索舉例1：肝癌的治療n分析該檢索課題，包含兩個(gè)方面： n作者為：馬大龍（ma dl）；n作者單位為： 北京大學(xué)（peking universityad）。 基本檢索舉例2：北京大

8、學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn)n我們分別得到了兩個(gè)檢索結(jié)果：n作者為：馬大龍（ma dl）的檢索結(jié)果；n作者單位為：北京大學(xué)（peking universityad）的檢索結(jié)果。 n現(xiàn)在我們要利用檢索史把這兩個(gè)檢索結(jié)果用and組合起來。基本檢索舉例2：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn)1.5.2 高級(jí)檢索p限制檢索或條件檢索：limit (1) 全文、摘要 (2)動(dòng)物、人類 (3)文獻(xiàn)類型： (4)語種： (5)數(shù)據(jù)庫(kù)子集的限定： (6)年齡組：n分析該課題，可知：n主題為肝癌治療，即liver cancer and therapyn限制條件有兩個(gè)：n語種為英文（english）；n文獻(xiàn)類型為綜

9、述（review）高級(jí)檢索舉例：原文為英文的肝癌治療方面的綜述文獻(xiàn)1.5.3 主題檢索n根據(jù)medline數(shù)據(jù)主題標(biāo)引的規(guī)范性，利用主題詞進(jìn)行的研究，對(duì)提高查全率、查準(zhǔn)率會(huì)有相當(dāng)?shù)膸椭｜c(diǎn)擊mesh database打開主題檢索界面1.5.3 主題檢索主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)n分析該檢索課題，有兩個(gè)概念：長(zhǎng)春新堿（vincristine ） 、白血?。╨eukemia）：n對(duì)長(zhǎng)春新堿來說是利用其治療疾病，故其應(yīng)組配副主題詞“治療應(yīng)用（therapeutic use）”；n對(duì)白血病來說是利用藥物來治療，故其應(yīng)組配副主題詞“藥物療法（d

10、rug therapy）”。n同時(shí)這兩個(gè)概念之間是and的關(guān)系。主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用副主題詞主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨

11、eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2

12、步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法n我們通過兩個(gè)主題檢索分別得到了：n“長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用” 的檢索結(jié)果n“白血病/藥物療法” 的檢索結(jié)果n下面我們要把這兩個(gè)檢索結(jié)果用and組合起來，就需要用到檢索史主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)n 文獻(xiàn)匹配器n 臨床咨詢和系統(tǒng)評(píng)價(jià)1.5.4 其他輔助檢索1.5.

13、4.1 文獻(xiàn)匹配器n系統(tǒng)提供有兩種用來查找特定文獻(xiàn)的方式：?jiǎn)纹墨I(xiàn)匹配器（single citation matcher）和多篇文獻(xiàn)匹配器（batch citation matcher）。n如果要查找某一篇文獻(xiàn)，點(diǎn)擊單篇引文匹配器，輸入刊名、日期、卷、期、頁(yè)碼、作者、題目中的一項(xiàng)或多項(xiàng)內(nèi)容進(jìn)行檢索，系統(tǒng)返回文獻(xiàn)記錄結(jié)果。如果要同時(shí)查找多篇文獻(xiàn)，則點(diǎn)擊多篇引文匹配器，然后在輸入框內(nèi)分行輸入每篇文獻(xiàn)的查詢項(xiàng)目。其中刊名為必需項(xiàng)，其他項(xiàng)目沒有時(shí)可省略。 單篇文獻(xiàn)匹配器（single citation matcher）多篇文獻(xiàn)匹配器（batch citation matcher）輸入格式

14、 臨床咨詢和系統(tǒng)評(píng)價(jià)n可以使用戶方便快捷地檢索到有關(guān)臨床方面的文獻(xiàn)，如臨床疾病的診斷、治療、病因和預(yù)后等；n也可以用它來檢索臨床實(shí)踐過程中遇到的一些具體問題，如系統(tǒng)性綜述、元分析、臨床試驗(yàn)、循證醫(yī)學(xué)、實(shí)踐指導(dǎo)以及有關(guān)遺傳學(xué)方面的問題等。 臨床咨詢和系統(tǒng)評(píng)價(jià)臨床咨詢 臨床咨詢和系統(tǒng)評(píng)價(jià)系統(tǒng)評(píng)價(jià) 臨床咨詢和系統(tǒng)評(píng)價(jià)檢索醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)研究方面的文獻(xiàn)1.6 結(jié)果的顯示、保存n顯示n保存1.6.1 結(jié)果的顯示n顯示格式：系統(tǒng)提供的顯示格式很多，一般較常用的有以下3種：n（1）summary：為默認(rèn)顯示格式。顯示的信息包括文獻(xiàn)的標(biāo)題、著者、出處、pmid、綜述出版類

15、型、非英文文獻(xiàn)的原文語種等。n（2）abstract：顯示信息除了文獻(xiàn)標(biāo)題、著者、出處等基本信息外，還包括摘要信息，以便用戶了解文獻(xiàn)詳細(xì)內(nèi)容。n（3）medline：以medline數(shù)據(jù)庫(kù)的記錄格式來顯示檢索結(jié)果。字段內(nèi)容主要包括pmid、題目、摘要、作者、作者地址、語種、出版類型、出處、mesh、文獻(xiàn)id、出版狀態(tài)等。1.6.1 結(jié)果的顯示1.6.1 結(jié)果的顯示n保存記錄n在“send to”下拉菜單中選擇“file”，可完成將記錄保存為文件。n選擇“e-mail”，則可將結(jié)果發(fā)送至郵箱。n在檢索結(jié)果顯示頁(yè)面可將某一次檢索的全部記錄或標(biāo)記記錄保存；而“clipboard”頁(yè)面可用于保存一次或

16、多次檢索的結(jié)果記錄。1.6.2 檢索結(jié)果的保存 1.6.2 檢索結(jié)果的保存 1.7 其他輔助功能n1.7.1 檢索策略的存儲(chǔ)和調(diào)用n1.7.2 全文鏈接n1.7.3 相關(guān)文獻(xiàn)鏈接1.7.1 檢索策略的存儲(chǔ)和調(diào)用n使用my ncbi(cubby)n首先要登記注冊(cè)n保存檢索策略n定期瀏覽新的檢索結(jié)果1.7.2 全文鏈接1.7.2 全文鏈接1.7.3 相關(guān)文獻(xiàn)鏈接1.7.3 相關(guān)文獻(xiàn)鏈接2. google主要內(nèi)容n2.1 google概況n2.2 google檢索語法 n2.3 google一般檢索功能n2.4 google scholar2.1 google概況n1998年由美國(guó)斯坦福大學(xué)的兩位博

17、士生larry page 和sergey brin創(chuàng)立；ngoogle由英文單詞“googol”變化而來，表示“1”后面帶有100個(gè)0的數(shù)字。n搜索結(jié)果排序的核心技術(shù)是網(wǎng)頁(yè)級(jí)別pageranktm技術(shù)：根據(jù)網(wǎng)頁(yè)被鏈接的次數(shù)來評(píng)定某一網(wǎng)頁(yè)的重要性，決定排名次序；n不僅可以搜索純文本文件，還能查找、等文件格式，同時(shí)開發(fā)了圖像檢索功能。2.2 google檢索語法n基本檢索語法n高級(jí)檢索語法基本檢索語法ngoogle 搜索不區(qū)分英文字母大小寫，所有的字母均當(dāng)做小寫處理；n支持“*”：如：“肝*瘤”n詞組搜索：用引號(hào)n自動(dòng)and查詢n邏輯“或”的關(guān)系用“+”連接n邏輯“非”的關(guān)系用“-”連接高級(jí)檢索語

18、法intitle: 限制你搜索的網(wǎng)頁(yè)標(biāo)題； intitle:george bush inurl: 用于搜索網(wǎng)頁(yè)上包含的url， 這個(gè)語法對(duì)尋找網(wǎng)頁(yè)上的搜索,幫助之類的很有用。 inurl:help intext: 只搜索網(wǎng)頁(yè)部分中包含的文字(也就是忽略了標(biāo)題、url等的文字)。intext: intext:html 高級(jí)檢索語法site: 可以限制你搜索范圍的域名。site: link: 可以得到一個(gè)所有包含了某個(gè)指定url的頁(yè)面列表. 例如link: 就可以得到所有連接到google的頁(yè)面。nfiletype: 搜索文件的后綴或者擴(kuò)展名,注意filetype:htm和filet

19、ype:html會(huì)得到不同的結(jié)果。你也可以搜索各種不同的頁(yè)面腳本語言,比如asp, php, cgi等；google對(duì)部分microsoft的文檔也做了索引, 比如powerpoint (ppt), excel (xls), and word (doc)等等，以pdf、swf文檔（flash動(dòng)畫）等。 leading economic indicators filetype:pptleading economic indicators filetype:pdf高級(jí)檢索語法related: 搜索和指定頁(yè)面相關(guān)的頁(yè)面，比如你搜索related: , 會(huì)得到很多搜索引擎，如hotbot、yahoo!

20、、 northern light等。 related: info: 提供一個(gè)和指定url更多信息的頁(yè)面列表，包括url緩存的連接、url的連接，和url相關(guān)的連接、url的頁(yè)面。注意：這里搜索的結(jié)果取決于google是否對(duì)該url進(jìn)行了索引，如果沒有的話, 搜索結(jié)果將會(huì)少很多。info: info: phonebook: 用于查詢電話號(hào)碼。phonebook:john doe ca phonebook:(510) 555-1212 2.3 google一般檢索功能2.4 google scholargoogle 學(xué)術(shù)搜索學(xué)術(shù)搜索ngoogle 學(xué)術(shù)搜索可以從一個(gè)位置搜索眾多學(xué)科和資料來源：來自

21、學(xué)術(shù)著作出版商、專業(yè)性社團(tuán)、預(yù)印本、各大學(xué)及其他學(xué)術(shù)組織的經(jīng)同行評(píng)論的文章、論文、圖書、摘要和文章。ngoogle 學(xué)術(shù)搜索可幫助在整個(gè)學(xué)術(shù)領(lǐng)域中確定相關(guān)性最強(qiáng)的研究。ngoogle 學(xué)術(shù)搜索按相關(guān)性對(duì)搜索結(jié)果進(jìn)行排序。最有價(jià)值的參考信息會(huì)顯示在頁(yè)面頂部。google 排名技術(shù)會(huì)考慮到每篇文章的完整文本、作者、刊登文章的出版物以及文章被其他學(xué)術(shù)文獻(xiàn)引用的頻率。 google 學(xué)術(shù)搜索技巧學(xué)術(shù)搜索技巧n按作者搜索按作者搜索 輸入加引號(hào)的作者姓名：d knuth。要增加結(jié)果的數(shù)量，請(qǐng)不要使用完整的名字，使用首字母即可。 作者： knuth 、作者： d knuth 或 作者： donald e knuth 。n按標(biāo)題搜索按標(biāo)題搜索 輸入加引號(hào)的論文標(biāo)題：針刺鎮(zhèn)痛頻率特異性的進(jìn)一步證明。 google 學(xué)術(shù)搜索會(huì)自動(dòng)查找此論文以及提及此論文的其他論文。google 學(xué)術(shù)高級(jí)搜索學(xué)術(shù)高級(jí)搜索檢索實(shí)例王耀宏等.急性一氧化碳中毒對(duì)大鼠腦循環(huán)的影響.中國(guó)工業(yè)醫(yī)學(xué)雜志 2003.10.25; 16(5): 257-260綜合型搜索引擎 n大部分搜索引擎既允許用戶按它們對(duì)www資源的分類一層一層地瀏覽網(wǎng)上信息